然而，由於家人的不斷呼籲和朝廷政治鬥爭的機會，楊乃武和小白菜得以平反。楊乃武和小白菜都是小人物，但社會背景復雜，導致案件跌宕起伏，所以楊乃武和小白菜的故事依然耐人尋味。
浙江余杭縣臧倩鎮，清朝同治、光緒年間，唐河穿鎮而過，鎮上人頭攢動，熱鬧非凡。鎮上有壹家豆腐店。店主姓葛。因為他排名第壹，所以被稱為葛大。他和石喻結了婚，生了壹個兒子叫品蓮，叫葛小達。後來葛大病逝，豆腐店關門，品蓮在余杭壹家豆腐作坊當服務員。母親葛改嫁給壹個叫沈體仁的木匠，所以她也被稱為沈。同治十年(1871)，沈玉的養母石委托品蓮做媒人，聘請畢秀姑做品蓮的妻子。這壹年秀谷17歲。
畢秀谷也是浙江余杭人。因為她平時喜歡穿綠色的裙子，系著白色的圍裙，長得很帥，街坊們都給她起了個外號叫“大白菜”。她很小的時候就失去了父親，她的母親王改嫁給了壹個叫余的小販。到了於家後，雖然她聰明能幹，但繼父並不喜歡她，經常受到街頭流氓的猥褻和侮辱。
他和葛品蓮結婚後，小白菜被稱為“畢金蓮”，因為她老公長得像水滸傳裏的武大郎，而她長得像潘金蓮壹樣漂亮。因為她老公是做豆腐的，所以有人叫她“豆腐美人”。
葛品蓮和小白菜訂婚後，家裏的房子不夠住。同治十壹年(1872)三月，暫嫁於家。余的房子又窄又長，很不方便，於是葛品蓮夫婦打算在外面再租壹套房子。正在這時，壹戶姓楊的請沈體仁去修縣城澄清巷西邊的房子。房子修好了，除了冒充自己還有壹間空房。葛品廉讓沈體仁從楊家租，月租1000。
這戶姓楊的人家，祖祖輩輩生活在浙江省余杭縣，靠養蠶種桑過上了小康家庭。楊乃武大師，字書勛，字趙子，排行第二，人們稱他為楊二先生。20多歲考了秀才，30出頭就升官了，讓鄰居們羨慕不已。楊乃武有壹個姐姐叫楊菊珍(淑英)。她結婚後不久，丈夫就去世了。小夥子是寡婦，住在她家。當楊乃武還是個嬰兒的時候，他由他的姐姐照顧，所以他的哥哥和姐姐有很深的感情，就像母親和兒子壹樣。後來，楊乃武娶了城裏詹家的女兒詹彩鳳。詹家在城裏，也是小鄉紳。詹彩鳳是壹個勤勞、節儉、善良、賢惠的女人，終日辛勤種桑、種田、養蠶。有著誠實坦率氣質的楊乃武，平日看到當地的不公正時，總是侃侃而談，主持正義。他經常把官紳勾結、欺壓百姓之類的事情編織成歌謠，大膽揭露和諷刺政府的黑幕弊端。對政府來說，楊乃武是壹個“帶刺頭”的人物，擁有壹支強有力的筆和壹個舉人的頭銜。因此，與楊有不共戴天之仇的縣令劉希同對他更是恨之入骨，壹直懷恨在心。
劉希同原本是余杭縣城外壹個檢查站的小稅務員，有九級。他負責對來往於商人和顧客之間的船只征稅。他還勒索老百姓的正當生意，作惡多端，引起了當時還是書生的楊乃武的反感。他早就計劃向村民們發泄他的憤怒。正好需要派本地人去杭州采購基建材料來造橋鋪路。楊乃武急於公而義之，即自告奮勇到杭州走壹趟，以杭州知府老師的身份拜謁。楊乃武到杭買建材裝船後，借機拜見恩師，要求知府簽發免稅公文處理劉錫通。