孔子標誌著從巫到史轉變的萌芽。孔子本身就精通巫史知識，可以說也是接續他之前的巫史文化而來的。但到了孔子生活的時代，巫史們早已不是像半神壹樣被人們敬仰了。他們原來統馭人民的權力被行
政官員剝離了，與神溝通的特權又伴隨血親社會關系的強化而削弱。然而他們並不甘心就這樣被社會、歷史湮沒，還想參與社會高層事務，所以這些知識階層的人們轉而另覓出路，將“禮”作為社會、道德、倫理的大境界推了出來，巫史文化進入了壹個講“禮”的時代。
司馬遷就是接續孔子另謀出路的壹個人。司馬遷也是巫史文化延續的重要人物，他的巫史文化背景比孔子實在，司馬遷先祖即為周史官，父司馬談又在漢朝作太史令，司馬遷與巫史文化有家學上的淵源。
漢初太史令並不以著史書為本職，而是掌文史、星歷的，“太史公既掌天官，不治民”（同上）。司馬遷本人也是壹位天文學專家，曾與壺遂等人***同參與過太初歷的修訂，也就是說，司馬遷行的是巫史的本職。
但司馬遷畢竟不同於早期的巫史，不像他們那樣篤信神明，以祈福避禍。他更是把壹些神異性的東西剖開給世人看。“（陳勝、吳廣）乃丹書帛曰‘陳勝王’置人所罾魚腹中。卒魚烹食，得魚腹中書，固以怪之矣。又間令吳廣之次所旁叢祠中，夜篝火，狐鳴呼曰：‘大楚興，陳勝王’”。點明了神異乃人為之。司馬遷對神的態度比孔子的“不語怪、力、亂、神”更進了壹步，明顯不同於原初的巫史。
但司馬遷也有壹些是與巫史們相同的，那就是他寫《史記》的目的之壹也是“究天人之際”，而這項工作是巫史職務的中心內容。可見司馬遷雖然不是原初的巫史，但可以說他是巫史文化的延續。
因為生活在漢初，所以延續的方式有所不同。司馬遷《太史公自序》及《報任安書》中多次將《史記》與孔子的《春秋》並提，之所以這樣說是因為司馬遷認為自己從精神上是與孔子相通的，故而《史記》可以作為《春秋》的接續。
首先，司馬遷與孔子壹樣都是發憤著書。孔子在列國四處碰壁，“乃因史記作《春秋》”（《史記·孔子世家》）。司馬遷也是壹樣，因李陵之禍而遭腐刑，“拳拳之忠，終不能自列”，“意有郁結，不得通其道，故述往事，思來者。”（《報任安書》）
其次，司馬遷與孔子壹樣，都有極強的社會責任感，希望自己的主張、學說能垂名於後世。被李陵事件牽連後，“所以隱忍茍活，幽於糞土之中而不辭者，恨私心有所不盡，鄙陋沒世而文采不表於後世也。”孔子“病沒世而名不稱”的思想在司馬遷的身上再壹次重現。而這種高度的責任感與巫史們對社會負責的情結有壹定的關聯。遠古時，凡國家大事必有祭祀，必有巫史參與，他們所說的雖名為神的意旨，但畢竟有他們的加入，自然會覺得事之抉擇與“我”有關，自然也會形成因為國家與“我”命運交關，所以壹定要對國家負責的壹種心理定式。孔子、司馬遷的責任感正是這種傳統巫史心理定式的表現。雖說在統治階層眼中巫史地位日趨衰落，但巫史們的這種情結卻並未在本階層內消失。
司馬遷與孔子不同之處在於，他們雖然都選擇了以史實作為表達觀點的載體，但所載的內容卻是不同的。孔子的著書、講學是為了培養壹種對社會有責任的士階層的力量，想恢復以前以巫史為代表的知識階層對社會的作用，通過他們完善社會，而司馬遷只是借史發壹己之言。孔子時代以傳統的“禮”使巫史後人們加入統治集團核心的夢想在漢初更加不可能實現。以司馬遷為代表的巫史後人們已安於處於統治集團的外層，巫史階層在原初時期的輝煌與力量已經成為壹個遙遠的夢想，可望而不可及，他們的理想是通過完善自我，以自己淵博的知識、卓越的見解影響統治者來實現自我價值。
屈原出於巫史世家,“願依巫鹹之遺則”,而能集南北巫覡遺風於壹身,《離騷》、《九歌》,可謂古代巫覡最後的大合唱。 屈原上結巫鹹之遺則，下開史遷之絕唱。《天問》述史，薄今厚古；《九歌》記巫，聲色楚楚。屈原以《楚辭》為媒介，促成南北巫史文化的交融、合流。
