火箭隊是阪本創立的，是壹個龐大的邪惡組織。他們的目的是創造世界上最強的寶藏和夢想。火箭隊的名氣不是很高，但是因為武藏小次郎和喵喵這三個角色制造了很多笑料，火箭隊的名氣越來越高。沒有他們三人的存在，火箭就是壹個簡單惡心的邪惡組織。
水艦隊是阿奇組建的組織。他們的目的壹直是擴大海的面積，繼續擴大，讓整個世界成為壹片藍海。水電隊的這個目標和熔巖隊剛好相反，所以他們會因為目的不同而產生矛盾，經常打架。為了實現他們的目標，水電小組配備了裝備精良的儀器來追蹤蓋歐卡的行蹤。通過對蓋歐卡的大量研究，他們壹度試圖控制蓋歐卡，但都以失敗告終。
銀河隊就像這個名字。他們穿著華麗的服裝，資金雄厚。他們的目標是創造壹個新的世紀，並壹直在為帝牙盧卡和帕路奇犽做充分的準備。他們到處收集關於這兩只巨獸的信息。後來，銀河隊的領隊紅太陽被吸進了帝牙盧卡和帕路奇犽創造的異狀空間，導致銀河隊失去了領隊，被迫解散。
？等離子隊是壹個有理想有野心的邪惡組織。他們的做事風格很粗暴，但他們總是有足夠的理由成功地給大眾洗腦，讓很多人願意接受他們。然而，他們實際上是在散布謠言，說壹個沒有任何傷害的寶藏可以被夢想的世界，但他們用粗暴的手段抓住了萊希，拉姆和捷克羅姆。後來因為某種特殊原因被迫解散。
閃焰隊的所有成員都穿著紅色的衣服，戴著誇張的眼鏡。他們和銀河隊目標壹致，都想創造壹個美好的世界，但做法也很邪惡。他們企圖利用AV制作的遠古終極武器毀滅地球上的生命，包括人類和寶可夢，以達到給地球減壓的目的，創造壹個理想的美好世界。他們做事不管別人，只要自己開心就好。
骷髏隊出現在阿羅拉地區，他們會時不時在精靈學院和試驗場大吵大鬧。他們和火箭的目標是壹樣的，都在努力搶奪其他的寶藏，但從來沒有真正搶成功過，都是被主角教訓的。
寵物精靈總有七個邪惡組織。他們都有各自不同的目的和美好崇高的理想，但最終都因為主角肖誌和他的團隊而失敗。