通過循環進料實現小麥種子與水飛薊種子的分離，通過短距離多次離心拋擲使水飛薊種子內部微裂紋積累，從而實現脫殼。
小麥種子與水飛薊種子分離後，完整的未去殼的種子從脫殼機的外殼中分離出來，然後回流餵入脫殼機，使破碎的殼和仁可以回收利用。從水飛薊種子中分離出的殼可用於提取水飛薊賓，而仁可用於進壹步開發。