甘丹寺的壁畫和雕塑都很精美，也藏有豐富珍貴的歷史文物。其中有1757年清代乾隆皇帝賜予該寺鑲滿金銀珠寶、書有漢滿蒙藏四種文字的盔甲， 還有許多制作精美的絲織“唐卡”，其中很多是明代早期的江蘇刺繡，是宗喀巴的弟子釋迦也失去南京受封以後，從內地帶回拉薩獻給甘丹寺的。還有宗喀巴升座時的法座和圓寂時的禪床，有明永樂皇帝贈賜的24幅唐卡，還有固始汗的坐墊等，足以顯示該寺歷史之悠久和宗教地位之崇高。每年藏歷10月25日是宗喀巴忌日，白天展掛大佛像（長26米，寬10米），晚上全寺燃燈示敬，儀式極為隆重盛大，為該寺最重要的傳統節日，稱“甘丹昂卻”，意為燃燈節。
中國國家特級文物、純金汗書寫而成的藏文《大藏經》中的整套《甘珠爾》佛經，由十六羅漢和四大天王等組成的整套二十四幅的緙絲唐卡“唐繡”，這些文物都展示出明清兩代中國中央政府和西藏地方之間的親密關系。其中二十四幅要展示三周，形成了該寺壹年壹度規模盛大的“甘丹繡唐節”。
但在“文化大革命”時期，甘丹寺遭到了嚴重破壞，古老的建築全部被拆毀，只留下殘垣斷壁，寺內的大量文物也基本上被洗劫壹空，連宗喀巴的靈塔也被砸毀，據說上面的壹塊世界上排第三大的金剛鉆也不知去向，只有小部分貴重文物得以保存下來。所以很多其地區的老百姓很討厭甘丹寺壹帶的人，說他們拆了甘丹寺，以後永遠也富不起來。
甘丹寺到21世紀以後才陸續重修，但規模還不能和原來相比。