1997
年M1名偵探柯南：計時引爆摩天樓
正式海報(22張)
新壹收到了來自世界知名建築家——森谷教授於其宅邸舉行的晚會的請帖。柯南、小蘭和小五郎應邀出席。此即為事件的開端。此後發生了作為特殊火藥的塑膠炸彈大量失竊的案件。那個自稱兇手的男子打來預告電話，與柯南展開博弈。犯人再次向那裏打電話。隨後，兇手連續發來炸彈預告。城市陷入了恐慌。[1]
1998年M2
名偵探柯南：第14個目標
柯南身邊的人，目暮警官、小蘭的母親妃英理、阿笠博士接連遭遇行兇。有著神秘關鍵字的撲克牌，被留在了犯罪現場。追查案件真相的柯南等人，奔向海上餐廳，在那裏等著他們的，是新的殺人大戲。[2]
1999年M3
名偵探柯南：世紀末的魔術師
1999年。在世紀末的這年，於世間引發大騷動的大怪盜。其名為“
怪盜基德”。基德發出了要偷取帝國彩蛋的預告函。柯南去大阪追逐基德。那裏除基德外還有壹個人瞄準了蛋。基德用魔術玩弄警察於股掌之間。基德在解開預告函的柯南和平次兩個人面前，悠然地偷走了彩蛋。就在柯南追擊基德之時，響起了槍聲。柯南在壹探究竟前，發現了映出的古堡。可是，當晚，發生了殺人案件。柯南等人來到古堡。但在城堡中發生了新的殺人案件。少年偵探團秘密潛入城中。[3]
2000年M4
名偵探柯南：瞳孔中的暗殺者
發生了警察官被接連殺害的案件。被殺的兩人，都緊握警察手冊。柯南偶然和該案件遭遇。小五郎試圖***同解決案件，而白鳥刑警卻說出了壹句“Need not to know”（沒有知道的必要）。這是警察內部用語，表明案件與警察內部相關。從警視廳得到的情報中得知，小蘭的性命也會被盯上。[4]
2001年M5
名偵探柯南：通往天國的倒計時
柯南與少年偵探團，來到西多摩市臨近完工的日本第壹高的雙子塔大廈。這是最先進的高科技建築，而在建設過程中，有可疑人物暗中活動。其後，在大樓內發生了第壹起殺人案。在那附近，柯南目擊到難以置信的東西。黑色的保時捷356A。並且灰原也開始與什麽人秘密聯系。[5]
2002年M6
名偵探柯南：貝克街的亡靈
柯南等人闖入夏洛克·福爾摩斯活躍的100年前的倫敦。世界最先進的虛擬體感遊戲“繭”操縱著50個人的生命。柯南和父親工藤優作壹同挑戰人工智能“諾亞方舟”。[6]
2003年M7
名偵探柯南：迷宮的十字路
春天，櫻花的季節。東京、大阪、京都的5名男子遭到殺害。5人是屢次盜竊佛像、美術品的“盜賊團·源氏螢”的成員，相互以義經和他的隨從的名字稱呼。警視廳的目暮警部壹行人、大阪府警大瀧警部、京都府警綾小路警部開始聯合調查。與此同時，小五郎接到某個寺院的委托，與困難等人壹同到達了京都。東、西名偵探柯南、平次，齊心協力化解挑戰。[7]
2004年M8
名偵探柯南：銀翼的魔術師
東京的最新景點。那裏某棟大樓的屋頂上，與柯南對峙的是他的宿敵怪盜基德。柯南、小蘭、小五郎和牧樹裏收到了怪盜基德的預告函。“Romeo……Juliet……Victor……Bravo!在這26個字母飛舞交錯中，我將會前去拿取那顆命運的寶石。怪盜基德上。”以及壹張將黑桃2縱向撕開的撲克牌的畫。小五郎得知牧樹裏在舞臺劇《約瑟芬》上使用藍寶石戒指“命運的寶石”，做出了當晚基德會前來搶走寶石的推理。在柯南等人的註視下，舞臺的幕布升起。[8]
2005年M9
名偵探柯南：水平線上的陰謀
在太平洋航行的阿佛洛狄忒號。柯南小蘭、小五郎，還有少年偵探團和阿笠、園子等壹行人，參加了它的處女航。靠八代財團的威信建造的那艘船上，邀請了許多政界和演藝界的名人。在船上，有個可疑人影在行動。最終，發生了殺人案。在其背後，15年前，於北大西洋沈沒的貨輪——第壹八代號的事故和八代集團的設計師因心臟病引起的交通事故有所關聯。在海上，柯南等人被卷入壹場無處可逃的陰謀之中。[9]
2006年M10名
偵探柯南：偵探們的鎮魂歌
