醫生不是真的死了，但要到第四季才會揭曉【這是大劇透...]
前情提要:故事從第二季結尾開始，邁克爾被關在巴拿馬的索納監獄，該監獄號稱壹去不復返。
越獄第三季第壹集
第65438集+0
剛到索納的邁克爾立刻嗅到了死亡的氣息，目睹壹場囚犯之間的決鬥讓他更加不安。領事館的律師告訴林肯，他可以幫助邁克爾轉移到監獄。但說到掉進河裏的裝有500萬元的背包，律師表示“什麽都沒發現”。貝裏克在監獄裏的日子很不好過，他成了囚犯們取笑的對象。曼宏沒有小藥丸，只能靠思念家人來緩解毒癮的痛苦。像往常壹樣，監獄裏的新人來見老大勒齊。勒齊早就聽說了邁克爾的逃亡故事，他對邁克爾壹直保持著警惕。他擔心監獄的地位會因為這個越獄明星的到來而動搖，他會抓住機會讓邁克爾難堪。他命令壹個名叫“金臂甲”的人去陷害邁克爾，企圖通過決鬥來解決他的眼中釘。馬宏暗中幫助邁克爾，在他差點被對方暗殺的時候及時解救了他。世界真的很小，“T-BAG”被送到了Sona。壹進監獄，他就忙著討好勒齊，成了他的下屬。被迫打掃廁所的貝裏克被藏在通風管道裏的神秘人給了食物，代價是幫助神秘人傳遞紙條。林肯接到警察局的電話，要求他去停屍房辨認莎拉的屍體。原來是虛驚壹場。此時，林肯實際上接到了兒子LJ的電話，約他們見面。林肯準時赴約，卻發現壹個自稱格雷琴的女人來見他。她用莎拉和LJ的性命威脅林肯，如果邁克爾不能在壹周內和壹個神秘人壹起從Sonane的監獄逃出來，她就要殺死莎拉和LJ。被點名要求解救的犯人名叫惠斯勒，就是藏在通風管道裏的神秘人。
第二集
在索納監獄，每個犯人都必須遵守勒齊制定的遊戲規則，否則必死無疑。在壹次戰鬥中，勒齊的壹個追隨者打翻了供水缸。要知道，監獄發生暴亂後，獄警就停止了正常供水，每周換成固定的壹桶水。突然監獄沸騰了，壹個白人試圖反抗。貝裏克給了惠斯勒的藏身之處，下水道，條件是要喝水。經過壹番秘密溝通，邁克爾答應把惠斯勒帶走，讓他暫時呆在下水道裏。傷愈復出的蘇克雷買了壹把槍，怒氣沖沖地跑到索納監獄去除掉貝裏克，卻得到了壹個讓他非常吃驚的答案。原來，貝裏克壹直沒有抓到她的情人，此刻她正安全地呆在芝加哥。蘇克雷意識到自己會給愛人帶來危險，並從中吸取了教訓，在電話中依依不舍地和愛人道別。這時，這個喜歡到處搭訕新人的小男孩告訴了馬宏壹個關於惠斯勒的秘密。原來惠斯勒殺了市長的兒子，市長赦免了勒齊。任何人只要能抓到並殺死惠斯勒，就能獲得壹次上法庭重審並轉移到監獄的機會。馬宏意識到邁克爾肯定已經知道了這個消息，所以他立即采取了行動。邁克爾去找勒齊，告訴他監獄缺水造成的混亂可以解決，但勒齊不在乎。聰明的邁克爾用林肯寄給他的錢買了烈酒。他把蘸了酒的棉布扔進下水管，然後引爆了它。囚犯們看著源源不斷的幹凈水，監獄又沸騰了。就在這時，先到的馬宏把惠斯勒從下水道裏帶了出來，勒齊的眼中露出壹絲殺意。林肯跟著那個從屍體上拿走紙條的神秘女人來到壹家銀行，看到她拿走了壹本關於鳥類指南的小冊子。意識到這個女人是惠斯勒的女朋友，他立刻拿走了小冊子，見到了再次威脅他的女人格雷琴。林肯順從地把神秘小冊子遞給了格雷琴，但當格雷琴離開時，林肯拿出另壹本小冊子沈思起來。原來林肯已經掉包了線索。
第三集
