在古震旦紀(約8億-4.4億年前)，靈璧縣經過呂梁構造運動，海水湧入境內，使靈璧成為壹片淺海海濱。在此期間，原生藻類植物大量繁殖生長，形成生物礁，並在海洋沈積作用下發育成各種石礦體。震旦系-奧陶系碳酸鹽巖沈積形成於震旦系構造之上。在古代(約4-2.3億年前)，加裏東期構造運動後，地殼擡升至陸地。華力西構造運動後，沈入淺瀉湖。直到中生代(約2億年前)，這壹帶經過印支期構造運動才上升為陸地，海水從此消失。同時，在印支構造運動期間，中國地層中出現褶皺和斷層。晚侏羅世至白堊紀，再次發生燕山構造運動，伴隨火山噴發，出現巖漿地質。新生代(65438+20萬年前)，第三紀地層沈積在石灰巖溶蝕區。距今654.38+0萬年，形成第四紀沖擊平原地層。以上地層大部分隱伏於第四系之下，少數零星出露於低山丘陵剝蝕殘丘中。經過復雜而漫長的地理變遷，形成了具有特殊地質和造型的靈璧石。
神話傳說版
大約8億年前，在孕育靈璧奇石的土地上，也就是安徽省宿州市靈璧縣北峪溝壹帶，太陽炙烤著這片土地，大地裂開壹道道裂縫，像幹渴的嘴巴向天空祈求雨露。蒼天無可奈何，炙熱的大地再也抑制不住他的憤怒。他開始顫抖，不均勻的血沿著裂開的嘴湧出。呻吟，咆哮，咆哮，反復發泄引發了他的原始瘋狂，他心中的血液越來越奔騰。他開始撕扯自己的身體，終於抵擋不住內心的膨脹。整個高傲的身軀瞬間崩塌四散，遠處的大海在聽到大地最後的咆哮後沖了過來，卻來不及拯救大地饑餓的心。她能做的就是用自己的身體撫平大地的幹屍，在這裏形成壹片淺海。這片土地的生命並沒有就此結束，而是進入了沈睡，並與海水結合，誕生了大量的原始生命——浮遊藻類，這就是靈璧奇石的前身。時光荏苒，歲月流逝，時代不停變化。這片淺海的生命已經更新了許多代。大量死去的生物遺骸與海水中的碳酸鹽混合在壹起，靜靜地安息在海底。它們越積越厚，再次回到大地的懷抱，與大地凝結形成巖石。這些巖石因為許多生命的融合而變得栩栩如生，留下了各種圖案。後來沈睡的地球多次醒來，這些有生命的巖石也在喚醒地球的運動中分裂變形。再加上億萬年雨露的滋潤洗禮，形成了形狀各異的奇石。