楊乃武護送貨船回余杭檢查站時，沒有告訴收稅的人船是做公益用的建材，也沒有出示杭州免稅的正式文件，而是假裝自己是商船，將貨船臨時停泊抵押，自己回去取稅錢。在再次去杭州府的路上，楊乃武悄悄拿出杭州府簽發的免稅公文，用手撚成兩截。壹塊馬上毀了，另壹塊揉在懷裏去看老師。他謊稱“劉錫通扣船勒索，看到免稅公文就想扣押撕毀。還好他搶前搶得快。”然後，他從懷裏拿出其余的官方文件，並提交給法官。裁判官看後大怒。他認為州政府有壹份免稅的官方文件，可以證明楊乃武是在為公共福利而工作。劉錫通甚至想勒索錢財，當即發布火簽，辭退劉錫通的稅吏。do官不知道怎麽回事，他的紅頂子被摘下來了。後來才知道，原來是當地的楊秀才捉弄了我。劉希同恨得咬牙切齒，發誓要為自己報仇。他到了北京，花了五千兩銀子捐到了余杭縣的縣令位置上。此後，他更加瘋狂地敲詐和剝削余杭人。臧倩鎮是壹個稻米集中的地方，人民已經沒有糧食了，有很多壞規矩。白銀的運送有火耗，糧食和大米的運送有折扣。量米的時候，要踹三腳。被欺負的都是中小糧農，叫苦連天。於是楊乃武代他們上交了糧食和大米，並代他們寫了壹份申訴書，向衙門抱怨浮糧被克扣，要求政府消除錢糧積弊，減輕種糧農民的額外負擔。臧倩鎮的收糧員何春芳對楊乃武進行了反擊，稱他鼓勵農民抵制糧食運輸，並代表農民支付大米以從中獲利。縣長劉希同立即把楊叫去審問。楊據理力爭，劉理虧，就說自己在朝廷吵鬧，沒有王法，所以被開除了，錢糧還是像以前壹樣被騙。楊乃武很憤怒。夜裏，他在縣衙墻上貼了壹副:“清朝有二王，浙江省有兩撫。”因為清朝明令禁止在量米時踢人，福泰也有告示，允許糧農掃灑的米，但余杭縣仍不改。此事發生後，劉希同迫不及待地肢解了楊乃武。很快，復仇的機會終於來了...
葛品廉從楊乃武租了壹間房子，同治十壹年(1872)四月二十四日帶著白菜搬進去。葛品連要半夜起來做豆腐，所以經常住在豆腐作坊裏，十天半個月才回家壹次。楊乃武夫婦看到小白菜聰明又溫柔，都很喜歡她。
因為葛品蓮經常不在家，詹經常請小白菜到楊家吃飯。小白菜經常請楊乃武教她讀書和念經。這兩家人相處得很好。小白菜曾經被街頭流氓欺負。自從搬到楊家，那些流氓再也沒有來過，因為楊乃武看見他們就會罵他們。那些地痞造謠說“羊吃白菜”。謠言傳到葛品廉耳朵裏，他漸漸起了疑心。於是壹連幾個晚上，他偷偷溜回家，在屋檐下偷聽，除了楊乃武教小白菜讀經，什麽風流韻事也沒聽到。接著，葛品廉把傳聞和偷聽的事告訴了他的母親沈。當沈宇壹家來到楊乃武家時，他還看到小白菜和楊乃武、楊菊珍同桌吃飯。聽了這話，他不禁有些懷疑。沈曾經是個傻子，但他傻傻地跟鄰居說起這件事。結果謠言滿街傳，楊家還蒙在鼓裏。
壹天，葛品連回到家，楊乃武向他討要已經拖欠了幾個月的房租。葛沒錢的時候跟沈借。沈說，外面的流言蜚語很多，所以最好再租壹套房子，以免被人懷疑。於是在同治十二年(1873)，六月，葛品連和小白菜搬到了余的堂弟的家裏。自從小白菜搬走後，楊乃武再也沒有去過小白菜的家，而小白菜也再也沒有去過楊乃武的家。
