1，不同的種植技術
非轉基因大豆是自然播種種植的，屬於純天然產品。全程沒有人為幹預改變大豆的特性。轉基因大豆利用現代生物種植技術，將抗蟲、抗藥等基因轉入大豆，獲得表達相應基因的品種。
轉基因大豆。不同的外觀和形態
轉基因大豆的外觀和形狀比較規則，多為圓形。由於王娜成熟快，顏色均勻，多為淡黃色，個頭較大。黃豆的臍部不明顯，外觀整潔，很少有蟲蛀現象。與轉基因大豆相比，非轉基因大豆多為橢圓形，顏色較深。
非轉基因大豆。不同的營養價值
非轉基因大豆是壹種營養價值很高的豆類食品，含有豐富的蛋白質、鈣、維生素和礦物質，也是蛋白質最豐富的谷物食品。轉基因大豆已經被外源基因轉化，這些外源基因對大豆所含營養成分的破壞程度目前還不得而知。
4.不同的安全性。
基因經過人工提煉添加後，雖然有表達某種基因的效果，但也會增加和聚集食物中原有的微量毒素。