1、含水量
微生物活動需要適宜的水分維持，糞便含水量會直接影響堆肥過程物理及生物學變化。堆肥的適宜水分在50%-60%。水分高於60%時氧氣活動被限制，微生物活動轉為厭氧活動。水分達到70%時，堆肥中溫度下降快，微生物活性低，堆肥效果不佳。在堆肥期間，大量水分蒸發，需要適當添加水分濕潤堆肥糞便，使水分處於微生物活動所需的最佳含量。
2、溫度
堆肥是溫度持續性變化的過程，溫度先由常溫逐漸升溫至壹個最高溫度，再逐漸下降至常溫。溫度能顯著影響微生物的代謝活動及酶的活性。過低的溫度抑制微生物活動，延長堆肥腐熟的時間，而過高的堆溫將對堆肥微生物產生有害影響。堆肥最佳溫度壹般保持在45℃-55℃，此時糞便中微生物活動旺盛，纖維素、脂肪、木質素等被快速分解。
3、碳氮比C/N
C/N是影響堆肥質量的重要因素。微生物活動需要適宜的C/N，糞便C/N較低而不利於微生物活動，如豬糞的C/N只有11.3，並不能滿足堆肥需要。所以需要額外添加鋸末、木屑等調節C/N值。壹般C/N在25-30較好。在雞糞好氧堆肥中添加鋸末，結果顯示C/N為28時55℃以上的高溫期能持續3d，種子發芽指數達94%，C/N低的處理組效果不佳。在豬糞中添加木屑使C/N達到29時最好，比C/N為16時的堆肥早14d腐熟。但過高的C/N會使溫度上升緩慢，降低堆肥的最高溫度且使高溫期縮短，影響堆肥品質。
4、微生物
僅由糞便土著微生物堆肥，周期長且養分損失大，堆肥效率低，而在堆肥過程中添加微生物制劑能促進堆肥腐熟，降低養分損失，提高糞便肥力。將微生物接種至牛糞堆肥後，堆肥過程快於自然堆肥，堆肥的效果優於自然堆肥。用能降解纖維素的青黴素堆肥後，糞便腐殖質增加12%，纖維素分解增加57.5%。在豬糞發酵中添加纖維素分解菌黑曲黴，有利於快速分解有機物的有益菌種形成優勢群落，顯著提高發酵溫度，加快腐熟。
肥料化是壹種傳統的使用畜禽糞便的方法。目前我國的畜禽糞便主要是直接還田。由於集約化養殖的發展，局部地區產生了大量的畜禽糞便，超出周圍耕地的負荷。多余的糞便堆肥後，經包裝運輸至糞便產生少的地區，可大大緩解畜禽糞便引發的環境問題。但糞便堆肥周期長，占用壹定的土地資源。