搬到王信培家後，小白菜經常被外人欺負。縣衙裏有個叫阮德的漁夫。他有壹個姐姐叫阮，嫁過三個男人，與糧食專業的何春芳有染。縣令劉希同有個兒子叫劉子涵，是個花花公子。他經常和何春芳壹起旅行。他知道小白菜美麗艷麗，垂涎已久，於是和壹個跟他好的侍女合謀得到小白菜。有壹天，女仆用別的東西把小白菜引誘到她家。小白菜趕到時，劉子涵已經在那裏等了很久。她看到小白菜特別帥氣好色，就強奸了小白菜。小白菜心裏很可恨，但又害怕劉子涵的力量，又怕事情敗露後丈夫無法原諒自己，所以滿腹辛酸，不敢告訴任何人。然而，惡毒的女仆泄漏此事阮，誰告訴何春芳。何春芳早就想得到大白菜，於是在8月24日，趁和妻子不在家時，溜進了葛的家。何春芳威脅說要和劉子涵壹起強奸小白菜。兩個人正在打架，葛品蓮從外面進來了，小白菜哭了。葛品蓮大罵何春芳，何春芳灰溜溜地走了。葛品連罵小白菜，以為楊家早有傳言，現在又發生這種事，懷疑小白菜行為不端。從那以後，葛經常罵小白菜。有壹次，葛讓小白菜去腌制。當他晚上回家時，他發現它沒有被腌制過。他立刻痛打了小白菜壹頓。小白菜氣得剪掉了頭發，想去當尼姑。他們的母親，沈和余，聽到這個消息，問為什麽會有噪音。小白菜的媽媽氣得哭了，說鹹菜都是雞毛蒜皮的事，妳幹嘛這樣打？葛品蓮的媽媽也罵他不要這樣，葛品蓮說打她是為了泄憤。經過勸說，兩人和好了。
十月初七，葛品連突然忽冷忽熱，膝蓋紅腫。看他得了絲蟲病，小白菜勸他雇個替身，休息兩天。葛不聽，還是去豆腐坊幹活。第九天早上，葛撐不住了，就回家了，路過壹家點心店，買了些粉球邊走邊吃，走到漢字竈前嘔吐。當我回到家，我抱著我的肩膀，顫抖著呻吟著。小白菜趕緊把他扶上樓，脫下外套給他蓋了兩條被子。問他的病情，說是初七去了車間。這兩天，他的身體總是忽冷忽熱。恐怕他生病了，身體虛弱。讓小白菜拿1000便士給余買日本人參和龍眼。買回來後，白菜被炒成湯端給他，的妻子被要求告訴於。當王禹到達時，葛品廉還在床上發抖，有時想吐。她照顧了她很久就回家了。下午的時候，小白菜看到葛喉嚨裏的痰，口吐白沫，就問他怎麽樣了。他不能說話。小白菜大聲喊叫，王信培在樓上聽到了。小白菜把原因告訴了他，馬上叫來了沈和余。他們趕到時，葛張不開嘴，急叫大夫，說是癆病，用萊菔子湯也沒用，搶救無效，死了。家裏人傷心欲絕，給葛換了衣服。身體是正常的，沒有什麽異常。當時毫無疑問。
葛死於十月，氣候十分溫暖，葛肥胖。第十夜，屍體口鼻有淡淡的鮮血流出。葛品蓮的養母史告訴沈，葛死得很可疑。沈見的屍體是藍色的，便起了疑心。問小白菜，小白菜說沒有其他事情。史打電話給狄寶，要他替他寫壹份講話稿，準備到縣政府去喊。意見書只說死因不明，不涉及任何人。十壹日拂曉，和沈去縣政府報到。縣官劉希同聽說命案，趕緊帶領驗屍員去驗屍。這時，壹位名叫胡琛的當地紳士來到縣政府看病。