馬錢子被用來毒死嚙齒動物和其他害蟲。主要在醫學上，馬錢子堿曾經在醫學上作為興奮劑使用，現在則作為殺鼠劑或治療嘔吐的良藥。
含有馬錢子堿、馬錢子堿等多種生物堿，能刺激脊髓、延髓的呼吸中樞和血管運動中樞的反射功能，大量引起驚厥。馬錢子堿有明顯的鎮咳作用。
祛血熱，消腫止痛。治療咽喉腫痛、癰腫毒、風痹、骨折。以及治療面癱和重癥肌無力。通絡止痛，散結消腫。用於治療風濕、麻木、癱瘓、跌打損傷、癰腫疼痛。
其實很多藥物既是殺人的毒藥，又是治病的良藥。關鍵在於方法和使用方式。除了馬錢子，毒砒霜在使用得當的情況下也是治療疾病的聖藥。
美國懷基基森林大學浸禮醫學中心的鮑爾教授表示，砒霜結合傳統的白血病療法，可以延長患者的生命，避免復發，效果相當驚人！患者也許可以只使用砷藥物，跳過化療過程。在壹項由美國國家癌癥研究所贊助的研究中，鮑爾在518名新診斷為急性早幼粒細胞白血病的患者中比較了砷和標準療法，發現261名使用砷的患者三年後的存活率高達86%，而使用標準療法的患者的存活率為77%。
砷對治療壹些寄生蟲病也很有效。