Lincoln在他的酒店房間裏收到了壹封神秘的信，信中附有被綁架的LJ和Sarah的最新照片。正當Lincoln想出去壹探究竟時，Sucre出現了。他希望林肯能幫助他找到失蹤的500萬英鎊，但他驚訝地得知LJ和莎拉被綁架了。索納利、邁克爾、“西奧多”和馬宏之間的關系變得微妙起來。另外，邁克爾隨時都能感受到來自勒齊的死亡威脅。林肯帶著壹張照片來見邁克爾。兩人都發現莎拉拍照時的手勢似乎暗示著什麽。當邁克爾看到這些，他越來越想和莎拉取得聯系。他渴望擁有壹部電話，與林肯時刻保持聯系，卻得知壹個令人沮喪的消息，監獄裏唯壹的壹部手機是勒齊的獨家產品。馬宏從他的律師那裏得知，他還得再忍受壹年才能有機會上法庭重審，毒癮發作後他陷入了絕望。邁克爾威脅“西奧多”幫他偷勒齊的手機，否則他將揭露“西奧多”之前犯下的罪行。“西奧多”別無選擇，只能同意。邁克爾立即撥通了莎拉的電話，但得到了壹個令人驚訝的答案——莎拉似乎在暗示，邁克爾的所有努力都將白費。在莎拉的建議下，邁克爾命令林肯去找她。漁夫惠斯勒與邁克爾和馬宏進行了簡短的交流。他告訴邁克爾他是無辜的，那本鳥類指南就是他的旅行日記，裏面記錄了幾個重要的坐標，而所指的坐標與那個見證他無辜的神秘人息息相關。林肯按照提示來到了莎拉的住處，但匆匆掃了壹眼後，他無助地看著兒子和莎拉被抓進車裏帶走。狡猾的“西奧多”壹步步獲得勒齊的信任，馬宏和邁克爾討論幕後“公司”與惠斯勒的聯系，謹慎的邁克爾四處尋找逃脫的方法。救人失敗的林肯再次接到格雷琴的電話。格雷琴在停車場留了壹盒。壹種不祥的預感襲擊了林肯，他小心翼翼地走向紙箱…
第四集
林肯打開紙箱，瞬間倒下。莎拉的頭在紙箱裏。格雷琴甚至威脅他說，如果有任何花招，LJ的命就沒了。林肯被迫再次與邁克爾見面，但他不敢告訴邁克爾莎拉的事。邁克爾壹心想策劃越獄計劃，借了他在獄中認識的少年麥格雷迪的十字架，讓馬宏去找黑筆，而林肯必須找到掘墓人尋求幫助。邁克爾用十字架成功制造了停電的假象，並借機要求換牢房，但也成功了。貝裏奇無意中聽到了邁可的計劃，想借此機會加入進來，但是被拒絕了。他也想賣掉秘密，不想趁還來得及偷米。在監獄外，林肯向格雷琴報告了這個計劃，並去賄賂了掘墓人。結果掘墓人食言，最後格雷琴為了保密把掘墓人槍斃了。得知兄弟倆的計劃後，索菲亞找到林肯，要求壹起行動。蘇克雷也得知了蘇拉的死訊，最終決定代替掘墓人，參與越獄計劃。格雷琴從林肯那裏拿到了真正的鳥類手冊，寄給了惠斯勒，裏面有壹張紙條:“妳沒有多少時間了！”"
第五集
夜幕降臨，索納壹片死寂。在黑暗的角落裏，邁克爾正在偵察高墻內的情況:壹只老鼠爬過廣場，發出哢嗒哢嗒的聲音。獄警幹脆開槍，只留下壹具血肉模糊的屍體。邁克爾打了個寒顫:看來夜間行動的計劃泡湯了。越獄時間快截止了。林肯再次見到了邁克爾。邁克爾坦白了他白天越獄的計劃，並再次詢問莎拉。林肯編造了壹個謊言，邁克爾不禁露出懷疑的神色。然而，大事件就在眼前，他們不得不把孩子的事情放在壹邊。林肯回到酒店，與惠斯勒的女友索菲婭壹起為邁克爾的逃跑做準備，但事情並不像預期的那樣順利。蘇克雷的“掘墓人”身份吸引了壹些神秘人的註意。在金錢的誘惑下，蘇克雷答應為他們把包裹送到監獄。為了贏得勒齊的信任，“西奧多”忍受了不同尋常的侮辱。最讓他痛苦的是，勒齊總是可以隨意玩弄女性，卻只能經歷欲望的折磨。邁克爾終於找到了守衛的弱點。他試圖利用電器產生的電磁脈沖幹擾警衛的電視信號，從而分散他們的註意力。當壹切都按照邁克爾的計劃進行時，意外發生了。由於反射，壹名警衛發現了邁克爾用來觀察環境的高倍望遠鏡。壹群警衛沖進索納監獄，詢問誰在使用望遠鏡。邁克爾承認那是他自己的，壹把槍立刻落在了邁克爾的額頭上。突然惠斯勒站起來大喊他在用望遠鏡觀察候鳥，並拿出壹本鳥類指南來解釋。警衛信以為真，沒收了望遠鏡。邁克爾此刻呼出壹口大氣。逃跑計劃越來越難了。林肯和索菲亞發現穿過森林去索納的路走不通，只好改變海岸線，結果發現可以走到索納的邊緣。他們不知道邁克爾的逃亡計劃有被斬首的危險。然而，馬宏的意外發現讓邁克爾重燃希望。還有不到24小時，原定的逃亡計劃就要開始了……壹切都還是未知數。