胡琛是個學者，對醫療略知壹二。他平日與楊乃武不和，因為在楊乃武的誹謗詩中也提到了他。當他聽說葛品廉身死不明時，他告訴劉希同，外面壹直有傳言說楊乃武和小白菜有壹腿，現在葛品廉突然去世，怕他們之間另有隱情。劉希同壹聽，就找人打聽。果然，他去驗屍了。當時身體腫脹，上身淺藍色，肉色紅紫。遺作不實，手指和腳趾的深色被視為藍黑；口鼻之血流入雙耳，視為七竅出血；當用銀針探入咽喉時，被認為是青黑色；銀針拔出來，如果沒有用皂角水擦洗，就被認為是服毒。因為屍體沒有僵硬，驗屍員據說是個癮君子。補沈才全聽了胡琛的話，說不是煙毒。壹定有人用砒霜毒死了他。壹個說是抽毒，壹個說是抽毒。在無休止的爭論之後，驗屍員含糊地聲稱他是服毒而死的。劉希同聽說他服毒而死，馬上問葛品連的鄰居，他們不知道毒藥是從哪裏來的。劉希同也因為胡琛的話懷疑和小白菜有關，馬上把小白菜帶回了縣府。
葛品廉其實是病死的，但是這麽多人添油加醋，把新人楊乃武也牽扯進來了。劉希同暗自慶幸:“嘿，楊乃武，妳終於落到我手裏了！”他把小白菜帶回縣衙後，當天就迫不及待地坐上了審判席，質問小白菜的毒從何而來，小白菜不得而知。
劉希同想盡壹切辦法勸說，小白菜還是說不知道自己服毒而死，也不知道毒藥是從哪裏來的。經過長時間的審訊，小白菜壹直說不知道。在晚上的再審中，劉希同沒有問毒藥的來源，而是讓她說出和誰通奸。小白菜也說沒有。再三追問，都說沒有。他還問楊乃武在楊乃武時有沒有外遇。小白菜說，楊乃武只教她認字和讀聖經，他不自私。經過漫長的審判，我仍然無法判斷通奸。劉子涵和何春芳不敢強迫他們發生關系。小白菜會告訴他們這件事。當天晚上，他們立即把阮叫到監獄裏，對小白菜進行誘騙和恐嚇，並說:“葛品蓮是被毒死的，屍檢已經證實。據說妳謀殺了妳的丈夫。壹旦罪名成立，妳將在年內被執行死刑。那可是壹千塊啊！想活命，只能說是被別人毒死的。妳住在楊乃武的房子裏，據說妳和楊乃武有關系。如果妳告訴我楊乃武讓妳毒死妳，妳不會被判死刑。楊乃武是新來的，臉很大，不會死。也就是說去掉舉人的頭銜，明年再考，還是舉人。但如果妳講劉公子的故事，沒有證據證明，那就是誣陷好人，罪上加罪！妳要想清楚！”小白菜嚇得說不出話來。第二天再審，劉希同強行奸淫下毒，小白菜還是說不知道。劉希同被稱為刑事處罰，持續了三次。小白菜壹個弱女子哪裏忍得過去，既不敢告訴，又不想告訴別人，只好按照阮的教導去做，說第五天去過她家，給了她壹包藥，說是治流火的，而葛品連吃了也死了。
劉希同得到了小白菜的供詞，非常高興，立即召見了楊乃武。楊家壹聽說葛品蓮被毒死了，都很吃驚。當消息從郡裏傳來時，他們和信使壹起走了。楊乃武趕到後，劉希同審問了他，並告訴他如何用毒藥毒死葛品蓮。痛斥劉希同無中生有誣陷，劉拿出了小白菜的供詞。楊乃武堅決否認。因為楊是新科主考官，按照法律規定，必須先改功名，才能受到處罰。12日，劉希同向老板申請改變楊乃武的名聲。上面批文沒下來，馬上執行第二次訊問，連續審了幾次。棍棒、火磚等懲罰手段都用上了，但楊乃武堅決不讓劉希同得逞。楊的堂弟楊公之、詹的弟弟詹善政聽說後，以第五天在南翔公公家為由，到縣衙為辯護。劉希同的提議遭到質疑，小白菜怕處罰，還是像以前壹樣坦白。劉希同認為案件已經查清，向老板詳細匯報了情況。
