然而，功能醫學的理論知識卻被大多數臨床醫生所忽視。
他們治療自身免疫性疾病的傳統方法是使用強效藥物，包括非甾體抗炎藥(如Advil和萘普生)、甾體激素(如潑尼松)、抗癌藥(如甲氨蝶呤)和壹些新藥(如恩利、胡梅爾和氯胺酮)。
這是因為藥物會使人體免疫系統變得非常遲鈍，從而增加癌癥或致命感染的風險。
這是因為藥物有嚴重的副作用，通常只能緩解部分癥狀。
當然，這些藥物短期內可以挽救壹部分人的生命，但長期來看，並不能根除病源。