其序列是指真菌rDNA上5.8s、18s和28srDNA序列之間的轉錄區間。5.8s、18s和28srDNA序列在進化中高度保守，而ITS序列由於選擇壓力低，在自然界中突變迅速，在大多數真菌中表現出序列多態性，表現出種內相對壹致性和種間明顯差異，非常適合真菌鑒定和系統發育分析。由於其識別速度快、分析準確，有效地彌補了傳統識別方法的不足，得到了廣泛的應用。
ITS序列分析可以快速準確地鑒定大多數真菌。鑒定中不需要反復培養進行生理生化反應和實驗，大大縮短了鑒定周期和準確性。
識別步驟包括:
*微生物樣本的DNA提取
*擴增了真菌的ITS區序列。
* DNA測序，將樣本序列與GenBank中的已知序列進行比較。
*確定微生物種類，微生物可分為屬或種。
*用同源性高的菌株構建系統進化樹。
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