常用手術方法有以下幾種：
1、膽總管切開取石加T管引流術：適用於單純膽管結石，膽管上、下端通暢，無狹窄或其他病變者。若伴有膽囊結石和膽囊炎，可同時行膽囊切除術。有條件者可采用術中膽管造影，B超檢查或纖維膽道鏡檢查，有助於減少膽石殘留率。如非手術療法不成功，癥狀反復發作或加重，則需手術治療。
2、膽腸吻合術：亦稱膽腸內引流術。適用膽管結石手術
於①膽總管擴張≥2.5cm，下端有炎性狹窄等梗阻性病變，且難以用手術方法解除者，但上段膽管必須通暢無狹窄；② 結石呈泥沙樣不易取盡，有結石殘留或結石復發者，常用的是膽管空腸Roux-en-Y吻合術。
3、Oddi括約肌成形術：適應證同膽腸吻合術，特別是膽總管擴張程度較輕而不適於行膽腸吻合術者。
4、微創保膽取石術：適應癥：①適用於單發膽囊結石；②多發膽囊結石；③有或無癥狀的膽囊結石；④反復膽絞痛發作的膽囊結石；⑤無結石崁頓；⑥非急性炎癥病期⑦膽汁透聲好；⑧膽囊壁厚0.3~0.5cm；⑨脂餐後膽囊收縮功能≥30% ；⑩患者自願要求保膽治療。