1.微生物代謝產生有益物質:在制作發酵食品的過程中，添加的微生物通過代謝、分解、合成等化學反應，產生乳酸、醋酸、酒精、氨基酸、酶等有益物質，可以改善食品的口感、營養和味道。
2.改變食物的pH值:發酵微生物產生的乳酸、醋酸等有機酸可以降低食物的pH值，從而改變食物的pH值。這樣既能增強食物的抗菌效果，又能增加食物的口感和保存時間。
3.改變食物的氣味和味道:微生物發酵產生的酶、氨基酸等物質可以改變食物的氣味和味道，使其具有特殊的風味和口感。例如，面包的酵母發酵可以使面包產生特殊的風味和味道。
4.促進食物的消化吸收:發酵食物中產生的微生物和有機酸能促進食物中營養物質的吸收和消化，增強人體免疫力和健康。
發酵食品的制作原理在不同的食品中是不同的，但其本質是利用微生物的代謝反應來改變食品的性質，從而改善口感，增加營養，延長保質期。