在電影的開始，鬥馬·伊卡洛斯在壹個特殊的祭壇上。他在祈禱，然後馬上接到了殺死聖鬥士星矢的命令。於是他和另外兩個神界勇士奧德修斯和忒修斯壹起離開了祭壇。他們三個到達了壹個湖邊，聖鬥士星矢坐在輪椅上，壹臉茫然。他們三個毫無顧慮地攻擊聖鬥士星矢，輪椅突然被壹片血紅包圍...
但是後來他們發現他們傷不了聖鬥士星矢。他們不知道為什麽。突然，他們看到聖鬥士星矢旁邊有個人影。是沙智。她拿了幾條毛巾給聖鬥士星矢擦拭。鬥馬馬上意識到他們的攻擊是無效的，因為沙治。三個天兵命令沙智離開他。他們告訴她，聖鬥士星矢會受到上帝的懲罰，因為他惹惱了他。但沙智攔在聖鬥士星矢面前，不讓他們靠近。於是三名戰士同時攻擊雅典娜，但是女神強大的小宇宙讓戰士們無法傷害她。此時，太陽下山，月亮升起。雅典娜意識到只有壹個人能讓月亮快速升起，遮住太陽光。她是她的姐姐，月亮女神阿耳忒彌斯。
阿耳忒彌斯告訴雅典娜，她的行為違背了上帝的意誌，她將懲罰不服從上帝意誌的聖徒。阿爾忒彌斯告訴雅典娜，她必須交出地球的控制權，雅典娜毫不猶豫、毫不畏懼地同意了。阿爾忒彌斯隨後命令三名天界戰士離開聖域，但雅典娜告訴阿爾忒彌斯，在交出地球的控制權之前，阿爾忒彌斯必須原諒聖鬥士星矢和其他聖人。阿耳忒彌斯同意了，但她告訴雅典娜，任何人再次違背眾神的意誌都不會得到寬恕，將受到嚴厲的懲罰。說完這些話，阿耳忒彌斯就消失了。
聖鬥士星矢仍然坐在輪椅上。他睜不開眼睛。似乎他腦海中留下的只有哈迪斯與冥界激戰的記憶。哈迪斯的劍刺穿了他的胸膛。突然神奇的羚羊出現在他面前，他醒了，站了起來。魔羚羊在小湖的房子旁邊發現了聖鬥士星矢，很驚訝，因為冥界之戰之後，沒有人知道聖鬥士星矢和沙智的下落。神奇的羚羊在木屋的樓梯旁發現了壹個小鈴鐺，好像是三天兵留下的。魔羚羊小心翼翼地把鈴鐺收了起來，告訴聖鬥士星矢他必須馬上回聖域去找雅典娜。然後她就走了。聖鬥士星矢聽了魔羚羊的話站了起來，向避難所出發了。
當他到達避難所時，他幾乎不敢相信他所看到的，因為避難所完全變了樣。妳可以看到大量的水在廢墟周圍流動。這時候，聖鬥士星矢感覺到壹個熟悉的影子向她靠近。是莎爾娜。她坐在廢墟的屋頂上。聖鬥士星矢問她發生了什麽事。雅典娜去哪裏了？沙拉告訴他，它們毫無價值，因為現在避難所不屬於雅典娜，月亮女神才是主人。但是聖鬥士星矢不相信她。他說他想見見其他聖人。沙拉生硬地告訴他，這裏沒有雅典娜聖徒。但是聖鬥士星矢還是不相信，於是夏拉假扮戰士殺死了聖鬥士。正當聖鬥士星矢準備反擊的時候，邪武出現了，同時攻擊了他。城市也出現了，也是沖著聖鬥士星矢來的。他們三個同時嘲諷聖鬥士星矢，告訴聖鬥士星矢，因為他們太傷心了，所以雅典娜離開了他們，離開了地球。聖鬥士星矢還是不相信他們，雖然他們的表情已經變了。他們和以前不壹樣了。他們真的不再是雅典娜的聖徒了嗎？莎爾娜告訴聖鬥士星矢，雅典娜正在釋放自己的血，很快就會死去。困惑的聖鬥士星矢問莎爾娜他們對雅典娜做了什麽，三個人回答說他們什麽也沒做。
莎爾娜帶著聖鬥士星矢來到避難所的湖邊躲藏，然後莎爾娜、邪武和這座城市離開了。他們離開的時候談到，也許聖鬥士星矢在聖域裏不是壹個人。此時此刻，雅典娜正在神廟的“贖罪泉”中釋放她的血液。她將用自己的生命拯救人類，向被人類惹惱的神靈尋求寬恕。
與此同時，聖鬥士星矢在避難所的壹個水池上。他問自己在哪裏，他認為沙拉把他放在這裏壹定是有目的的。過了壹會兒，他感覺幾米外有人在叫他。當他正要看壹看時，他發現了他的飛馬聖衣。當他即將得到它們的時候，他發現聖衣拒絕了他，但沒過多久他就意識到，不是聖衣拒絕了他，而是他的身體拒絕了聖衣。聖鬥士星矢又穿上了聖衣。