小五郎接到了偵探委托。委托人將ID交給了少年偵探團和小蘭，他們興高采烈地去乘坐超人氣過山車·超級大蛇。可是，那個ID設置了炸彈！如果不能解決委托，就打開開關令其爆炸。時限為截至閉園的12個小時。不斷提供提示的神秘男子，將柯南稱為“
工藤新壹”。同樣和葉也被當作人質。在與服部平次會合的同時，柯南全力向真相逼近。那裏有令人意外的人物關系。曾經在怪盜基德於美術館奪走寶石的那天，發生了某件事。柯南發現案件背後隱藏的陰謀的影子。可是，時間的流逝毫不留情。[10]
2007年M11
名偵探柯南：紺碧之棺
柯南壹行人在太平洋小島“神海島”上度假。神海島有著被稱為“海底宮殿”的古代遺跡，傳說中沈睡著300年前真實存在的兩個女海盜安娜·邦妮和瑪麗·裏德留下的財寶，因此吸引了很多寶物獵人。這時，在海底宮殿附近潛水的小蘭等人面前，獵人之壹被鯊魚襲擊身亡。但柯南推理這不是意外。在海底沈睡的傳說，悄然開始行動的陰謀。[11]
2008年M12
名偵探柯南：戰栗的樂譜
不久之前發生了以音樂家為襲擊目標的連續殺人事件，被害人均出身於原著名鋼琴家領銜創建的壹所音樂學院。柯南等壹行人，受到了這位鋼琴家的邀請，出席由他出資建造的音樂廳的落成典禮音樂會。音樂會的亮點是巴赫彈奏過的管風琴和世界著名的
斯特拉迪瓦裏琴的音色，以及擁有絕對音感的天才歌手的歌聲。可是，在音樂會正式舉辦前，陸續發生了許多可疑案件。而正式演出當天，柯南他們所在的音樂會會場突然發生了爆炸，陷入壹片火海。[12]
2009M13
名偵探柯南：漆黑的追蹤者
以東京為中心發生了6起連環殺人案件。除目暮警部外，還有各縣刑警和小五郎參加了調查會議。令柯南意想不到的是，他發現壹位會議上的刑警進入了壹輛跑車裏。“那輛車……難道是，琴酒的？”“黑衣組織”中的壹人潛入了調查會議，並乘琴酒的車逃走了。危機壹觸即發。如果讓琴酒知道工藤新壹還活著的話，不僅會危及新壹，還有柯南身邊的人。意識到事情危險性的柯南獨自開始調查。[13]
2010年M14
名偵探柯南：天空的遇難船
針對以全世界珍貴寶石為目標的怪盜基德，燃燒著對決的執念的大富豪·鈴木次郎吉發出了挑戰書：有本事就來盜取世界上最大的飛艇鈴木號中收藏的寶石“天空的貴婦”吧。時間限制為東京?大阪間的6個小時。被次郎吉招待的小五郎、小蘭、柯南、少年偵探團的孩子們也乘上飛艇。以天空為舞臺的頭腦戰就此揭幕。就在此時，神秘組織“紅色暹羅貓”襲擊了飛艇。[14]
2011年M15
名偵探柯南：沈默的15分鐘
“針對妳這4年傲慢無禮的執政期，在此施下天誅的警告！”12月某天，朝倉東都知事收到壹封恐嚇信。第二天，剛開通的都營地鐵隧道被炸毀。不過，多虧了從小五郎那裏得知恐嚇信的柯南，才避免了慘劇。柯南等人到建好水壩的新潟縣去。迎接搬遷5周年紀念儀式的北之澤村，很多人在壹起圍觀。柯南剛開始調查，卻在雪原上發現了死因不明的遺體。“悲劇”相互交錯，如今災難正向人們襲來。[15]
2012年M16
名偵探柯南：第11個前鋒
毛利偵探事務所突然接到壹通威脅電話，路上的汽車就在小五郎的眼前爆炸了。“藍色的少年與藍色的斑馬，從天而降的雨……”若不能根據犯人寄來的挑戰書解讀神秘暗號，便無法阻止接下來的爆炸。小五郎和毛利蘭在米花市內來回奔走，卻完全找不到破解暗號的方法。而正當柯南與灰原哀和少年偵探團壹起、沈浸在觀看最愛的足球比賽的快樂之中的時候，得知了威脅電話的事情，為了解讀暗號柯南獨自壹人離開了球場，卻得知了無人能夠阻止的恐怖事實。[16]
2013年M17名偵探柯南：絕海的偵探映著朝霞的海面上，漂浮著裝有炸彈的神秘可疑船只。那艘船是壹切的開端。京都舞鶴港海域。海上自衛隊舉行寶貴的宙斯盾艦航海體驗。柯南、小蘭、小五郎、少年偵探團壹行人享受著用電子武裝的高科技軍艦施展的大震撼力。然而突然，響起轟鳴聲，艦內空氣流動不穩。不久，發現了沒有左臂的遺體。那裏，留下了壹些疑點。著手調查的柯南，得知艦上乘上了某國的間諜“X”。這次航海中，隱藏著遠超想象的足以顛覆整個日本的巨大陰謀。[17]
