1.瘺管切開術：適用於單純性低位肛瘺，是將瘺管全部切開開放．靠肉芽組織生長使傷口愈合的方法
2.肛瘺切除術： 壹般適用於低位單純性肛瘺
3.掛線療法 ：適用於距肛緣3-5cm內，有內、外口的低位單純性肛瘺、高位單純性肛瘺或作為復雜性肛瘺切開、復雜肛瘺切除術的輔助治療。掛線療法是復雜性肛瘺手術中最常用、最普遍的方法。掛線是利用橡皮筋或有腐蝕作用的藥線的機械性壓迫作用，緩慢切開肛瘺的方法。
另外肛瘺術後要做好肛門周圍清潔。以免細菌等再次汙染傷口。