在出去的路上，他發現子龍在水裏。當他想原諒利昂娜時，冰川似乎凍結了。他們不是奧德修斯的對手。奧德修斯告訴聖鬥士星矢，忒修斯之前也對阿順說過同樣的話，人類，包括雅典娜和她的聖徒，都將被消滅。聖鬥士星矢告訴奧德修斯，他的力量會創造奇跡，他可以做任何事情來拯救人類。他說這壹切都是拜他的小宇宙所賜。當子龍和何冰聽到他的演講時，他們又站了起來。冰川告訴聖鬥士星矢，他們所謂的力量壹直幫助他們戰勝了迄今為止所有的敵人。之後，他們三人朝著同壹個方向攻擊奧德修斯，奧德修斯輕而易舉地打翻了他們三人。在atrix，聖鬥士聖衣解體，但攻擊依然無效。他們並沒有放棄再次攻擊奧德修斯，最終壹次又壹次地打敗了他，但他們自己卻倒下了。
與此同時，聖衣瞬間出現，他已經知道了發生的壹切。瞬間帶著他的鎖鏈壹步壹步爬上了聖域的懸崖。這時，她突然感覺到身後有個人影。這是忒修斯，神聖的戰士。忒修斯抓起瞬發用來爬懸崖的鐵鏈，告訴瞬發，他要用上帝的意誌殺死瞬發。
經過壹番交談後，忒修斯準備發動瞬時攻擊。瞬幾乎沒有任何反抗就被忒修斯抓住，並摔倒在他旁邊的巖石上。那些巖石像壹棵大樹壹樣層層疊疊，但上面似乎有陌生又熟悉的身影？那些巖石實際上是黃金聖人的面部石像，頂部是穆，底部是薩加和艾俄，中間是通胡、、修羅等人的身份。阿瞬看著這些雕像發呆...像監獄壹樣非常黑暗的地方，監獄周圍有火焰壹樣的屏障，聽到了兩個神的聲音，黃金聖鬥士壹絲不掛，面無表情。兩位神嚴厲地告訴妳們黃金聖鬥士，他們會受到神的懲罰，因為他們冒犯了神，他們的靈魂會被永遠封印。這時，史昂和童胡說話了。他們說，他們將永遠是雅典娜的聖徒，他們將永遠為保衛女神而戰。這兩個神告訴金，他們永遠不會離開監獄，他們將受到懲罰。
瞬間掉落的水池是被黃金包圍的巨大石塔之壹，立刻站了起來，繼續對抗忒修斯。即時問忒修斯雅典娜發生了什麽事。忒修斯告訴即時，雅典娜是給她的生命來拯救地球和人類。瞬間質問忒修斯他們對雅典娜做了什麽，跳起來攻擊忒修斯，但是忒修斯很輕松的把他打倒了。這時，壹輝出現了，阿順像以前壹樣說:兄弟...妳在這裏...忒修斯輕松地擊倒了壹輝。當忒修斯看到被擊倒的瞬間和壹輝掙紮著爬起來時，忒修斯終於明白了眾神為什麽要殺死他們。就在這個時候，附著在黃金聖鬥士雕像上的血流了出來，滴到了水裏，這讓壹輝和即時感到非常溫暖。瞬和壹輝立刻神清氣爽，再次起身，同時攻擊忒修斯，但忒修斯還是輕松的阻止了他們的攻擊。瞬間，他高高躍起，展開星雲鏈，攻擊忒修斯。當忒修斯準備逃跑時，壹輝出現在他身後，他們壹起殺死了忒修斯。史昂又說話了。他告訴即時通訊記者和壹輝他們沒有錯！把保護雅典娜的責任托付給這些青銅聖鬥士是對的！
聖鬥士星矢離開了他們和奧德修斯戰鬥的地方。他覺得他的身體在排斥他，他沒有力量去抗爭。不久之後，他去了壹個沙漠，在那裏他遇到了鬥馬·伊卡洛斯。鬥馬來殺他，但是聖鬥士星矢根本不願意戰鬥。就在鬥馬準備殺死聖鬥士星矢的時候，魔羚羊出現了。她拿出了她在河邊撿到的鈴鐺。她告訴鬥馬，她壹直在尋找壹個人來戴這個鈴鐺，但是鬥馬似乎壹點也不在乎這只神奇的羚羊。他沒有認出那其實是他的妹妹。杜馬是不同的。他不再是神奇羚羊熟悉的弟弟了。他現在忠於月亮女神阿耳忒彌斯，他的目標是成為壹個強大的神。所以他才無視人類，無視他的弱點，無視他的感受。他趁魔羚羊不註意，襲擊了她。魔羚羊試圖防守，但是鬥馬的力量太強大了。聖鬥士星矢也試圖保護魔羚羊，但都被鬥馬擊倒了。