2014年M18
名偵探柯南：異次元的狙擊手以635米的高度為傲、可以俯瞰東京街景的鈴木塔竣工。前往參加其開幕儀式的柯南等人，從眺望臺上享受著絕美的景色。就在此時，壹發子彈擊碎了窗戶玻璃，打穿了壹個男人的胸膛。案件發生於壹瞬之間，完全搞不清到底發生了什麽，小蘭與少年偵探團都陷入了恐慌。柯南立刻利用追蹤眼鏡的望遠鏡功能，沿著彈道發現了壹個黑色的身影。“從那麽遠的距離進行狙擊，難道說……”柯南馬上與女高中生偵探世良真純乘坐摩托車追趕逃走的狙擊手，意想不到的是狙擊手居然連警察的巡邏車都打算壹起炸掉，整個追蹤過程都被其玩弄於股掌之中。結果，這場激烈的追蹤將FBI也卷入其中，犯人以及狙擊事件的謎團都消失在了大海裏。於是柯南和世良協力，而警察和FBI（
美國聯邦調查局）合作調查此案，終於查出了美國海軍特種部隊“海豹突擊隊”的存在。其實這起狙擊事件不過是接下來將發生的大混亂的第壹步。與此同時，住在工藤新壹家的神秘研究生沖矢昴也不動聲色地秘密行動起來。[18]
2015年M19
名偵探柯南：業火的向日葵曾經在日本被燒毀的梵高名畫《向日葵》在聚集了大富豪的紐約拍賣會場中標。鈴木次郎吉以3億美元的史上最高金額得到了這幅名畫，他的目的是收集散布在世界上的7幅《向日葵》。前所未有的大規模展會在以擁有鐵壁般的安全系統著稱的日本美術館雷克洛克舉辦，這壹夢幻般的新聞發布至全世界，柯南和蘭也關註了新聞轉播。次郎吉打算召集通稱為“七武士”的專家來保護《向日葵》，但此時怪盜基德突然現身，在發出宣戰布告聲稱自己必定要奪取這幅名畫之後便離去。在下壹個瞬間，高中生偵探工藤新壹的身影在騷動的會場中現身了，他自稱是由於聽說了基德的傳聞才前來的。而在數日之後，搭載著《向日葵》的客機飛行在前往日本的高空中時，再次遭到白色影子的襲擊。圍繞著獨壹無二的至寶，謊言與真實紛繁交錯的藝術。
2016年M20 名偵探柯南：純黑的噩夢 某個漆黑之夜，日本警察內部遭間諜侵入。英國的MI6（軍情六處）、德國的BND（德國聯邦情報局）、美國的CIA（美國中央情報局）等各國情報機關，甚至FBI的機密數據都被竊取。千鈞壹發之際，安室透率領公安警察及時趕到。間諜奪車而逃。安室與其在高速公路上進行了激烈追逐，就在其它車輛也將被牽連其中而釀成慘案的瞬間，間諜的車被FBI
赤井秀壹的來福槍子彈擊中，從公路上墜下。第二天，柯南壹行人到東都水族館遊玩。剛剛翻新的水族館盛況空前。在其特色賣點巨大摩天輪之下，柯南發現了壹名獨自站在那裏的外表端莊秀麗的受傷女子。定睛壹看，她左右眼虹膜的顏色是不同的，即俗稱的“雙色瞳”。可是，女子已是連自己的名字也不記得的失憶狀態，所帶的手機也已損壞。柯南等人商定幫助她找回記憶，就這樣與她壹同行動。而這被貝爾摩德在暗中從頭至尾監視著。隨後貝爾摩德拿出了消音器，對著身上的通信器說道，“計劃很利哦，琴酒2017年M21
名偵探柯南：唐紅的戀歌
大阪的地標·日賣電視臺突然發生了爆炸案。此時，臺內正進行由日本百人壹首協會帶頭的“臯月會”舉辦的臯月杯的發布會的錄制。突發的事態引發了大恐慌。從轟隆作響的即將崩塌的大樓中，關西名偵探服部平次和他的青梅竹馬·
遠山和葉
兩人被千鈞壹發之際趕到的柯南平安救出。案件如恐怖襲擊壹般，然而犯人的目的無人知曉，甚至連犯罪聲明都沒有出現的無法理解的狀況令柯南和平次不禁感到蹊蹺。在此番騷動中，柯南等人與堅稱是平次的未婚妻的女子相遇。她的名字是
大岡紅葉
。聲稱“平次是年幼時被求婚的命中註定之人”的紅葉，竟然是百人壹首的高中生冠軍，是被稱為未來的女王的存在。與此同時，在京都
嵐山
的日本民宅內，發生了臯月杯冠軍遭殺害的案件。那時，在殺人現場的顯示器中映現的，是紅葉的身影。