1、最早的史料都記載媽祖生於湄洲嶼。
據現有已知的66條史料記載表明，最早的史料記載都壹致確認媽祖生於莆田縣湄洲嶼。宋時期的史料都記載媽祖乃湄洲人氏。如宋紹興二十年（1150），廖鵬飛《聖墩祖廟重建順濟廟記》中說媽祖“姓林氏，湄洲嶼人。”這篇廟記可以說是迄今年代最早、記載最詳細的媽祖史料。
宋嘉定二年（1209），李俊甫《莆陽比事》中說媽祖為“湄洲神女林氏。”宋紹定三年（1230），丁伯桂《順濟聖妃廟記》中稱：“神莆陽湄洲林氏女。”宋寶礻右五年（1257），黃巖孫《仙溪誌》中說，順濟廟，神“本湄洲林氏女”。宋開慶元年（1259）李醜父《靈惠妃廟記》中雲：“妃林氏，生於莆之海上湄洲”。宋劉克莊在《白湖廟》詩中提到“靈妃壹女子，瓣香起湄洲。”
據宋代的6條記述，從宋紹興二十年（1150）廖鵬飛的廟記到宋開慶元年（1259）李醜父的廟記，前後長達109年，所記載的都說媽祖的出生地在湄洲。以上記載距媽祖時代不遠，不會有誤。
元代的4條記載也是如此，如元黃淵在《黃四如文集》的《聖墩順濟廟新建蕃厘殿記》中寫道：“按舊記，妃族林氏，湄洲故家有祠，即姑射神人之處子也。”所謂“故家”即老家，也說明媽祖生於湄洲嶼。
查明、清兩朝的56條記載，除清乾隆1778年林清標編撰的《敕封天後誌序》1條外，55條記載認為媽祖出生地在湄洲。明陽思謙《泉州府誌》中說：“天妃之神，本姓林，世居莆陽之湄洲嶼。”明黃仲昭《八閩通誌·天妃廟》中記載：“在新安裏魚希江湄洲嶼上，其神即弘仁普濟天妃，今廟蓋其故居也。”明周瑛在《興化府誌·戶紀·湄洲嶼》中說：“湄洲在大海中，與極了相望，林氏靈女今號天妃者生於其上。”呂壹靜《八閩通誌》：“天妃之神，本姓林，世居莆陽之湄洲嶼。”張燮《東西洋考》：“天妃世居莆之湄洲嶼。”
清郁永河在《天妃神》中說：“相傳神為莆田邑湄洲東螺村林氏女。”清劉有成《天後廟序》寫著：“神，林女也。世居湄島。”清楊浚《湄洲嶼誌略》載：“湄洲在大海中，與極了相望，林氏靈女今號天妃者，生於其上。”王禮《**縣誌》：“產後於莆田之湄洲嶼。”
說媽祖出生於賢良港（即今秀嶼區山亭鄉港裏村），主要是根據清乾隆年間（1778）惠安縣儒學教諭林清標所編輯的《敕封天後誌》。查林清標《敕封天後誌》的天妃本傳，全文都是照抄明末湄洲天後宮住持僧照乘編撰的《天妃顯聖錄》中的本傳而寫的，不同的是前者記載媽祖的曾祖保吉公是“棄官而歸，隱於莆之湄洲嶼”，而後者將其改為曾祖保吉公是“棄官隱於海濱賢良港”。在《湄嶼飛升》壹節中，兩書內容亦完全相同，《天妃誕降本傳》中是寫“妃遂徑上湄峰最高處”，而林清標在《敕封天後誌》中改成“妃遂渡海徑上湄峰最高處”。清人林清標篡改前人照乘和尚的記述是顯而易見的。然而現在居然有人還以此“渡海”上湄峰二字為由，就認定媽祖故居在賢良港，顯然破綻太明顯了，是經不起推敲的。
2、湄洲島遺存媽祖原籍地的古代石刻和明代石碑。
至今在湄洲島東蔡村石後自然村（原名東螺村、上林村，現存上林宮和保留觀音殿、媽祖故居遺址）的村北石崖上遺存著“天妃故裏”的古代石刻和明末照乘和尚立的“天妃祖跡，地名上林”石碑。這是證明媽祖出生在湄洲島的重要實證。
3、港裏的壹口“龍井”與媽祖的“窺井得符”傳說年代不符。
天後祖祠附近有壹口宋代建造的古井，井邊刻著“鹹淳丙寅（1266）八月庚辰石匠遊進”12個字。有人認為這就是媽祖“照妝於井”、“窺井得符”的古井。但媽祖誕生於北宋建隆元年（960），歿於宋雍熙四年（987），石匠遊進造井是在媽祖去世239年之後的1266年，顯然該井與媽祖少時能“照妝於井”、“窺井得符”的年份不符。特別是“窺井得符”的傳說，最早出現在明末照乘和尚刊印的《天妃顯聖錄》裏。該書第壹次提到：“妃少時，與群女閑遊，照妝於井中，忽見神人捧銅符壹只，擁井而上……妃受之不疑，……自此，符咒徑可避邪，法力日見玄通，常在室中神遊方外，談吉兇禍福，靡不奇中。”明末以前沒有這壹傳說的記載。這壹事實表明，有關媽祖“窺井得符”的傳說，是明末才出現的，賢良港保存下來的宋代水井與媽祖沒有關系，當然不能佐證媽祖生於賢良港。
