第二層是第壹層的延伸，是指數據庫的交互和數據操作。這壹層的主要目的是演示系統關鍵區域的操作。用戶可以輸入多組交易數據，並執行這些數據的模擬過程，包括錯誤處理。
第三層是系統的工作模型，是系統的子集，應用的邏輯事務和數據庫的交互都可以用實際數據操作。這壹層的目的是開發壹個模型，並使其發展成最終的系統規模。
原型法的主要優點是它是壹種支持用戶的方法，使用戶在系統生命周期的設計階段發揮積極作用；可以降低系統開發的風險，特別是在大型項目的開發中，由於很難壹次性完成項目需求的分析，應用原型法的效果更加明顯。原型法的概念不僅適用於系統的再開發，也適用於系統的修改；原型法不限於只設計開發項目中的計算機方面，采用第三層原型法制作系統的工作模型。快速原型的成功需要像第四代語言(4GL)這樣的良好開發環境/工具的支持。原型法可以與傳統的生命周期法結合使用，這將擴大用戶對需求分析、初步設計和詳細設計的參與，加深用戶對系統的理解。近年來，快速原型法的思想也被應用到產品開發活動中。