劉希同認為他與現任知府陳露關系密切，並認為在上司的同意下他可以被定罪。陳露讀了供詞原件，發現楊乃武不承認，於是他下令將整個案件的卷宗提交給政府審查。10月20日，、小白菜、、沈、、詹等有關證人全部被派往杭州。劉希同親自到杭州管理，送到杭州的供詞原件被篡改。死者口鼻出血改為七出血；銀針是用皂莢擦洗的，而不是用皂莢。第五天把大白菜的毒換到第三天。陳露出身於軍隊，看不起學者。他聽說楊乃武曾經誹謗詩歌和政府，認為楊乃武是壹個不守本分的人；鎮上的糧農也知道這是以和劉希同先入為主的話，所以案子壹告到官府，不準楊為自己辯護，第壹次審訊就嚴刑逼供。小白菜因為之前的表白，不敢翻供。愚蠢荒唐的沈聽說小白菜謊稱毒藥是給的，甚至把供詞改成說葛品蓮死的時候看到他死的可疑，就是質問小白菜，小白菜說是叫她毒死他的。沒有問沈，而是用酷刑逼著，跪在釘板上，跪在火磚上，夾緊棍子，幾次暈過去。在連續幾個療程後，楊乃武忍受了懲罰，但她不得不在小白菜的家裏穿上假衣服，給她下毒。陳露問毒藥從哪裏來。楊乃武說，這是前壹次去杭州余杭，路過臧倩鎮。他花40便士買了壹包砒霜，說是被老鼠毒死的。問他在哪家店賣的，店主叫什麽名字。楊乃武說是在愛仁堂藥店，店主叫錢寶生。在取得楊的口供後，並沒有要求錢寶生與他對質，而是要求劉錫通於27日返回余杭，傳喚錢寶生，質問他賣毒的事。
錢寶生去了縣衙，劉希同問他賣砒霜的過程。錢寶生說，他沒見過楊乃武這個月去臧倩，他也沒賣過砒霜。愛仁堂是個小藥店，沒進過砒霜。劉希同多次威脅引誘，但錢寶堅決否認，稱自己叫錢坦，從未用過錢寶生這個名字。錢寶生的弟弟錢谷聽說弟弟被抓進了縣衙，前來打聽內情，試圖營救。他知道胡琛和劉希同很熟，就請求胡琛出面說情。胡琛私下告訴錢谷，楊乃武在供詞中買了砒霜毒死老鼠。賣砒霜的藥店不知道砒霜有毒，承認也沒什麽錯。最多也就是個懲罰。如果妳不承認，妳就是有罪的。如果妳承認了，可以要求縣政府馬上給妳壹封幹信，這樣就不會有拖累了。於是錢龍勸錢寶生承認。聽了他們的話，錢寶先生同意了，並立即在門房(舊社會交給政府的壹種書面證據)賣砒霜。胡琛接過結子，進去見劉希同。劉見自己已經結了，就給錢寶生捎了口信。劉希同騙錢寶生賣砒霜後，當天就趕到了杭州。陳露根據口供和心結定案，依法擬了壹條罪狀:葛碧年中被處死，楊乃武被斬首。陳露刑訊逼供，草草結案，此事立即傳遍全省。當時，楊乃武考取鄉試不久，今年八月考取鄉試，被授予第四十八屆舉人。當時很多考不上省考的同學已經在嫉妒考上的人了，都幸災樂禍，互相告狀。也有壹些進進出出政府的士紳和門客。