近代以來在浙東運河上興建的具有文化代表性和突出價值的水利工程設施，也屬於本辦法所稱的大運河遺產。第四條 大運河遺產保護堅持真實性、完整性、延續性原則，實行統壹規劃、分段保護、屬地管理。第五條 市和大運河遺產所在地的縣（市）區文物行政部門主管本行政區域內大運河遺產的保護工作。
大運河遺產所在地的縣（市）區人民政府應當加強對大運河遺產保護工作的領導。
規劃、水利、交通運輸、住房建設、國土資源、環境保護、城市管理等相關行政部門在各自的職責範圍內，做好大運河遺產保護的相關工作。第六條 大運河遺產保護經費應當納入市和大運河遺產所在地的縣（市）區人民政府的財政預算。第七條 公民、法人和其他組織都有依法保護大運河遺產的義務。
鼓勵公民、法人和其他組織積極參與大運河遺產的保護。第八條 市和大運河遺產所在地的縣（市）區文物行政部門應當組織調查本行政區域內的大運河遺產。
對大運河遺產中具有歷史、藝術、科學價值的不可移動文物，應當依法公布為文物保護單位或文物保護點。
對大運河遺產中屬於國家所有的和管理權屬不明確的可移動文物，應當由文物行政部門會同有關部門指定相關的文物收藏單位收藏。第九條 大運河遺產保護實行專家咨詢制度。市文物行政部門應當組建由文物、水利、交通運輸、規劃、建設、環保等領域專家組成的專家組。
制定大運河遺產保護規劃，審批有關建設工程，決定其他重大事項，應當聽取專家組意見。第十條 大運河遺產保護規劃由市文物行政部門會同規劃、水利、交通運輸等有關部門制訂和修改，報市人民政府批準公布。
大運河遺產保護規劃應當明確大運河遺產的構成、保護標準和保護重點，劃定保護範圍和建設控制地帶並分類制定保護措施。
大運河遺產所在地的縣（市）區人民政府應當根據大運河遺產保護規劃，制定本行政區域內大運河遺產保護工作的具體實施方案。第十壹條 在大運河遺產保護範圍和建設控制地帶內進行工程建設，應當符合大運河遺產保護規劃，並依法履行報批程序。
進行前款規定的工程建設，應當實行建設項目遺產影響評價制度；但對屬於水利、水運工程建設的，可以在設計文件中編制文物保護篇章，不單獨進行遺產影響評價。第十二條 在下列大運河遺產的保護範圍內，不得進行除水利設施、水運設施和其他重大基礎設施及景觀等工程建設外的其他建設：
（壹）浙東運河進入余姚界至曹墅橋段；
（二）余姚市丈亭鎮慈江至江北區剎子港小西壩段；
（三）寧波三江口（新江橋、甬江大橋、江廈橋之間的水域及海上茶路啟航地遺址和慶安會館遺產區）。第十三條 市文物行政部門應當建立大運河遺產標識系統，並向公眾提供真實、完整的大運河遺產信息。第十四條 大運河遺產保護應當有利於文化傳承，有利於改善沿線居民生產生活條件，促進當地社會經濟可持續發展。
大運河遺產所在地的縣（市）區人民政府及相關部門決定大運河遺產保護中的重大事項，應當聽取公眾意見。第十五條 將大運河遺產所在地辟為參觀遊覽區，應當堅持科學規劃、原狀保護的原則，確保公眾和大運河遺產的安全。
在參觀遊覽區內設置服務項目，應當符合大運河遺產保護規劃。
大運河遺產參觀遊覽區保護、展示、利用功能突出，示範意義顯著的，可以辟為大運河遺產博物館。第十六條 在大運河遺產保護範圍內不得從事下列活動：
（壹）非法移動、拆除、汙損、破壞遺產保護標誌、標識及界樁；
（二）在文物建築物、構築物上塗汙、刻畫、攀爬、張貼；
（三）在大運河河道上違法設置網箱、攔河漁具；
（四）傾倒、堆放垃圾和超標排放廢汙水；
（五）存放易燃、易爆、腐蝕性等危害遺產安全的物品；
（六）擅自從事爆破、鉆探、挖掘、取土、打井、打樁等危害遺產安全的行為；
（七）建造墳墓；
（八）其他危害大運河遺產安全的行為。