金陵刻經處正式成立後，楊仁山熱心搜羅各種佛教經典，先後檢索出長期流散於中國的中倫書、白倫書、魏徵姬叔、尹明倫書、華嚴沙門張等隋唐佛教著作約300種，並加以印刷，使《三論宗》、《慈恩宗》流傳開來。在楊仁山的精心策劃下，金陵刻經處先後出版了《大藏經集》，精選佛經465種，總冊3300冊，印制佛像10000余尊。魯迅先生在為母親祝壽時，也曾在此捐資鐫刻《百喻經》。
為了弘揚佛法，楊仁山還為金陵刻經處規定了“三不刻”的例子，即疑偽者不刻，意淺者不刻，壇書不刻。他曾說:“我自告奮勇，懇切希望金陵刻成全集，並保證校對印刷極其細致，不耽誤學者。”至於刻在別處的未完成的書，就讓它們自行流傳吧，我們不會把它們合並成書。“這不僅是楊仁山正直嚴謹的治學知識的體現，也是金陵刻書局經久不衰的根本原因。由於我國古代流失的佛經很多，刻本采用了經註結合、分段落、加句讀、嚴格校勘的方式，所有信眾都稱贊其為“最好版本的佛經”，這與直接從其他寺廟抄錄明藏、龍藏的人真的不壹樣。