楊乃武在他的讒言詩中提到了他們，都是火上澆油，說楊乃武是十惡不赦的大反派，都想早日看到斬首！此時的楊家五口，面對如此突如其來的悲劇，驚恐萬分，家破人亡。詹哭了壹天壹夜，眼睛紅腫。只有楊乃武的妹妹楊菊珍頭腦非常清醒。她看到自己壹個人生活的弟弟受到這種莫名的委屈，被折磨，被假扮，四處奔走，想救弟弟壹命。她來到杭州城隍山的城隍廟，求簽。牌子上寫著:“荷花開時最美，春花最深情。我與人自在，金風生廣西處處。”黃成山上的文子先生解釋說仍然有拯救。荷花開了，委屈也能理解，桂花開了，人也能平安歸來。隨後楊菊貞去復福，壇上也批了兩句詩:“若問何時歸，待孤山花開。”這些都是無稽之談，但在當時迷信非常盛行的情況下，對楊菊珍來說無疑是極大的鼓勵，增加了她為哥哥平反的信心。楊菊珍先去找了沈，得知她在縣裏和房子裏的供詞不壹致。然後我找到了錢寶生的媽媽和哥們，愛仁堂藥店的老板。他們都說楊乃武從未從他們那裏買過砒霜，這讓她更有信心了。不滿顯而易見。她決定向當西、弗朗西斯科和富泰的政府辦公室投訴。誰知，官官相護，過了兩會，即認定原審無誤，將原罪報巡撫定罪。當時楊昌俊是浙江巡撫，余杭縣官劉錫桐向下屬行賄甚多。結果他以“不冤不虐”結案，按照杭州府原來的罪名定罪。到目前為止，很難翻出鐵證。只要刑部的批復壹到，就會立即執行。楊乃武的親屬都認為沒有生還的希望，只有楊菊貞不肯放棄，去監獄探望了獄友，與楊乃武商量，決定進京向朝廷報到。楊乃武寫了自己的演講稿，講述了自己的不滿和對各級官員刑訊逼供的過程。呈文寫好後，楊乃武的叔叔姚先瑞做了“告白”，陪他去了北京，因為當時婦女不能提出控訴。楊菊珍和的妻子詹，以及壹雙兒女，歷盡艱辛，走了兩個月，到了北京，向都察院衙門申訴。沒想到，都察院沒有過問就把他們押解回浙江，仍然交給巡撫楊昌俊審判。這壹次，告朝廷是失敗的！楊菊珍仍不死心，發誓要為哥哥報仇，準備第二次去北京告狀。她第二次進京，得到了當時非常有名的“紅頂商人”胡雪巖的大力支持。在浙江巡撫、閩浙巡撫左的支持下，胡雪巖先生曾開銀行和洋務，後又在杭開胡慶余堂藥店。他有資金3000萬，田地1萬畝。他用錢捐了江西壹條候補道的名聲，成了壹個有錢有勢的官商。他從小家境貧寒，又是學徒，所以更關心窮人的生活。他慈善大方。楊乃武冤案發生時，正在杭州籌辦胡慶余堂藥房的胡雪巖是第壹個知道冤案內幕的人。胡雪巖有個老師叫吳亦桐，是楊乃武的同年同學。他知道楊乃武平日為人正直，這種信念壹定是有人陷害的。他把楊菊貞的北京之行和準備第二次去北京的事告訴了胡雪巖，胡表示願意資助。在吳壹桐的推薦下，楊菊珍拜訪了胡雪巖，沈虎表示了同情。他不僅慷慨資助了壹家人的北京之行，還負擔了到北京後的所有費用。這是同治十三年(1874)九月。
就在楊居正準備第二次進京狀告朝廷的時候，正巧壹個浙江籍的京官兼國子監編修夏通山、丁隨後回京，胡雪巖為他餞行，吳壹桐陪同。席間，胡雪巖和吳壹桐向夏桐山講述了楊乃武冤案的來龍去脈，並請他在北京設法幫忙。夏答應對著鏡頭說話，卻發現這件事成了日後冤案平反的關鍵壹環！
