(1)農業生產過程造成的產品汙染
農副產品生產過程中需要大量的化肥、農藥、獸藥，化肥、農藥、獸藥等生產資料質量和使用不當會導致殘留、超標或其他產品安全問題。更嚴重的是，化肥、農藥、獸藥的殘留可以持續很長時間，不僅造成當季產品安全問題，還會嚴重汙染農業生態環境，造成後續產品汙染。
(2)農產品生產環境汙染造成的產品汙染
農副產品從種植到收獲需要經歷壹個自然生長過程，其賴以生存的環境是由土壤、水和氣候構成的。隨著我國工業化進程的加快和采掘業的快速發展，加上農業生產過程中形成的化肥、農藥、獸藥等殘留汙染，我國農業生態環境遭到了越來越嚴重的破壞，部分地區生產環境汙染對農產品安全的威脅已經達到了嚴重的程度。如2010海南水胺硫磷汙染，嚴重影響了當地農業灌溉用水。來自河流、湖泊和近海水域的汙染已成為導致糧食不安全的壹個重要因素。目前，我國許多河流、湖泊和沿海地區都受到了不同程度的汙染，其中51湖泊受到藻類汙染，富營養化。最近公布的數據顯示，我國受重金屬汙染的耕地面積已達2000萬公頃，占全國耕地總面積的1/6。這些被汙染的水體和土壤中的持久性有機汙染物和重金屬嚴重，並將在農業、畜牧業和水產品中富集，從而對人類健康造成嚴重危害。最近出現的“毒米”也主要是生產環境汙染造成的。因為食品受到汙染，會導致微生物及其毒素引起的食源性疾病，而致病微生物及其毒素引起的食物中毒大量存在。例如沙門氏菌病、弧菌病、腸出血性大腸桿菌等。化肥、農藥殘留和超標，獸藥、生物激素、生長促進劑使用不當，養殖環境汙染等，將導致大量含有有害物質的糧食、蔬菜、水果、肉及肉制品、乳及乳制品等不合格產品充斥市場，嚴重危害人體健康。
2.食品加工造成的汙染。
隨著生活節奏的加快和農副產品加工業的發展，人們消費食品的習慣逐漸從初級農副產品向加工食品轉變，目前加工食品的消費占食品消費總量的比重越來越大。在食品加工過程中，由於加工設備、加工程序和加工工藝的落後，以及生產加工企業未能嚴格按照工藝要求和食品安全標準進行操作(如微生物殺滅不徹底導致病原微生物大量產生，過量使用、濫用食品添加劑或在食品中非法使用非食品添加劑等。)，不合理違法使用色素和添加劑，加工場所環境汙染嚴重，都會在加工過程中產生汙染，影響食品安全，嚴重的會形成有毒食品。
3.非法生產經營引發的食品安全問題。
當前，無證非法生產經營食品問題依然嚴重，食品造假屢禁不止。這些非法生產經營企業法律意識淡漠，重管理輕管理，重生產輕衛生。這種現象如果不能杜絕，會給食品安全帶來很大隱患。
(2)流通過程造成的汙染
食品從產地到消費者的餐桌，需要經過收割、加工、包裝、儲藏、運輸等多個過程。在這壹過程中，由於采收加工時間把握不好和天氣惡劣，或使用不合格的包裝材料、儲存不當或裝運不合理，以及采收、加工、包裝、儲運設備和技術等原因。，就會出現產品安全問題。三，食品安全問題的成因分析
(壹)從法律制度和監管層面分析
1.食品安全法律體系不健全。
我國食品安全法律體系存在諸多弊端和問題，為很多問題食品的出現提供了生存空間。我國食品安全法律法規過於籠統，難以操作，這些法律法規和標準嚴重滯後。壹些現有的食品安全標準較低，許多指標遠低於國際標準，許多重要標準尚未制定，壹些現有的標準不統壹，這就為那些非法生產超低和不合格食品的廠家和企業提供了機會。
2.食品安全監管體系存在缺陷。
我國食品監管壹直采取分段管理的方式，品種管理為輔。在實際操作過程中，由於職責不清，會出現各職能部門之間爭著監管、重復執法的現象，或者是爭著不管、推諉扯皮的現象。這些現象會導致監管不力、執法不嚴，從而為壹些食品生產經營企業非法生產銷售不合格食品提供了博弈空間。
3.監管人員的失職和腐敗
食品安全問題除了不法企業和黑心商人的違法犯罪行為外，還與負有監管責任的行政官員的不負責任、不作為，或濫用職權、失職瀆職，或收受賄賂、權錢交易、或失職瀆職密切相關。這些行為交織在壹起，使得食品安全問題更加復雜，查處難度大，阻力非常大。