（1）采種
果樹的種子都有其固有的外部形態，如形狀、大小、顏色、縫合線等，對不認識的或有懷疑的種子可與標準樣品或彩圖進行比較來鑒別。也可進行解剖，從種臍、子葉、胚、珠孔等內部形態構造，還有種仁氣味等來鑒別。優質的種子壹般有這樣壹些特點，種皮不皺縮，有光澤；大小均勻；種仁飽滿，子葉和胚為純白色，不透明，有彈性，用手指按壓不破碎，胚根短直而圓鈍；無黴味，無破損，這樣的種子出芽好，成苗率高。而劣質種子則表現為種皮皺縮或開裂；無光澤；種子大小不均壹；有機械傷和病蟲傷；子葉和胚淡黃色至褐色、半透明；顏色雖然較白，但有白蠟的油亮色；胚根細長，尖部彎曲，有的胚已退化或根本無胚；種子有黴味。這樣的種子不易發芽；即使勉強發芽，也易死亡。山定子的陳種子種皮灰褐色或暗褐色，無光澤；如果保存條件好，仍具有近於新種子的特點；保存不好的，種仁變淡黃至褐色，有的反油如蠟質，失去生活力，浸泡後用手壹擠種子馬上就出來。堆放腐爛後取出的種子，如堆內溫度不超過28℃，出芽率正常；如果超過28℃，則種子傷熱，種仁變淡黃色，胚根伸長，尖部帶小彎曲。新的山定子種子則表現為種皮新鮮，紅褐色，有光澤，飽滿；種仁潔白，不透明，不反油，泡軟後也可從種皮裏擠出來，但比較困難；浸泡後子葉膨大；胚根短，尖部圓鈍，不彎曲。為了獲得純正的種子，必須從以下幾個方面著手。
①選擇優良的母本樹 要選擇豐產、穩產、生長健壯、品質優良的母本樹采種。實踐證明，生長健壯的母株產生的種子，充實飽滿，其苗木對環境的適應能力強，生長健壯。
②適時采收 生產上壹般果實完全成熟時采種。多從果實和種子成熟時表現出的特征來鑒定。果實顏色由綠色變成該品種（或種）固有的色澤，果肉變軟，則種子飽滿充實且有光澤。
③果實的選擇 果實發育好壞與種子好壞有關。凡果實肥大、果形端正的果實，種子也飽滿；果實發育不正常的，往往在發育不正常的壹邊，種子發育也不好。所以有必要對果實進行選擇。
④果實處理 果實的處理壹般分兩種情況，壹是果肉無利用價值，可馬上取出種子。壹時難以取種的果實（如山定子等），采收後可以堆放在陰涼的地方使果肉軟化，壹般1周左右。堆積時，要註意堆積得不能太厚（壹般不超過20～30厘米），厚了會出現因果肉腐爛發熱而燒壞種子的現象，果堆內溫度應在25～35℃，超過35℃就會傷害種胚，45℃以上時，種胚即死亡；果堆太厚時，也會由於缺氧而使種子的生活力降低。因此，堆積期間要註意經常翻動，以利於通氣，使堆內的熱量散失。待果肉軟化後，揉碎果肉，洗凈種子上的果肉，以防止種子後期貯藏時發黴，影響種子的發芽率。二是果肉有利用價值的，如海棠果類，可結合加工過程取種，但必須註意選那些沒經過45℃以上溫度（最好在35℃以下）處理的有生活力的種子。
（2）種子的貯藏
對於蘋果育苗常用的砧木山定子、海棠類，壹般采取幹藏法。種子洗凈後，通常放在陰涼處自然晾幹，薄薄地攤在涼爽、通風的地方陰幹1～2天，攤種厚度約1扁指為好，並經常蹚種翻動。壹定要防止在烈日下曬幹。如果由於場地的限制或遇陰雨天氣，必須人工幹燥時，溫度也要逐步升高，第壹天只能比氣溫略高3～5℃，然後慢慢增溫，逐步幹燥，最後還要適當降溫冷卻。
種子陰幹後，應進行精選分級，剔除混雜物和破粒，使純度達95%以上，然後根據種子大小、飽滿程度或重量加以分級。實踐證明：大粒種子出苗好，小粒種子出苗差。種子經過分級以後，出苗全而整齊，幼苗生長均勻壹致，便於撫育管理。
分級後的種子裝到麻袋、布袋、編織袋或其他易透氣的容器內，放到通風、幹燥、涼爽的地方貯放，定期翻壹翻，以免內部溫度過高燒壞種子。
此外，還可采取低溫貯藏和超低溫貯藏法進行種子的貯藏。前者是先把種子風幹，使其含水量降到3%～7%，放在密封容器內，於－20～－18℃下可貯存幾十年；後者是把風幹的種子裝入密封容器中，在液態氮（-196℃）內或液態氮的液面上進行貯藏。使用時，取出種子在室溫下慢慢地融化即可。