子、分公司之間薪酬標準和發展不平衡
由於同壹崗位因處於不同單位績效工資標準從制定之初就各自為陣，在起點不盡相同的基礎上差距越拉越大，每年的增長幅度也有快有慢，這就造成了員工的心理落差和失衡，如果不進行協調和控制，產生不合理的苦樂不均甚至高低懸殊，很可能互相攀比和牽制，相互拆臺內鬥、人心失和，極大地影響著公司整體實力的提升與發展。
績效評價缺乏科學依據和規範操作
績效管理通過評估員工的績效以及團隊、組織的績效，來制定績效工資標準，並跟蹤、考核、反饋、分析績效差距來實現員工績效的提升，進而改善企業管理水平和經營業績。
績效考核主觀隨意性大、流於形式
其壹，績效設計考核標準大而籠統，與工作職能嚴重偏離，考核條款用詞含糊不清，內容大多千篇壹律，不同類型部門考核內容差別不大，針對性和應變性不強，標準本身漏洞百出，無法避免會造成考核者判斷的主觀隨意性。
其二，考核方法不合理、考核標準不穩定、考核人員受主觀因素左右、考核水平不高、考核執行不嚴謹，人為操縱成分多，考核結果爭議大，失去了績效考核的公正性與有效性，很難令員工信服，結果使考核流於形式。
橫向比較仍然存在績效分配平均主義
橫向來看，無法體現同崗不同績效的差異。崗位職能是由人來執行的，人們的能力有強有弱，同樣的工作也有幹得優劣之分，因而執行崗位職能的水平和效果均存在差距。