遊戲進行到這裏，就可以打支線劇情了，先到舊貨店去買些裝備，那裏現在加了不少上等貨，買完東西後可以讓蘿兒開發壹下物品，手榴彈工具箱能做成榴彈手臂，跳躍組能做成跳躍，裝備跳躍後就可以跳的特別高，對於探索遺跡有很大的幫助。現在來到位於住宅區的船塢附近會看見壹個正在畫畫的女士，與她對話時她會問妳應該在畫裏加些什麽，選擇紅色後得知她的紅色顏料用完了，現在去女裝店找老板，老板給了洛克壹支口紅，將口紅交給畫畫的人她就會離開了，這時可以在博物館找到她，原來她是館長，她希望洛克人能將挖到的寶物交給博物館，洛克爽快的答應了。現在來到克羅塞森林的壹個房子裏能找到那三個說悄悄話的小孩，他們正在改造這個房子，跟胖子對話，他會詢問妳是否願意加入他們，當然選擇加入了，洛克人負責幫他們找工具，現在需要去找鐵鎬，在銀行的前面可以找到壹個建築工人，可以向他借（不用還）,拿到東西後回去交差。先存個檔再去警察局找警長，先交談壹次後，再交談壹次他就會給妳任務，任務是找尋黃臉小孩（其實就是海盜）在市區丟失的3樣東西,剛來到市區就看見路上有壹枚炸彈爆炸了，原來要找的東西是炸彈呀，現在開始1分鐘內找到另外兩枚炸彈，炸彈的位子是隨機的，壹般都是壹枚在房屋的側面，另壹枚在房頂上，找到兩枚炸彈後分別得到塑膠和炸彈，可以回去報告了。回克羅塞找那3個小孩，胖子會要求洛克去找鋸子，還是去找借妳鐵鎬的那個人，他卻說剛剛在市區把鋸子扔掉了，沒辦法，去市區找吧，沒想到很順利的在垃圾桶中找到了鋸子，拿回去交差吧。現在可以去位於克羅塞森林2區的遺跡了，壹進去穿過門就會看見1堵不同顏色的墻，先不管它，在拐角處的寶箱中有錢拿，再往前面也有個寶箱，不過卻是個假箱子，它旁邊上的洞裏也有錢可以拿。遺跡2區有兩層，第壹層沒什麽用，跳到第2層去可以從寶箱中拿到大炮工具箱，繼續往裏走會看見5個寶箱，其中3個是假的，另外兩個裏面有錢和三次接近，拿完後原路返回。出遺跡後可以在2區的樹底下找到雄甲蟲，在克羅塞1區的房子後面可以找到漫畫書，再來到卡爾登森林2區，在那裏的樹下可以找到甲蟲（這3個物品需要房子改建完成後才能出現）。進入卡爾登1區的遺跡，進入第壹層可以看見3個寶箱，裏面有錢和爆破單位。這時有3條路供玩加選，下面的路是繼續往裏走，另外兩條路分別通往城門口的遺跡和卡爾登遺跡，往卡爾登遺跡的路上有2個洞和1個寶箱，分別是錢和滑板。選擇繼續往裏走會遇到巨大的守衛者，中看不中用的家夥，直接幹掉它。繼續往裏走，來到壹個很寬敞的地方，這個地方也有兩條路，先選擇左邊走，路上有兩個洞，裏面都是錢，最裏面的寶箱中有快速發射炮筒，再走右邊的路，門口的寶箱裏有錢拿，繼續向前走能找到壹個洞，洞裏有老護甲，靠右邊的門沒必要進。最前面門對面的寶箱裏是錢，進入門後會遇到壹種機器螃蟹，在第壹只螃蟹背後的洞裏有發光的物體。最裏面的路有很多怪墻，以後可以用鉆頭鉆開，這裏的寶箱可以拿到筆光，拿完後就可以離開遺跡了。再去找那三個小孩，這是他們的房子已經改建完成，為了表示感謝，妳可以在那堆雜物裏找到灰狼炮彈，再將妳找到的雄甲蟲.漫畫書和甲蟲交給胖子，他會拿壞掉的電路.老暖氣機和X雷射槍作為交換。現在找蘿兒開發道具，大炮工具箱可以做成強力雷射槍;神秘球和灰狼炮彈可以做成護甲手臂（盾牌）;玩具劍和筆光可以做成刀臂（就像ZERO的劍壹樣）;快速發射炮筒可以做成機槍，塑膠可以做成強力雷射槍L;炸彈可以做成強力雷射槍R。
支線任務第二部分
