年羹堯結束陛見回任後，接到了雍正的諭旨，上面有壹段論述功臣保全名節的話：“凡人臣圖功易，成功難；成功易，守功難；守功易，終功難。……若倚功造過，必致反恩為仇，此從來人情常有者。”在這個朱諭中，雍正改變了過去嘉獎稱贊的語調，警告年要慎重自持，此後年羹堯的處境便急轉直下。
分析年羹堯失寵獲罪的原因，大致有以下幾點：
第壹，擅作威福。年羹堯自恃功高，驕橫跋扈之風日甚壹日。他在官場往來中趾高氣揚、氣勢淩人：贈送給屬下官員物件，“令北向叩頭謝恩”；發給總督、將軍的文書，本屬平行公文，卻擅稱“令諭”，把同官視為下屬；甚至蒙古紮薩克郡王額附阿寶見他，也要行跪拜禮。
對於朝廷派來的禦前侍衛，理應優待，但年把他們留在身邊當作“前後導引，執鞭墜鐙”的奴仆使用。按照清代的制度，凡上諭到達地方，地方大員必須迎詔，行三跪九叩大禮，跪請聖安，但雍正的恩詔兩次到西寧，年羹堯竟“不行宣讀曉諭”。
更有甚者，他曾向雍正進呈其出資刻印的《陸宣公奏議》，雍正打算親自撰寫序言，尚未寫出，年羹堯自己竟擬出壹篇，並要雍正帝認可。年羹堯在雍正面前也行止失儀，“禦前箕坐，無人臣禮”，雍正心中頗為不快。
第二，結黨營私。當時在文武官員的選任上，凡是年羹堯所保舉之人，吏、兵二部壹律優先錄用，號稱“年選”。他還排斥異己，任用私人，形成了壹個以他為首，以陜甘四川官員為骨幹，包括其他地區官員在內的小集團。小說《兒女英雄傳》所寫紀縣唐實指年羹堯，說他是經略七省的大將軍，“他那裏雄兵十萬，甲士千員，猛將如雲，謀臣似雨”。這些都是藝術上的誇張，與實際情形有很大的出入，但也說明年羹堯的勢力之大。
許多混跡官場的拍馬鉆營之輩眼見年羹堯勢頭正勁、權力日益膨脹，遂競相奔走其門。而年羹堯也是個註重培植私人勢力的人，每有肥缺美差必定安插其私人親信，“異己者屏斥，趨赴者薦拔”。比如他彈劾直隸巡撫趙之垣“庸劣紈絝”、“斷不可令為巡撫”，而舉薦其私人李維鈞。趙之垣因此而丟官，於是轉而投靠年羹堯門下，先後送給他價值達20萬兩之巨的珠寶。年羹堯就借雍正二年進京之機，特地將趙帶到北京，“再四懇求引見”，力保其人可用。遭年參劾降職的江蘇按察使葛繼孔也兩次送上各種珍貴古玩，年羹堯於是答應日後對他“留心照看”。此外，年羹堯還借用兵之機，虛冒軍功，使其未出籍的家奴桑成鼎、魏之耀分別當上了直隸道員和署理副將的官職。
第三，貪斂財富。年羹堯貪贓受賄、侵蝕錢糧，累計達數百萬兩之多。而在雍正朝初年，整頓吏治、懲治貪贓枉法是壹項重要改革措施。在這種節骨眼上，雍正是不會輕易放過的。
雍正對年羹堯的懲處是分步逐漸進行的。第壹步是在雍正二年十壹月年羹堯陛見離京前後，此時雍正已作出決定，要打擊年羹堯。年羹堯離京後接到的那份朱諭就是對他的暗示。
第二步是給有關官員打招呼。壹是雍正的親信，要求他們要與年羹堯劃清界限，揭發年的劣跡，以爭取保全自身；二是年羹堯不喜歡的人，使他們知道皇帝要整治年了，讓他們站穩立場；三是與年關系壹般的人，讓他們提高警惕，疏遠和擺脫年羹堯，不要站錯了隊。這就為公開處治年羹堯做好了準備。
第三步把矛頭直接指向年羹堯，將其調離西安老巢。
到了雍正三年（1725年）正月，雍正對年羹堯的不滿開始公開化。年指使陜西巡撫胡期恒參奏陜西驛道金南瑛壹事，雍正說這是年任用私人、亂結朋黨的做法，不予準奏。
