很多年後，鳴人和佐助長大後，開始了各自的成長歷程，大家都看到了！不做吉祥解！後來在很多消息的牽引下，4代得知他們的兒子鳴人可以控制九尾查克拉為己用。他們對此很感興趣，於是指派內池波鼬和幽靈陌生人去抓他的兒子鳴人回去！在此期間，當自來也阻止他時，他陷入了困境，並被迫這樣做。內池保鼬用他的終極忍者技能“天空之照”，留下了“邪火”。自來也對邪火非常感興趣，並收集它來研究。佐助加入大蛇丸後，自來也也帶著鳴人踏上了艱辛的心路歷程，希望變強的鳴人有朝壹日能阻止四世同堂的野心！在此期間，自來也加強了鳴人的身體藝術，並教鳴人學習:
終極暗影分身(這個忍者只能分離出壹個分身，但這個分身不是被攻擊時消失的分身，這個分身和本體的忍者壹樣，屬性也壹樣)。九尾靈(鳴人短時間內可以和九尾結合，但是長期結合會讓鳴人精神崩潰。大家都看過火影忍者和九尾生氣時的組合。這個忍耐力就是讓鳴人自由控制自己的變身)。終極忍法:天殺術(自來也研究了雪貂黑邪火的天殺術，研發出壹種新的忍法，威力與天殺術基本相同)。而且鳴人還練就了自己的獨門絕技:大禹螺旋丸(普通螺旋丸的強化，其強度是普通螺旋丸的數倍！)。
而佐助在這三年裏也學到了很多:雷遁(涉獵很廣，從雷英偷來的封印卷軸中學到的)，火遁修羅之炎(自悟，強化鳳仙花的火術)，雷於謙之術(強化千鳥，自悟)，得到了大蛇丸對通靈獸和蛇的血祭。並實現沙林根“攝魂”的另壹種手法(可以讓看到沙林根的敵人在壹定時間內無法自由使用查克拉，查克拉少的忍者會失去意識！)關於佐助的片段，現在國內有這個段子！相信大家都看到了，就不詳細解釋了！
在此期間，小莫也被綱手訓練成了壹名優秀的醫療忍者！
在與大蛇丸的三代戰鬥後，黑暗面得知了大蛇丸轉生的意義。自來也閱讀了禁忌之書，了解到輪回必須每三年改變壹次。經過三年的訓練，鳴人開始明白了很多，不再是那個傻傻的鳴人。雖然他還在笑，但他成熟了很多。為了阻止大蛇丸轉世成為佐助，綱手毅然決定進攻大蛇丸的隱仁村！苦戰，佐助放了大蛇丸！因為目標(打死黃鼠狼)沒有達到，我也跑了。虛弱的大蛇丸，找不到轉生的辦法，只好投胎到竇，但竇卻潛心研究大蛇丸轉生的奧秘，在大蛇丸虛弱的同時，吸走了大蛇的全部耐力！戰鬥結束後，追蹤鳴人三年的臭鼬開始了對鳴人的強烈追求。
有壹天鳴人在山裏練忍術，臭鼬和鬼地出現了。雙方激戰正酣。如果是他們中的任何壹個，都有可能贏，但是兩個都更好。鳴人殺了鬼地之後，查克拉終於用完了，輸給了臭鼬，輸了。佐助壹出現，兩個人就展開了激烈的戰鬥，臭鼬最終被佐助打敗。在臨終前，臭鼬說出了真相。佐助傷心欲絕，正要離開，卻遇到了凱。為了奪回佐助，凱展開了激烈的戰鬥，但赤井輸給了佐助。就在佐助進攻的時候，卡卡西出現了，擋住了進攻。暈倒前，他對佐助笑了笑。木本櫻也在這個時候意外出現，催促佐助投降，不料被佐助甩了。佐助走了，小櫻傷心地哭了。順便說壹下，她利用綱手幫助卡卡西和鳴人療傷。鳴人醒來的時候，很興奮。卡卡西暫時沒有生命危險。帶回木葉後，綱手幫忙做了診斷和治療。卡卡西沒有生命危險。赤井被轉移到卡卡西身邊。綱手得知此事後，派了壹個秘密部門去追蹤佐助。自來也似乎把鳴人叫走了，並告訴鳴人，佐助可能比鳴人更糟糕。
我不能再寫了。我好累啊！這是從日語壹點壹點翻譯過來的。直接跳到結尾...
第四代的壹個男人，壹個漂亮的小女孩，問鳴人是否想見他的母親。鳴人帶著女孩好奇地離開了。4代被抓，鳴人被壹種奇怪的忍術封印在查克拉裏，不用忍術。後來，Kodai告訴他，他是鳴人的父親，鳴人憤怒地哭了，訴說了自己這些年的苦難和屈辱。4代借此機會暢談自己的復仇理想，並邀請鳴人加入蕭組織。後來鳴人的媽媽出現了，並勸說鳴人。佐助為了給內廣壹族報仇，去了蕭組織的基地，秘密部門也把佐助的消息傳回了。立刻帶著所有人支援他，佐助順利潛入蕭，卻被壹個代號為“蠍子”的忍者抓住。趕到現場，與蕭發生了激烈的沖突，而鳴人還沈浸在他的懷裏。四代來到戰場，千風刃殺了大部分忍者。、綱手和卡卡西、凱和洪...很多優秀的忍者雖然毫發無傷，但已經是壹片狼藉。鳴人聞聲傻傻的上了戰場。他迷迷糊糊地看著眼前的景象，說:真是壹場噩夢！結果被自來也驚醒了。鳴人看著所有木葉忍者的屍體，看著伊魯卡的屍體，想起了過去。他憤怒地質問第四代怎麽了，經過壹番反駁，鳴人開始了他們的父子戰爭，在這場戰爭中，自來也展示了他真正的實力，非常壯觀的實力！不過還是被4代打敗了。正當第四代要殺死自來也時，鳴人的母親出現了，阻止了殺戮。壹些情緒化的對話激怒了鳴人。鳴人在化成九尾的狀態下做出了終極翡翠螺旋丸。4代死時，又是壹次情感對話。鳴人從有父母變成了壹個人！
事情告壹段落，鳴人壹直提不起精神，上田出現了，壹直陪伴著鳴人。兩個人都談到了他們的過去。最後，在上田的努力下，鳴人振作起來，第五代霍穎冊封鳴人為接班人。佐助在蕭之戰後被木本櫻所救，經過木本櫻的悉心照顧，兩人深深相愛，鳴人和也順利發展成戀人。許多戀人已經結婚...
由於種種原因，很多地方略作說明。如果不詳細，讀者可以幻想壹下當時的場景，但結局壹般就是這個意思！