春秋戰國時期，北方民族地區的遊牧經濟有了相當大的發展。牧民飼養的駱駝在中原地區被視為“珍奇動物”，他們把駱駝奶制成的“酥脆”視為滋補身體的佳品。蒙醫傳統中有很多“酥制劑”和“酥底子”。還有“馬奶療法”等等。在唐朝，早在7世紀文成公主和金城公主入藏時，西藏就有壹位醫生，當地百姓稱他為“蘇布敏巴”(藏語，意為蒙醫)。因醫術高明，被譽為“自始至終的好醫生”。元代是蒙醫闡發過去、啟迪未來的新時期。元世祖忽必烈，在朝廷中“設太醫四人”，專門研究飲食營養和衛生。飲食博士胡思慧博士曾編著了壹部三卷本的《飲食》(公元1330)，是我國最早的營養學專著。13世紀初，元朝始皇帝成吉思汗統壹整個蒙古民族後，與中國其他兄弟民族，特別是漢族的交往更加密切，與印度、阿拉伯、歐洲等國家和地區的貿易和文化交流開始。因此，蒙古民族的經濟和文化也得到了發展，出現了手工藝品和蒙古文字。西藏醫學家遊鬥·元丹貢布所著的《四醫典》中也有關於蒙古灸法的記載，《遊鬥元丹貢布》壹書中也提到了蒙古放血療法。常年馳騁在遼闊草原上的古代蒙古人，經常遭受戰傷、摔傷、骨折等疾病，客觀上要求他們探索克服這些疾病的方法。因此，正骨健腦療法也是早期蒙醫的重要內容之壹。還有針對傷口的燒灼療法和針對重傷者的腹腔療法(即將牛或駱駝的腹腔剖開，將傷者放入，用其溫熱治療)。到了元代，食療得到了系統的總結和發展。元代著名神醫、蒙古族營養學家胡思慧所著《飲食正要》，記載了大量蒙古族飲食衛生和食療的內容。如馬奶、牛骨髓、奶酪和營養與衛生，在書中占有相當大的比重。這本書在中國醫學營養學上占有重要的歷史地位。蒙醫和中醫交流已久。隋方的《病因論》中包含了大量北方民族的醫藥衛生知識。許多北方少數民族醫生致力於中醫研究，並將其介紹到蒙古。比如宋代的《聖跡總錄》在南宋就已經失傳，義帝保存的手稿得以保存。遼代耶律舒城將壹些中醫書籍翻譯成少數民族文字，廣為流傳。還有直路谷所著的《脈訣針法》壹書，壹直為中原百姓所重視，明代陳棣編纂的《石善堂書目》中至今仍有記載。元代蒙醫學家沙圖木素用漢文撰寫了《瑞諸湯經驗方》十五卷，反映了蒙醫的壹些特點，如治療風寒濕痹的方藥較多，書中有數百個方藥，其中壹些方藥實用有效，至今仍為醫家所喜愛，如八珍散、四味香附丸等，均出自該書。用沙漠中生長的地錦草的乳汁治療外傷的方法沿用至今。林區的蒙古族對草藥的知識特別豐富。如拉希丁在公元14世紀所寫的《史記》中記載，這些蒙古部落的人，如烏蘇誌提、古提、克斯米等，不僅熟悉蒙醫，而且以用蒙醫治病而聞名。隨著與國內兄弟民族和阿拉伯、印度、歐洲國家經濟文化交流的不斷發展，蒙古肉蓯蓉和動物藥材傳到內地和國外；同時，內地和外國的藥物也傳入蒙古，促進了蒙醫學的發展。
14世紀，蒙古翻譯家沙拉布桑格將金光明的《最好的景王》從回鶻語、藏語翻譯成蒙古語。在該書第24章中，作者總結了《聖心八醫書記》中何儀、希拉和巴達根提出的平病和聚集病理論。然後古印度醫學的壹些基礎理論首先在蒙古傳播。16世紀，隨著西藏喇嘛黃教傳入蒙古，明朝中後期，藏醫來到蒙古。1576年，藏醫經典著作《四醫典》傳到蒙古。印度佛教巨著《丹珠爾經》於17年底翻譯成蒙古語，其中包括古印度醫學巨著《生命吠陀》(八心)。它在蒙醫學的發展中發揮了重要作用。蒙醫吸收了何儀、希拉、巴達根的理論和藏醫、古印度醫學中以陰陽五行學說為基礎的中醫知識，並結合蒙古地域特點和民間療法進行了創造性的改革和發展。18世紀，已經形成了以寒熱學說為主導的理論體系。湧現出許多蒙醫學家，編著書籍註釋、補充四部醫典等醫學著作，為蒙醫學的發展做出了巨大貢獻。
蒙醫包括基礎理論、蒙藥及蒙藥方劑、臨床學科等。蒙醫基礎理論主要研究人體生理、病理和疾病的診療原則和方法，是對臨床科室具有指導意義的學科。蒙醫理論來源於臨床實踐，又反過來指導臨床實踐，並在實踐中不斷豐富和發展。它不僅是醫學經驗的積累，更是從實踐中升華出來的壹套學術理論。在漫長的歷史發展過程中，受古代樸素唯物主義和辯證思想——陰陽五行學說的影響，吸收了印度醫學、藏醫學和中醫的壹些基礎理論，並得到了不斷的豐富和完善。蒙藥是對蒙藥的綜合研究，主要研究每種蒙藥的來源、形狀、產地、品種、真偽鑒別、味道、功效、采集、炮制、加工、貯藏等。蒙醫還總結出壹套用藥規律，應用於臨床，達到防病、治病、健身的目的。方劑學是以蒙醫基礎理論為指導，研究預防和治療疾病的藥物的配制和應用的學科。內容包括蒙藥的配置原則、組方規則、組方劑型、制備工藝、組方功能、適應癥、用法用量等。蒙醫臨床科室有內科、外科、溫病科、婦科、兒科、傳統療法、骨科、五官科、皮膚科等。它是在蒙醫學基礎理論指導下，對疾病進行辯證分析、診斷和治療的獨特學科。
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