楊居正第二次進京後，經夏同山推薦，在北京敲開了30多個浙江官員的門。
夏桐山和大學同學翁同龢商量，得到了他的大力支持。夏桐山與禦史王新壹起，親自幫助為楊乃武平反。於是，朝廷派侍郎胡瑞蘭作為欽差大臣到浙江探案。浙江巡撫楊昌俊得知胡瑞蘭到了杭州，便威逼利誘，說此案已審問多次，不宜輕易更改，否則會引起士子不滿，地方官將來辦事難。同時建議將寧波芝罘邊寶成、嘉興芝罘羅子森壹並審判。邊寶成是楊昌俊的湖南老家，也是劉錫桐的親家。所以在再審期間，邊寶成用酷刑來日夜忍受審判。最後壹節課，楊乃武雙腿合攏，用十個手指把大白菜拿下來，把銅絲放進奶嘴裏。太恐怖了，所以他被嚴刑拷打，壹個朝廷下了結論，仍然維持原判。這樣壹來，原審的地方各級官員都松了口氣，這些湖南幫官員互相打冠慶賀，設宴招待，以為從此不會再有重復的證據了。
在北京，浙江人反復說服楊案主犯，楊菊珍兩次進京，以為必有波折。壹些舉人、學生和楊乃武的好朋友30多人聯名向都察院和刑部提出申訴，揭發此案。郡、府、巡撫、巡撫、秦憲七審七決，都是刑訊逼供，漠視人命欺負朝廷，要求在京徹查，以示天下解惑。北京的官員認為，如果這個案子真的有冤情，就不能平反，不僅是因為楊乃武和小白菜的性命，也是因為整個浙江秀才的臉面。於是，夏通山、張嘉翔得到了刑部侍郎袁保恒、大學士翁同龢的支持，向兩宮太後訴苦，要求回京重審楊乃武、小白菜壹案。楊乃武和小白菜案最終得以平反，與慈禧太後的直接幹預密切相關。
當初，大學者翁同龢向兩宮呈獻此案時，引起了慈禧太後的註意。她並沒有直接頒布法令，而是通過刑部召見浙江巡撫楊昌俊親自審問，但同時又派禦史王新在浙江私訪此案。慈禧太後起初對該案是否應在北京重審猶豫不決，不願意輕易改變地方官員承辦的重要案件。但後來，楊乃武冤獄的聲音越來越大，朝廷內外謠言四起。再加上官員不斷請北京調查，慈禧太後終於下定決心:“叫刑部徹查。”這樣，江浙官方初步掌握了主動權。
刑部進行了大審，開棺驗屍，確定葛品廉不是中毒而死。刑部查問，得知兩宮之事。這時，劉希同被免職，被問。原審的各級官員為什麽不做審判，要求刑部再徹查壹遍，於是提出犯罪證據，審問了兩次。
在是否懲罰各級辦案官員的問題上，江浙派與湖北、湖南派發生了激烈的爭吵。江浙以大學者翁同龢為首，力主嚴懲這些漠視人命的貪官；另壹派以四川巡撫丁寶楨為首，多為湖南官員，故稱湖南派。他們不認為我們能為兩個普通人處理這麽多官員。由於兩派的爭吵，刑部平反了兩個月，但壹直拖到光緒三年(1877)二月十日。但巡撫楊昌俊和欽差大臣胡瑞蘭並未提出加入革命，受賄、包庇等諸多弊端也未提及，就草草了事，直到2月16日，以光緒皇帝的名義，雖然楊昌俊換了職，劉希同被貶到黑龍江，但他完全免除了劉子涵的責任。其余承辦此案的知縣、知縣只是不以為然，對受賄只字不提。
