目前農業上最突出的危機是汙染危機。
今天農業生態系統已經嚴重失衡，為了生產食物、儲存與加工食物，人類發明了數萬種化學物質(初步查明農藥種類3萬種，食品添加劑3萬多種)，這些物質中除極少數是必要的外，大多數所發揮的作用，是弊端嚴重超過其好處，並給農資商人創造了賺錢機會。
並通過汙染食物鏈，制造大量病人，為醫療系統帶來滾滾利潤。當有人告訴妳，人類食物鏈原本是健康的，是不需要那麽多有害物質的，病人也沒有那麽多的，馬上就會有人攻擊妳是倒退，是反科學、反人類的，是要將人類帶回到原始社會去的。
他們沾沾自喜的理由是：上述人類的各項農業技術發明都是科學家發明的。
中國農業生物多樣性危機的主要表現：
1、農業生境萎縮，結構單壹化。
近些年來，伴隨著GDP持續、高速和粗放式增長，我國以耕地、林地、草地和淡水為代表的農業自然資源數量與質量呈現持續大幅下降趨向。
2、作物（品種）多樣性加速喪失。
在中國，近半個世紀以來，有200多種高等植物已經滅絕，約4600種高等植物處於瀕危狀態；全國生物物種數量正以平均每天新增壹個瀕危甚至走向滅絕的速度減少，農作物栽培品種正以每年15%的速度遞減。
相當數量的農作物種質資源只能存活於實驗室或種子庫，很多種類尤其是野生種、半野生種、地方種或傳統農家品種等早已在野外難覓蹤跡或永遠消逝，作物種質多樣性、遺傳多樣性和基因多樣性正面臨前所未有的挑戰、威脅或危機。