第六集
新出獄的犯人聲稱見過惠斯勒，但惠斯勒口口聲聲說從未見過這個人。這壹舉動引起了邁克爾的懷疑。離越獄還有三個小時，邁克爾打電話給林肯，請他在獄警的咖啡裏下藥。再次詢問莎拉的近況，邁克爾要求看莎拉的照片，或者取消逃亡計劃。林肯走過時，感到更加不安。邁克爾在監獄裏尋找最適合逃跑的房間，卻發現這是普通犯人的“禁地”——那是勒齊的忠實仆人薩米的房間。在探路的時候，薩米回來了。危急時刻，邁克爾冷靜地從側門離開，逃過壹劫。馬宏在美國聯邦調查局的朋友來到門前，希望將他轉移出索納監獄。作為交換，馬宏必須在法庭上放棄他所知道的關於公司的壹切。馬宏考慮了壹下，接受了。可憐的新囚犯被謀殺了，勒齊發誓要抓住兇手。矛頭立刻指向了惠斯勒。此時，狡猾的“西奧多”已經贏得了勒齊的信任，他正計劃鏟除眼中釘——薩米。在準備他哥哥的逃跑計劃時，Lincoln正忙著向Gretchen要照片，並確保LJ的安全。換咖啡的計劃壹波三折。無奈之下，惠斯勒的女友索菲亞巧妙地搭上了獄警的順風車，成功地用事先被下藥的咖啡替換了他的咖啡。我不想讓獄警生氣。無奈之下，索菲亞自稱是勒齊的女人，終於化險為夷。“西奧多”偷了薩米的戒指，給了邁克爾，暗示如果惠斯勒要想安全，他必須犧牲壹個無辜的人。邁克爾聽了“西奧多”的話，把薩米的戒指扔進了血泊中。然而出乎意料的是，他在馬宏的房間裏發現了壹把帶血的刀。邁克爾找到了勒齊，在準備他的理論時，勒齊刺傷了他的壹名手下，告訴邁克爾他已經找到了兇手。在上天的眷顧下，惠斯勒保住了性命。格雷琴帶給林肯的莎拉的照片還是最後壹張。林肯認為紙是包不住火的，他詳細地告訴了邁克爾莎拉的死訊。知道真相的邁克爾平靜地離開了。他找到惠斯勒，把壹切都歸咎於他，然後開始歇斯底裏地咒罵。壹怒之下，他丟下壹只雞爪，向惠斯勒挑戰。惠斯勒驚呆了。勒齊給了他們15分鐘的準備時間。正當惠斯勒焦慮和困惑的時候，邁克爾悄悄地出現了。原來剛才那壹幕只是作秀，用決鬥來轉移犯人的註意力，真正的越獄行動即將開始。
第七集
三點鐘，雙方約定了決鬥時間。然而，就在這個時候，這兩個人在黑暗中逃出了監獄。沒想到，成事在天。雖然壹名獄警被下了藥，但陽光並沒有給他們足夠的時間。邁克爾和惠斯勒只能暫時回到他們的牢房，他們沒有時間掩蓋他們的逃跑。這兩個人最終被迫決鬥。就在惠斯勒準備給邁克爾致命壹擊的時候，跟隨他的獄警出現了，當場開槍打死了壹名囚犯，並警告勒齊，如果他不能很好地管教手下，就找人代替他。暴怒的勒齊帶走了邁可，但要求邁可繼續計劃，帶他壹起走。因為他也知道自己在監獄裏的統治受到了威脅。在監獄外，由於越獄失敗，林肯只能劫持人質，但蘇克雷和他的使者盡了最大努力去救LJ。格雷琴悄悄來到監獄探望惠斯勒，惠斯勒為兄弟倆多要求了四天，這壹切都被邁克爾看到了。
第八集
格雷琴答應再給兄弟倆四天時間計劃逃跑，但組織沒那麽有耐心。“將軍”出現，要求格雷琴武力營救惠斯勒。至於兩兄弟和惠斯勒的女朋友索菲亞，他們都沒用。監獄的警衛正在用加固的鋼筋加固窗戶和門，而勒齊和邁克爾繼續策劃新的越獄計劃。勒齊和邁克爾暫時結成了利益同盟，但各有各的想法。惠斯勒已經知道組織會強行營救，只需要在5點鐘出現在天臺上。邁可告知林肯，他會有危險，林肯和蘇克雷告訴邁可，在槍戰後，組織派了殺手來殺他們。邁克爾突然意識到，這意味著該組織有自己的方式來營救惠斯勒。於是邁克爾跑到天臺阻止惠斯勒逃跑，組織派了兩架直升機去虛無。最近遭遇多起事件的獄警被這次越獄徹底激怒，認為壹切都源於邁克爾，決定將他帶出這座監獄——邁克爾的命運將再次陷入迷霧。