從楊乃武和小白菜的側面來說，洗清冤假錯案無疑是壹大幸事，但實際上他們只是民間的壹個小案例，在當時並不奇怪。然而，這個被渲染成愛情故事的案件背後有壹場重大的政治鬥爭。難怪楊乃武出獄後想去看望救了他壹命的浙江官員。許多人沒有上前看他。畢竟，參與這場鬥爭不僅僅是為了楊乃武。參與審判的多為湖南官員，其中大部分是左壹手提拔起來的。在瀆職罪的處罰上，法院只是將官員免職，並沒有對其進行量刑處罰，可見這並不是壹起簡單的刑事案件。
在這起無辜的冤案中，楊乃武幾乎被折磨致殘，但刑部說，刑事傷害已經平息，沒有傷害。
經過三年多的監禁和各級官員的殘酷折磨，雖然楊乃武活了下來，家人團聚，但他受到了打擊。雖然他沒有死，但是他的家庭破碎了。從這次經歷中吸取教訓，真的很難過。從北京回家的費用還是胡雪巖資助的。
楊家回余杭縣後，已是家產，生活艱難。在親戚朋友的幫助下，楊乃武贖回了幾畝桑園，靠養蠶種桑為生。此時的他雖然只有36歲，正值壯年，但經過這場災難，棱角已經磨破，心灰意冷。他輕松地遠離外界，專心研究和孵化蠶種。余杭盛產絲棉，銷往全國。楊家世代養蠶，有壹定的育種經驗。三年後，楊乃武蠶種的名聲傳開了，遠近的人都來購買。他的蠶種品牌是“高雅牡丹，楊乃武記錄”。楊家所賣的蠶種都蓋有此牌。說到養殖，全家人沒日沒夜的忙，家裏的生活越來越好。楊乃武平靜地度過了他的余生，直到他於1914年去世，享年74歲。
小白菜出獄後回到了余杭，在這裏他失望透頂。在南門外的石門堂，他決定出家，他的法名是丁輝。廟裏沒有香，以養豬養雞為生。從此死在鄧青古佛旁，晨鐘暮鼓，死於1930。她的墓塔就建在余杭東門外的文昌閣旁邊。為了表達她的天真和冷靜，墓址選在了河邊。
楊乃武是壹個舉人，他的家庭相對富裕。再加上當時的首都北京有很多浙江壹級的官員及其支持，所以這些原因都是原因。但是，如果沒有最終最高統治者的支持，有些案件由於官員之間的相互保護，很難最終得到平反。這個案子的最後，其實是壹場深刻而尖銳的官權之爭，我們特別想提壹下。小楊乃武、小白菜這樣的案件是普通的，但是當時圍繞著這個案件的審理，浙江的壹堆官員，從縣政府到省裏，都是在湖南軍閥曾國藩的指揮之下，所以也就是說按照當時的歷史背景，曾國藩率領自己的湘軍打敗、鎮壓太平天國，那麽在當時的江南壹代，各級官員基本上都是湖南軍閥，他們沒有多少見識。由於服兵役，他們很少受到嚴格的審判經驗教育，知識也很少，因此很容易造成許多冤案。而且有了冤案，都在同壹個湖南系，官官互相扶持，互相維護，很難翻案。面對這種情況，其實對於清朝的最高統治者來說，早就想找機會打壓湖南軍閥的勢力了。那麽楊乃武和小白菜的案子就給慈禧太後提供了這樣壹個機會，找到皇族或者愛新覺羅滿清的朝廷來打壓湘軍軍閥的囂張氣焰。所以這100多名官員之所以最後把自己的花羽全部摘下來，再也不用，其實是有打壓湖南軍閥的作用的。