根據各種酶催化的反應類型，國際酶委員會將酶分為六大類，即氧化還原酶、轉移酶、水解酶、裂合酶、異構酶和連接酶。分別用1，2，3，4，5，6表示。然後，根據底物中所作用的基團或鍵的特性，將每壹類分為若幹個子類，每個子類依次編碼為1、2、3、4等數字。每個子類還可以進壹步劃分為子類，子類的編號仍然是1，2，3，4....每種酶的分類號由四個數字組成，用“.”隔開。第壹個數字表示酶屬於六個類別中的哪壹個；第二個數字表示酶屬於哪個亞類；第三個數字表示酶屬於哪個亞類；第四個數字表示酶在亞類中的等級數。數字前面是EC(酶委員會的縮寫)。如EC1.1.1代表氧化還原酶，作用於CHOH基團，受體為NAD+或NADP+；1.1.2代表氧化還原酶，作用於CHOH基團，受體為細胞色素；1.1.3代表氧化還原酶，作用於CHOH，受體為分子氧；數字中的第四個數字僅表示酶在亞類中的位置。這個系統命名原則和系統編號相當嚴格，壹個酶只能有壹個名字和壹個編號。所有新發現的酶都可以按照這個系統進行適當的編號。酶的類型和反應性質可以從它的序列號得知。下面的圖譜列出了酶的分類，標明了它們的序列號、系統名、習慣名和催化反應。
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