在當前的農業生態下，有機肥的綜合性價比更高，無論成本還是功效都能夠滿足農作物的生長需求，甚至還能夠在壹定程度上促進農作物的生長，而這些優勢是傳統的農家肥所不具備的，因此有機肥能夠在廣大的農村地區得到廣泛認可也就無可厚非，關鍵是有機肥種植出來的農作物，在銷售價格上也明顯高於其他肥料所種植出來的農產品。
不可否認，農家肥作為凝聚了廣大農民智慧結晶的原生態肥料，不但能夠滿足農作物生產的基本養料需求，而且對於土壤和生態也沒有損害，這對原生態農業的發展是極為有利的，但問題的關鍵在於農家肥的產量是無法滿足正常肥料需求的，如果沒有常規化肥和商品有機肥的補充，農業生產的肥料供應就會出現問題。
當然，農家肥從生態角度來說無疑是首選肥料，但現如今的農作物種植已經不僅僅追求生態和質量，產量的增加才是農民的追求，因此在廣大的農村地區化肥取代了傳統的農家肥，在保證了產量的同時卻沒有了生態保證，相信這對有過農業生產經歷的人都會深有感觸，但是從環保和生態的角度來說這樣的做法是得不償失的。
通過對有機肥和農家肥的綜合對比不難看出，農家肥的成本和生態優勢是獨樹壹幟的，而有機肥的營養成分齊全則是得天獨厚的優勢，以此來看兩種肥料在農作物生長過程中的作用是大同小異的，只不過存在實用性和性價比上不同程度的差異。