(1)母種的分離和培養
食用菌母種的分離可分為孢子分離、組織分離和基質菌絲體分離。
1.孢子分離
孢子分離是利用食用菌有性孢子或無性孢子萌發成菌絲，培養成菌種的方法。該菌株生活力較強，但孢子個體間存在差異，自然分化現象嚴重，變異較大，需進行出菇試驗後才能應用於生產。
(1)單孢子分離法:這是壹種壹次或在每個試管中僅取壹個擔孢子，並讓其萌發成菌絲體以獲得純菌株的方法。單孢子分離的蘑菇和草菇菌絲體具有出菇能力，因此該方法可用於分離生產純菌株。生產中很少采用單孢子分離，技術復雜，壹般采用多孢子分離法。
(2)多孢子分離法:是將許多孢子接種在同壹培養基上，讓它們自由萌發和交配，獲得食用菌純系的方法。具體操作方法如下:
①種菇孢子彈射法:選擇個體健壯、花圓形、無病蟲害、出菇均勻、高產穩產、適應性強的89%成熟種菇，切去大部分，用無菌水沖洗菌柄數次，再用消毒紗布或脫脂棉、濾紙吸幹表面水分。在接種箱或無菌室中，用鐵絲將蘑菇菌褶倒掛在玻璃漏鬥下，將漏鬥倒扣蓋在培養皿上；上端的小孔用棉花塞住。培養皿放在鋪有紗布的搪瓷盤上靜置12 ~ 20小時，細菌褶皺上的孢子會散落在培養皿中。形成壹層粉狀孢子印(平菇極淡紫色，蘑菇和草菇褐色，蘑菇和金針菇白色)。用接種針蘸取少量孢子，在試管或培養皿上劃出瓊脂進行接種。當孢子萌發並形成菌落時，選擇孢子萌發早、生長好的菌落進行試管培養。
妳也可以用孢子收集器收集孢子。方法是，選好種菇後，按上述程序，輕輕打開玻璃鐘罩，將種菇柄向下插在孢子收集器的鋼絲架上，放在培養皿中央。然後蓋上玻璃蓋，用紗布塞住鐘掌。在紗布上倒壹點氯化汞或無菌水。在20℃左右的培養箱中培養..
②折疊塗抹法:按無菌操作分離時；應選擇成熟的種菇，用接種針直接插在菌褶之間，輕輕擦拭菌褶表面未被子實體彈射出的孢子，然後劃線接種在培養基上。
(3)鉤掛法:取成熟菌蓋的幾折或壹小耳片(木耳、黑木耳、黑木耳)，用無菌不銹鋼絲(或鐵絲、棉線等其他懸掛物)掛在三角瓶中的培養基上方，使其不接觸培養基或周圍瓶壁。在適宜的溫度下培養，轉移。
④貼附方法:按無菌操作取壹小塊成熟菌褶或耳片，用溶解的瓊脂培養基或阿拉伯膠和漿糊貼附於管道斜面培養基正上方的試管壁上。培養6 ~ 12小時後，當孢子落在斜面上時，立即將孢子和部分瓊脂培養基移植到新試管中培養。
通過孢子分離獲得的母種必須進壹步純化和再生。當母種種植壹周左右，菌絲布滿斜面時，應選擇菌絲健壯、生長旺盛、無老化、無雜菌感染的母種試管，然後轉管擴繁。壹般來說，在培育種子時，轉移試管的次數不宜超過5次。
孢子分離得到的母種必須通過出菇試驗，並被鑒定為優質菌株，才能用於生產。
普通真菌如蘑菇、平菇、平菇、香菇、香菇和草菇可通過多孢子分離獲得。
銀耳孢子的分離簡述如下:
無菌操作獲得木耳後，在掛木耳的三角瓶中培養12小時後，瓶底培養基表面有“孢子印”。將黑木耳取出，在20℃-25℃的培養箱中培養2 ~ 3天時，培養基表面會出現乳白色透明的糊狀菌落，這是少量由銀耳的酵母分生孢子形成的銀耳菌絲體。此時轉移到試管的斜面培養基上，斜面充滿後再轉移到營養豐富的幹燥培養基上。大約30天後，菌落長出白色菌絲。
只有當銀耳的酵母分生孢子和菌絲與羽毛狀菌絲的子囊菌(香灰菌絲)混合時，後者才能幫助分解木材等纖維狀物質並提供營養，才能有利於銀耳孢子的萌發、菌絲的定殖和子實體的形成。
當兩種菌絲相遇時，首先選擇兩種純菌絲。