回到支援車上，選擇與蘿兒交談，將折射水晶交給她，現在可以開始修理飛船了，可惜飛船並沒有完全修好，只能在整個島的範圍內移動。與蘿兒對話就可以選擇去克羅賽地底門了，現在先別急著去，進入巴瑞爾教授的房間（綠色的門），在墻角的箱子裏可以找到炸彈圖解。來到醫院可以看見壹個坐著輪椅的小女孩（艾拉），跟她對話後，再去與櫃臺的護士對話就可以進入病房了，與醫生對話後得知這裏的治療器材不夠先進治不好艾拉的腿，回到市政府大樓與市長對話會出現更新醫院設備的選項，選擇投資後（15000）再回到醫院的病房裏就會看到艾拉已經可以走路了（太快了吧）,為了表示感謝，她會將花朵珍珠送給洛克。來到警察局，與警長對話，警長會交給妳壹個任務，具體的情況要找櫃臺前穿綠衣服的人了解，原來他弄丟了自己準備蓋房子的錢，從他的話裏得知他曾經去過電子商店，來到電子商店向老板詢問後得知那個丟東西的人曾經說要去買點東西吃，再向面包店老板處打聽，老板說那個人在她這裏只買了壹個面包就走了，說是要找東西，再來到圖書館問管理員，得知那個人好像在找水喝，來到自動販賣機前與壹個綠衣女孩說話，女孩說他見到過那個人買果汁，但是身上卻沒有背包，女孩建議洛克找周圍的人問壹下，在壹個垃圾桶附近有個紅衣男孩，跟他對話3次後就能在旁邊的垃圾桶裏找到背包了，物歸原主後作為感謝會送給洛克手臂支撐器。來到電視臺與那個穿藍衣服的人對話（必須裝備噴射冰鞋）就可以參加跑步遊戲，有直線跑道.左曲線跑道和技術跑道可以選擇，每種跑道通過後A級後都有獎品可以拿，跑步時要通過所有的紅色圓錐才算通過，盡量去撞黃色圓錐使時間定止，這樣才有希望能完成A級。直線跑道完成可得到音樂盒；左曲線跑道完成可得到全單位；技術跑道完成可得到巨大角。以上任務完成後就去找蘿兒開發物品，炸彈圖解能開發出大型榴彈；連接插頭能開發出轉接插頭，這個東西可以使洛克人同時裝備3種雷射槍零件，是好東西呀；格林機槍零件和花朵珍珠能開發出格林機槍。最後別忘了把鈴聲和音樂盒送給蘿兒。
地下城的鑰匙與支線任務第三部分
海盜離開後，可以在原來倉庫所在的地方找到 壹個地下城的入口，進去後會出現很多敵人，盡量使用轉圈式打法，不要壹次性打兩個敵人，要單個解決，別忘了房頂上的敵人，敵人打完後，最大的建築物的門就會打開，裏面能拿到看守人鑰匙。來到市區也能看到壹個入口，進去後跟前壹個壹樣先解決敵人才能開門，這回可以得到睡眠者鑰匙。再來到住宅區，那裏也有入口，進去後會出現BOSS，跟在BOSS後面打，小心它放出的敵人，將BOSS打倒後，就可以拿到夢想家鑰匙了。現在可以把最後的支線完成了，回到飛船後，調查電視就可以看到關於銀行被搶的報道，現在火速趕往市區，到達市區後會看見警車正在追趕壹輛紅色的車，利用噴射冰鞋跟上紅色車，把它往邊上擠，壹直擠到冒煙就可以了，檢起地上的皮箱，這時有兩個選擇，如果直接帶者皮箱離開市區就能得到200000元（貪汙）；如果把皮箱交給警長，可以得到20000元。現在找蘿兒開發壹下物品，鈍掉的鉆頭可以做成鉆頭手臂；自動發射炮筒和發電機零件可以做成自動電池。將鉆頭手臂裝備上（最好改滿），就可以到遺跡裏去將那些有問題的墻鉆開了。遺跡之間都是相通的，不管從哪個遺跡進入都能把墻鉆完，從克羅塞森林2區的遺跡進入可以發現壹連串的墻，途中可以找到壹個洞和壹個寶箱，裏面有武器計劃和爆破單位R。從卡爾林森林1區遺跡進入來到原來全是螃蟹的地方（參考上面的功略），進入最裏面壹扇門後往左拐，把那些墻都鉆開可以找到3個洞，洞裏有錢和主核心碎片，往右拐鉆墻後可以找到4個寶箱，裏面有老火箭筒和錢。來到卡爾登森林1區最東邊的山腳下可以找到水果店老板娘，她好像快要生產了，選擇將她送到醫院後，她的丈夫也會趕到，現在離開醫院，來到博物館2樓與館長對話，依次將老骨頭.老暖氣機.老洋娃娃.古董鐘.巨大角.發光的物體.老護甲和發光的紅色石頭交給她後，去醫院與水果店老板對話可以得到日光，再回到博物館2樓與壹個綠衣女孩對話，選擇是後就能得到棱鏡水晶。以上事件完成後去找蘿兒開發物品，老火箭筒.手臂支撐器和古書可以開發出分散雷射槍，X雷射槍.棱鏡水晶和武器計劃可以開發出閃亮雷射，這可是本遊戲最強的武器了，強化起來也很花錢（如果主動雷射槍改滿，就沒必要改它了）；損壞的電路.主核心碎片和日光可以開發出全單位∩。