1、系統不同
蘋果系統基於Unix開發（收費），安卓系統則基於類Unix的Linux系統上開發（免費）。前者閉源，僅蘋果產品使用，後者開源，除內核外開放系統源代碼，各廠商可進行深度定制。
2、程序運行機制不同
蘋果系統擁有墓碑機制和沙盒機制，可限制程序後臺自動運行防止占用內存資源；安卓系統的後臺機制，因與系統開源有關，應用後臺運行無法強制禁止，除非廠商定制修改後，可優化減少自啟及占用內存。
3、硬件資源的使用效率不同
蘋果系統基於硬件資源做軟件優化，根據系統需求做硬件匹配，使系統充分使用硬件資源，提升運行效率；而安卓系統則是硬件帶著軟件跑，硬件配置給的越高，廠商越是懶得去做系統的優化，使用效率低。
4、對應的擴展程序優化不同
蘋果系統對其APP有著嚴格的審核機制，不符合標準的APP禁止上架應用商店及禁止提供下載安裝；安卓系統的應用軟件缺乏監管，多數無法優化到位。
5、系統安全性不同
蘋果系統因其封閉及嚴格把控，系統漏洞極少，也難以被第三方軟件進行破壞；安卓系統安全性相對較低，系統開源，應用程序無完善監管，極易受到權限破解及第三方程序破壞。
參考資料：
百度百科-iOS （蘋果公司的移動操作系統）