第九集
索納監獄迎來了新的典獄長，邁克爾在他的高壓政策下講述了整個故事。典獄長無法相信這個離奇的故事，於是逮捕了惠斯勒，與邁克爾對質。最終，惠斯勒無法承受懲罰，供認參與了越獄。在監獄外，林肯繼續在格雷琴和邁克爾之間絞盡腦汁。格雷琴出現，還帶了LJ，表現出壹定程度的善意。蘇克雷再次接受了去索納監獄的送貨，掙錢養活他的小兒子，但我不知道箱子裏有壹把手槍。在監獄裏，歹徒勒齊正在策劃壹場陰謀。邁克爾設法與林肯取得了聯系，這壹信息幫助典獄長抓住了格雷琴。格雷琴，惠斯勒，邁克爾，三方對抗。典獄長終於相信了這個故事，並找人試圖救LJ。但是事情並沒有那麽順利。格雷琴將他們引入了壹個陷阱，殺死了獄長，並再次用LJ的生命威脅林肯。典獄長死了，惠斯勒和邁克爾回到了監獄；加上之前回來的馬宏，壹切似乎又回到了原點...
第10集
林肯和索菲亞拿出蘇克雷給他的紙，按照地址買了黑市炸彈。對了，經歷了這麽多事，兩人早就相愛了，計劃中互相照顧，心照不宣。當勒齊在SONA逐漸失勢時，薩米使米迦勒的逃亡計劃瀕臨破產。西奧多和貝裏克加入了越獄計劃，薩米成了監獄長。T-Bag希望Bellick在沒有人知道的情況下殺死Sammy，但是Bellick的丙酮用完了。薩米懸賞邁克爾的人頭，很快就發現邁克爾想越獄。幸運的是，當邁克爾計劃破壞隧道時，跟蹤他並當場抓住他的薩米因為隧道坍塌而死亡。勒齊再次掌權。同時，林肯和蘇克雷計劃炸掉格雷琴。
第65438集+01
格雷琴綁架了索菲婭，以迫使惠斯勒說出他們想要的信息。邁克爾受到威脅，提前了越獄時間，並於當晚逃脫。麥迪參加了越獄，T-Bag和Lechero結盟。林肯和蘇克雷在外面支持。然而，蘇克雷因為化名惹上了麻煩，被獄警攔下問話。邁克爾打電話給發電機制造商，測試停電後多久能恢復供電，然後遺憾地告訴大家只有30秒了。在隧道裏決定逃跑順序時，Bellick，Lechero和T-Bag威脅Michael，讓他們先跑，否則就殺了Whistler。邁克爾答應下來，低聲對身後的麥迪說，並問馬宏是否想先走。馬宏拒絕了，說:“比起留給別人，我更習慣看別人的背影。”
第12集
當勒齊、貝裏克和西奧多逃出隧道時，電力供應瞬間恢復，燈光震天。他們被當場抓獲，勒齊被獄警擊斃。邁克爾、惠斯勒、馬宏和麥克格雷迪在混亂中設法逃脫，從水路逃走，以躲避公司的追捕。蘇克雷的假掘墓人身份暴露，獄警用槍威脅他說出邁克爾等人的去向，而蘇克雷則寧死也不說。當成功越獄的邁克爾和其他人打電話確認會合地點壹起越獄時，蘇克雷正被監獄警察用槍指著自掘墳墓。他接了電話然後沈默，掛了又把電話摔了，回頭看了壹眼死臉的獄警。當林肯與格雷琴討論壹項新的交換協議時，惠斯勒因害怕而逃跑了。
第13集
邁克爾和林肯很快抓住了惠斯勒，並準備用他來交換L.J .和索菲婭的性命。邁克爾計劃在博物館裏做壹筆交易，希望公司裏的人能在離開前被射殺並制服。邁克爾制定了相應的逃生計劃。沒想到，索菲亞中槍了，邁克爾立刻和公司陷入混戰。這個角色的結局在括號裏:麥迪回到了他在哥倫比亞的家。索納監獄的警察氣得要把蘇克雷關進監獄，讓他在沒有證據的情況下死去。西奧多在殺死勒齊後獲得了監獄的最高領導權。馬宏決定再次回到“公司”。索菲亞開始好轉，成為林肯的女朋友。邁克爾離開了哥倫比亞，發誓要找到格雷琴，鏟除這個組織，為莎拉報仇。。