中國歷代均設置專門記錄和編撰歷史的官職，統稱史官。各朝對史官的稱謂與分類多不相同，但主要的可以分類記錄類和編纂類兩者。史官剛剛出現的時候以及發展過程中的很長時間，這兩者是不大分別的，後來演化出專門負責記錄的起居註史官和史館史官，前者隨侍皇帝左右，記錄皇帝的言行與政務得失，皇帝不能閱讀這些記錄內容，後者專門編纂前代王朝的官方歷史。
史官的歷史
在中國歷史上，設立史官，記錄國家大政和帝王言行，是壹種由來已久的制度和傳統。
商周時代，甲骨文中有"作冊"、"史"、"尹"等字。金文有"作冊內史"、"作冊尹"的記錄。據王國維在《觀堂集林》中考證，"作冊"和"內史"是同樣的官職，其長官稱"尹"，都是掌管文書、記錄時事的史官。
春秋時期，"君舉必書"，有大史、小史、內史、外史、左史、右史等史官。"大史掌國之六典，小史掌邦國之誌，內史掌書王命，外史掌書使乎四方，左史記言，右史記事。"(劉知幾：《史通·史官建置》)。《禮記·玉藻》說是"動則左史書之，言則右史書之"。可見，史官的分工和職責是十分細致、明確的。
秦漢以後，史官的名稱繁多，職務各異，但史官的設置卻壹直保留下來。秦有太史令，漢置太史公，唐設起居郎，還有蘭臺令、柱下史、著作郎、左右史等等，歷朝歷代都有史官。
唐朝劉知幾著《史通》，對古代史官建置的起源與演變，有詳細記述。他認為史之為用，是"記功司過、彰善癉惡、得失壹朝、榮辱千載"的大事。假如沒有史官，就會善惡不分，是非不辨，功過不清，結果是"墳土未幹，妍媸永滅"。因此他說："茍史官不絕，竹帛長存，則其人已亡，杳成空寂，而其事如在，皎同星漢。用使後之學者，坐披囊篋，而神交萬古；不出戶庭，而窮覽千載。見賢而思齊，見不賢而內自省。若乃春秋成而逆子懼，南史至而賊臣書。其記事載言也則如彼，其勸善懲惡也又如此。由斯而言，則史之為用，其利甚博。乃生人之急務，為國家之要道。有國有家者，其可缺之哉!"其實，對於"史之為用"，歷代帝王心裏也很明白。不過，他們設置史官，沿用"君舉必書"的春秋傳統，並不考慮什麽彰善癉惡、激濁揚清的問題，目的只是為自己樹碑立傳，流芳百世。《史記·孟嘗君傳》載："孟嘗君待客坐語，而屏風後常有侍史，主記君所與客語。"侍史記些什麽?後人不得而知。大概是記述他"好客自喜"的善舉，總不會讓侍史記述他在路經趙國時，只因趙人出觀，笑稱他"乃眇小大夫"，便擊殺數百人的罪行吧。
歷代帝王對於史官們載言記事，都是字斟句酌，斤斤計較。至於"君舉必書"，卻是有選擇、有條件的。有了功績，做了好事，當然要大書特書。就是沒有功績，沒幹好事，也要虛構壹些載入史冊；或者"假人之美，藉為私惠"；或者顛倒黑白，把壞事說成好事。總之，"自稱我長，相謂彼短"，"略外別內，掩惡揚善"(劉知幾：《史通》)，凡是對自己有利的事，"必書"無疑；凡是對自己不利的事，萬萬不可見諸史冊。帝王們或多或少都會幹壹些壞事，那些賊臣逆子、淫君亂主，幹的壞事就更多，但是幹歸幹，舉歸舉，要載入史冊，傳之後代，是絕對不允許的。"穢跡彰於壹朝，惡名披於千載"，有哪壹個帝王願意把自己的"穢跡"載入史冊呢?所謂"君舉必書"，不過是壹句假話。
史官們就不同了。他們對於"君舉必書"的態度頗為認真。中國古代的史官有"秉筆直書"的好傳統，成為後世史官競相繼承的品藻和史德。他們都知道"史之為務，申以勸誡，樹之風聲"，"夫所謂直筆者，不掩惡，不虛美，書之有益於褒貶，不書無損於勸誡"(劉知幾：《史通》)。因此，對帝王們的言行，隨時都要記錄下來，不管妳"舉"得對不對，都要"直書其事"。那怕把屠刀架在脖子上，也要說真話，不說假話。"寧為蘭摧玉折，不為蕭敷艾榮"，絕對不能"蘭艾相雜，朱紫不分"。
帝王和史官，壹個要"自稱我長"、"掩惡揚善"，壹個要"直書其事，不掩其瑕"；壹個要文過飾非，壹個要"君舉必書"；壹個要為自己樹碑立傳，壹個要對後人"申以勸誡"。兩種目的，兩個標準，南轅北轍，形成兩種力量的尖銳矛盾和較量。較量的結果，常常是權力壓倒亢直者，屠刀強過筆桿子。在封建君主專制下，史官們屢遭厄難，原因就在這裏。