年羹堯曾經參劾四川巡撫蔡珽威逼所屬知府蔣興仁致死，蔡珽因此被罷官，經審訊後定為斬監候；而年羹堯的私人王景灝得以出任四川巡撫。這時雍正已經暗下決心要打擊年羹堯，蔡珽被押到北京後，雍正不同意刑部把他監禁起來，反而特地召見他。蔡珽陳述了自己在任時因對抗年羹堯而遭誣陷的情況，又上奏了年羹堯“貪暴”的種種情形。雍正於是傳諭說：“蔡珽是年羹堯參奏的，若把他繩之以法，人們壹定會認為是朕聽了年羹堯的話才殺他的。這樣就讓年羹堯把持了朝廷威福之柄。”因此，雍正不僅沒有給蔡珽治罪，而且升任他作了左都禦史，成為對付年羹堯的得力工具。
雍正三年（1725年）三月，出現了“日月合璧，五星聯珠”的所謂“祥瑞”，群臣稱賀，年羹堯也上賀表稱頌雍正夙興夜寐，勵精圖治。但表中字跡潦草，又壹時疏忽把“朝乾夕惕”誤寫為“夕惕朝乾”。雍正抓住這個把柄借題發揮，說年羹堯本來不是壹個辦事粗心的人，這次是故意不把“朝乾夕惕”四個字“歸之於朕耳”。並認為這是他“自恃己功，顯露不敬之意”，所以對他在青海立的戰功，“亦在朕許與不許之間”。接著雍正更換了四川和陜西的官員，先將年羹堯的親信甘肅巡撫胡期恒革職，署理四川提督納泰調回京，使其不能在任所作亂。四月，解除年羹堯川陜總督職，命他交出撫遠大將軍印，調任杭州將軍。
最後壹步是勒令年羹堯自裁。年羹堯調職後，內外官員更加看清形勢，紛紛揭發其罪狀。雍正以俯從群臣所請為名，盡削年羹堯官職，並於當年九月下令捕拿年羹堯押送北京會審。十二月，朝廷議政大臣向雍正提交審判結果，給年羹堯開列92款大罪，請求立正典刑。其罪狀分別是：大逆罪5條，欺罔罪9條，僭越罪16條，狂悖罪13條，專擅罪6條，忌刻罪6條，殘忍罪4條，貪婪罪18條，侵蝕罪15條。
雍正說，這92款中應服極刑及立斬的就有30多條，但念及年羹堯功勛卓著、名噪壹時，“年大將軍”的威名舉國皆知，如果對其加以刑誅，恐怕天下人心不服，自己也難免要背上心狠手辣、殺戮功臣的惡名，於是表示開恩，賜其獄中自裁。年羹堯父兄族中任官者俱革職，嫡親子孫發遣邊地充軍，家產抄沒入官。叱咤壹時的年大將軍以身敗名裂、家破人亡告終。
凡看過電視連續劇《雍正王朝》的朋友，都壹定會對年羹堯留下深刻印象。這位顯赫壹時的年大將軍曾經屢立戰功、威鎮西陲，滿朝文武無不服其神勇，同時也得到雍正帝的特殊寵遇，可謂春風得意。但是不久，風雲驟變，彈劾奏章連篇累牘，各種打擊接踵而至，直至被雍正帝削官奪爵，列大罪92條，賜自盡。壹個曾經叱咤風雲的大將軍最終落此下場，實在令人扼腕嘆息。那麽，歷史上的年大將軍究竟是壹個什麽樣的人？又是什麽原因導致雍正要下決心除掉這個自己曾經倚為心腹的寵臣？
關於雍正為何殺年羹堯，史學界向來有爭論。有人說是因為年想造反，又有人說年羹堯當年參與了雍正與諸兄弟的皇位之爭，雍正這樣做是殺人滅口。我們不妨分析壹下這些說法：
壹種觀點認為年羹堯的死是因為他自立為皇帝。乾隆時學者蕭奭在《永憲錄》中提到：年羹堯與靜壹道人、占象人鄒魯都曾商談過圖謀不軌的事。有的學者也持此說，認為“羹堯妄想做皇帝，最難令人君忍受，所以難逃壹死”。而《清代軼聞》壹書則記載了年羹堯失寵被奪兵權後，“當時其幕客有勸其叛者，年默然久之，夜觀天象，浩然長嘆曰：不諧矣。始改就臣節”。說明年確有稱帝之心，只因“事不諧”，方作罷“就臣節”。其實這種說法是沒有充分依據的。
在封建時代最註重名分，君臣大義是不可違背的，做臣子的就要恪守為臣之道，不要做超越本分的事情。