4、以女性作為祖先建祠與中國封建傳統觀念不符。
將媽祖作為林氏宗族的祖先，以媽祖祠代替宗族祠堂，與中國封建社會的傳統觀念不相符。中國封建社會講究父系血統繼承制，應該父傳子，子傳孫，作為父系宗族祖先者皆為男始祖，不可能是女祖先，特別是媽祖又未出嫁，怎麽能當娘家的祖先呢？這壹點當然不能成立。
5、湄洲島的媽祖族裔是在明清兩朝奉旨遷往港裏的。
明正統九年（1444）修編的《莆田南渚林氏宗譜》對媽祖的故居是這樣記載的：“妃父僑居湄洲嶼，為署都巡檢時也。妃生於嶼上，土盡渥丹。兄鎮，子孫衍嶼上。妃之基舍、祖廟猶存。洪武初，詔遷過岸，今新安裏賢良港後林是其後也。”據明弘治周瑛、黃仲昭《興化府誌》記載：湄洲嶼“自宋元以來，居民甚多。洪武初，以勾引蕃寇遺禍地方，宋備都指揮李彜奏遷內地，島嶼遂虛。”據此兩條史料記載，賢良港林姓居民系從湄洲嶼遷過去的。
自明洪武初年內遷起，湄洲島媽祖娘家的壹支後裔便在與湄洲壹水之隔的賢良港定居。賢良港有座堂皇的所謂“天後祖祠”，據當地人說該祠創建於宋代，但現尚無史料可考，僅知明永樂十九年（1421）記載祠圮，地方官奏聞朝廷欽命太監到港裏整修致祭。此時已是湄洲林氏居民遷居賢良港幾十年之後。該祠內現存的兩塊石碑，壹為“歷代褒封徽號”碑刻，壹為《重建天後祠祀》石碑，重建碑僅記載清乾隆年間（1785）重建該祠的經過，並沒有提到原祠的建築年代。
了解中國歷史的人都知道，從明朝起朝廷才允許百姓建家廟，也就是建宗祠，允許將分散供奉在各個家庭廳堂後部神龕的祖先牌位，移到新建的家族宗祠裏。湄洲島遷至港裏的該支媽祖族裔在明朝便就地建了壹個“林氏宗祠”，供奉祖先。後因媽祖的影響擴大和便於朝拜媽祖，將“林氏宗祠”改為“天後祖祠”。這壹做法與沿海漁民在駐地和華人華僑在僑居國建媽祖廟拜媽祖的道理是壹樣的。
後明朝廷解除海禁，遷出的湄洲居民又陸續回到島上生活，人數漸多。滿人入關後，鄭成功以海島和福建、廣東、浙江沿海為基地，組織反清復明。在清順治年間，清廷又實行禁海政策，下旨沿海和海島的居民全部內遷30華裏，湄洲島和賢良港（港裏村）的居民又被遷到涵江等地。清康熙年間，遷往各地的部分湄洲林氏族裔又分別遷回湄洲島或賢良港。由於歷史上的兩次海禁而產生的湄洲島居民先後遷至港裏和涵江等地，過去遷居賢良港的湄洲媽祖族裔後輩逐漸淡忘了故鄉在湄洲的記憶，誤認為媽祖與他們壹樣出生在賢良港。
1992年10月4日，賢良港“天後祖祠”通過郵電部門發行的《1992—12〈媽祖>》特種郵票紀念封的背面說明中也承認：“據史料記載，明洪武初，湄洲全島居民內遷，媽祖娘家的壹支後裔便在與湄洲壹水之隔的賢良港定居，並建壹座‘祖祠’。”從林祖良編輯的《媽祖》畫冊和港裏人那裏可以了解，就在二十世紀末，賢良港的部分婦女穿著打扮與湄洲女還是壹樣的，這也是證明遷到港裏的湄洲林氏後裔仍然保留湄洲民俗的壹個實證。
綜上所述，媽祖的曾祖父林保吉在五代時棄官隱居於湄洲島東蔡村上林自然村，後生子林孚。林孚生子林願，字惟愨。林惟愨，擔任湄洲都巡檢，妻王氏，生壹個男孩名叫洪毅，生6個女孩，最小的名叫林默，也就是媽祖。林孚、林願和媽祖三代均出生在湄洲嶼。媽祖宋建隆元年（960）生於湄洲島，宋雍熙四年（987）也是在湄洲島仙逝。因此，湄洲島是媽祖的誕生地和祖廟所在地。