鬥馬回到了我們開始這部電影的地方，也許是天堂的祭壇。他與阿耳忒彌斯交談，阿耳忒彌斯告訴他，他是唯壹被選為他的戰士的人類。與此同時，聖鬥士星矢又站了起來，尋找沙之。女神看到聖鬥士星矢很驚訝，並告訴他，讓他再次卷入戰爭，她感到非常抱歉。聖鬥士星矢堅定地告訴沙智，不要再做同樣的賭註，不要再繼續讓自己的血白流。
“妳為什麽要為我這麽做？”通過沙編織
“因為我是妳的聖人，我要為妳而戰！”聖鬥士星矢
沙智的表情變了。她走出贖罪之泉，說要殺了他。聖鬥士星矢不相信她說的話，又問她為什麽。雅典娜:妳真的想殺死聖鬥士星矢嗎？雅典娜召喚了月亮女神，讓她把勝利女神的權杖給她。當月神給她金杖時，雅典娜再次表明了殺他的意圖，問他是否接受。“是的！”聖鬥士星矢毫不猶豫的回答，因為他為女神而活，他願意為她而死。雅典娜拿著金杖，向聖鬥士星矢的胸口刺去。聖鬥士星矢倒在血泊中。子龍和冰川覺得聖鬥士的小宇宙消失了。他們又站了起來，朝著女神的方向走去。壹輝和阿順也這樣做了。
沙智轉過身，用清澈的眼神看著露娜。她不想回到眾神所在的地方，奧林匹斯山。她告訴露娜，她只希望上帝讓人類自由地生活在這個地球上，不要成為上帝的奴隸。所以她才會去爭取，甚至和她姐姐。阿耳忒彌斯嘆了口氣，她帶著悲傷的表情接受了這個事實，然後準備殺死沙智，舉起她的金色弓箭射向雅典娜。雅典娜告訴她，人類之所以如此強大，是與自然界其他事物抗爭的結果。諸神不懂，因為他們只知道控制別人。
“天啊，妳是什麽？”由雅典娜
“上帝就是上帝，上帝的意誌。”由阿耳忒彌斯
聖鬥士星矢再次站出來阻止阿爾忒彌斯殺死雅典娜。就在這時，鬥馬突然出現，阻止了聖鬥士星矢與他戰鬥。幾場戰鬥後，聖鬥士星矢準備把鬥馬扔下懸崖。這時，魔羚羊出現了，攔住了他。這時，鬥馬的腦海裏閃現出他童年的記憶。我們可以看到，年輕的鬥馬依偎在神奇的羚羊身邊，發誓永遠保護她的妹妹。神奇羚羊非常抱歉地告訴鬥馬，他沒有盡到姐姐的責任，沒有找到他。這時，鬥馬告訴魔羚羊，他終於明白是什麽讓人類如此強大。原來，鬥馬想成為阿耳忒彌斯的戰士，以便像上帝壹樣強大和有能力保護她的妹妹。阿爾忒彌斯不想再浪費時間了。她舉起弓箭射向雅典娜。這時，鬥馬沖到雅典娜面前，箭射進了鬥馬的胸膛。阿爾忒彌斯終於感受到了人類創造奇跡的力量，但這壹次，又出現了另壹個身影。他是太陽神阿波羅。他告訴阿耳忒彌斯，他對她很失望，因為她沒能殺死雅典娜。他打算親手殺了她。阿波羅試圖抓住雅典娜，但聖鬥士星矢上前阻止了他。他將要面對壹個強大的上帝。雅典娜告訴聖鬥士星矢他打不過他，但是聖鬥士星矢堅信他可以...
阿波羅燃燒了他龐大的宇宙，導致沙智和聖鬥士星矢的衣服被燒毀。阿波羅告訴他們，人類無法對抗諸神，因為諸神擁有最大的力量。雅典娜開始思考，人類要想生存下去，是不是只能侍奉上帝，必須受其控制。聖鬥士星矢不同意阿波羅的觀點，認為人類是奴隸，所以像他這樣的神人類是不需要的。
他不希望神以這種方式存在，即使他和阿波羅戰鬥。阿波羅攻擊聖鬥士星矢，聖鬥士星矢將小宇宙升至最高點，聖鬥士星矢穿上飛馬的聖衣，狠狠壹拳打向阿波羅。結果阿波羅的臉被聖鬥士星矢打傷了，聖鬥士星矢被射死了還是活著...
阿波羅和聖鬥士星矢戰鬥的最後兩幕結束後，屏幕壹片漆黑，屏幕上出現了壹個問題:聖鬥士的小宇宙能戰勝上帝嗎？
影片的最後壹幕是雅典娜和聖鬥士星矢再次相遇的畫面，但兩人都已經失去了記憶(阿波羅應該是抹去了記憶，作為對他們多次膽敢對抗上帝的懲罰)。
聖鬥士聖鬥士星矢天界篇