年羹堯的所做所為的確引起了雍正的極度不滿和某種猜疑。年羹堯本來就職高權重，又妄自尊大、違法亂紀、不守臣道，招來群臣的側目和皇帝的不滿與猜疑也是不可避免的。雍正是個自尊心很強的人，又喜歡表現自己，年羹堯的居功擅權將使皇帝落個受人支配的惡名，這是雍正所不能容忍的，也是雍正最痛恨的。雍正並沒有懼怕年羹堯之意，他壹步壹步地整治年羹堯，而年也只能俯首就範，壹點也沒有反抗甚至防衛的能力，只有幻想雍正能看著舊日的情分而法外施恩。所以，他是反叛不了的。雍正曾說：“朕之不防年羹堯，非不為也，實有所不必也。”至於年羹堯圖謀不軌之事，明顯是給年羅織的罪名，既不能表示年要造反，也不能說明雍正真相信他要謀反。
從年羹堯來看，他壹直也是忠於雍正的，甚至到了最後關頭也壹直對雍正抱有很大幻想。
在被革川陜總督赴杭州將軍任的途中，年羹堯幻想雍正會改變決定，因而逗留在江蘇儀征，觀望不前。結果這反使雍正非常惱怒，他在年羹堯調任杭州將軍所上的謝恩折上這樣批道：“看此光景，妳並不知感悔。上蒼在上，朕若負妳，天誅地滅；妳若負朕，不知上蒼如何發落妳也！……妳這光景，是顧妳臣節、不管朕之君道行事，總是譏諷文章、口是心非口氣，加朕以聽讒言、怪功臣之名。朕亦只得顧朕君道，而管不得妳臣節也。只得天下後世，朕先占壹個是字了。”雍正的這段朱批實際上已經十分清楚地發出了壹個信號：他決心已定，必將最終除掉年羹堯。
直至年羹堯接到自裁的諭令，他也壹直遲遲不肯動手，還在幻想雍正會下旨赦免他。但雍正已經下定決心，認為使其免遭淩遲酷刑、自裁以全名節已屬格外開恩，所以他應該“雖死亦當感涕”，因此年羹堯生路已絕。壹個想要謀反的大臣怎麽會對皇帝有這種不切實際的幻想呢？雍正在給年羹堯的最後諭令上說：“爾自盡後，稍有含冤之意，則佛書所謂永墮地獄者，雖萬劫不能消汝罪孽也。”在永訣之時，雍正還用佛家說教，讓年心悅誠服，死而不敢怨皇帝。
還有壹種觀點認為，年羹堯參與了雍正奪位的活動，雍正帝即位後反遭猜忌以至被殺。不只是稗官野史，壹些學者也持這種看法。據說，康熙帝原已指定皇十四子胤禵繼位，雍正帝矯詔奪位，年羹堯也曾參與其中。他受雍正帝指使，擁兵威懾在四川的皇十四子允，使其無法興兵爭位。雍正帝登基之初，對年羹堯大加恩賞，實際上是欲擒故縱，待時機成熟，即羅織罪名，卸磨殺驢，處死年羹堯這個知情之人。有人不同意此說，主要理由是雍正帝繼位時，年羹堯遠在西北，並未參與矯詔奪位，亦未必知曉其中內情。但客觀上講，當時年羹堯在其任內確有阻斷胤禵起兵東進的作用。
關於雍正帝篡改遺詔奪取皇位的情況，許多著述都進行了闡釋，閻崇年的《正說清朝十二帝》也有系統歸納，此不贅言。各家說法，見仁見智，莫衷壹是。雍正即位壹事，確實疑點很多。而他即位後，又先後處置了原來最為得力的助手年羹堯和隆科多，讓人更不禁要懷疑這是做賊心虛、殺人滅口。當然，這只能算是合理推定，尚無鐵的資料作為支撐，所以，這種懷疑套句俗語說就是：“事出有因，查無實據。”
我們暫且拋開雍正決心除掉年羹堯的真正動因不說，從年羹堯自身而言，他的死確實有點咎由自取。他自恃功高，妄自尊大，擅作威福，絲毫不知謙遜自保，不守為臣之道，做出超越臣子本分的事情，已為輿論所不容；而且他植黨營私，貪贓受賄，“公行不法，全無忌憚”，為國法所不容，也為雍正所忌恨。這就犯了功臣之大忌，勢必難得善終。所以《清史稿》上說，隆、年二人憑借權勢，無復顧忌，罔作威福，即於覆滅，古聖所誡。
值得壹提的是，在年羹堯死的時候，雍正還派人給年羹堯留下壹句話：但願人長久，千裏***嬋娟。