可見外口破，閉合外口者可觸及硬結。
觸摸
是診斷低位肛瘺最簡單直接的方法。通過觸摸，我們可以知道內瘺管道的深度、方向和內口的位置。壹般低位肛瘺可觸及硬索，壓迫瘺管時，分泌物可從外口溢出，附著於內口的齒線可觸及硬結或凹陷。
3.肛門鏡檢查
主要觀察肛隱窩有無充血、凹陷、流膿。在治療過程中，探頭可用於檢查內口的位置。
4.染色檢驗
在肛門內放置壹塊幹紗布，從外口註入亞甲藍溶液。如果內口沒有閉合，紗布將被著色以幫助找到內口的位置。
5.影像檢查
肛內超聲和磁共振成像壹般較少用於低位肛瘺，但對復雜低位肛瘺有壹定的診斷價值。