羽毛狀菌絲的純化和繁殖，壹般需要選擇生長迅速、爬壁能力強的試管斜面或種子瓶，取頂端菌絲，轉移到試管中，在25℃-28℃下培養，反復幾次試管轉移，獲得優良的純菌株。
銀耳菌絲體的特點是菌絲生長緩慢，擔孢子不易萌發。兩種菌種混合時，首先取培養8 ~ 10天的銀耳菌絲體斜面，按無菌操作方法，在距銀耳菌絲體約0.5厘米的斜面上接種壹小片羽毛狀菌絲體。在25℃培養65438±0周，獲得銀耳混合母種。
2.組織分離培養方法
組織分離是壹種利用子實體內部組織進行無性繁殖獲得母種的簡單方法。這種方法操作簡單，菌絲生長發育快，品種特性容易保存。特別是雜交育種後，通過組織分離可以穩定優良品系的遺傳特性。經常使用以下分離方法。
(1)子實體分離:栽培蘑菇應選擇蓋大、柄短、成熟度89%的優良品種。切去蘑菇的兩個基部，在無菌箱中用0.1%升汞水浸泡幾分鐘，然後用無菌水沖洗幹凈並擦幹，或用75%酒精棉球擦拭帽柄兩次進行表面消毒。接種時，只需撕下種菇，在芽蓋與柄連接處或菇褶處挑壹小塊組織；移植到PDA培養基上。在25℃左右培養3-5天，組織上可見白色蓬松菌絲，擴管即可獲得菌株。如蘑菇、平菇等。，可以用在這個方法中。
(2)菌核分離:茯苓、豬苓、萬磊的子實體不易收集。常見的是它儲存營養菌核。細菌也可以通過菌核分離獲得。方法是將菌核表面清洗幹凈，用酒精或氯化汞消毒，切開菌核，取壹小片中間組織，約黃豆大小，接種於PDA培養基斜面上，保溫培養。需要註意的是，菌核是貯藏器官，大部分是多糖，只含有少量菌絲，所以選擇的組織塊較大，如果組織塊太小，很難分離菌株。
(3)細菌素的分離:有些子實體不易發現，無菌核，可用細菌素分離。如蜜環菌和假蜜環菌。操作方法如下:首先用酒精或氯化汞輕輕擦拭細菌素表面的黑色皮層2-3次，然後去除黑色外皮層(菌鞘)，提取白色菌漿；用無菌剪刀短時間剪去細菌髓，接種在培養基上，保溫培養，得到菌株。
細菌素的分離要註意:由於細菌素比較小，分離元素也比較小，分離時容易汙染雜菌，需要嚴格操作。
3.基質菌絲體分離培養法。
利用食用菌的基質作為分離材料獲得純菌株的方法稱為基質菌絲體分離法。
這種分離方法適用於只在特定季節出現的子實體，不易在轉瞬即逝中采集。基內分離法與組織分離法的區別在於，幹蘑菇木或木耳中的菌絲往往處於休眠狀態。有時接種後不會立即恢復生長。所以要長時間保存(1個月左右)才能確定菌絲體是否能存活。基質菌絲體分離法又可分為:木材中的菌絲體分離法(即蘑菇木或木耳木分離法)和土壤中的菌絲體分離法。
(1)從木材中分離菌絲的方法:即分離蘑菇木或木耳木的方法。為了減少雜菌的感染，菇木在分離前必須滅菌。可以用酒精燈火焰輕燒菇(耳)水表面，使黴菌孢子燃燒，或用0.1%氯化汞水浸泡孢子幾分鐘，再用無菌水沖洗，用無菌濾紙吸幹。切接種塊時要註意。接種塊必須在菌株的菌絲分布範圍內切割。所以菌絲生長慢的品種要掉以輕心；可以深度獲得生長快的物種。同時。菌絲體的分布範圍也要根據菇的種類、木材紋理、菇(穗)木的厚度、發育時間的長短來確定。然後用鋒利的刀割開。接種塊應盡可能小，以減少雜菌感染的機會，提取菌種純度。當接種塊移至培養基中時，應置於適宜菌絲生長的22℃ ~ 26℃的溫室或培養箱中，以恢復菌絲生長。
(2)土壤中菌絲分離:食用菌種類多，多為本土食用菌；孢子不容易發芽。組織分離不易成功，土壤中菌絲分離獲得純種的方法稱為土壤中菌絲分離。
要註意分離土壤中的菌絲，因為在土壤中菌絲周圍生活著各種土壤微生物，所以必須盡可能避免這些微生物的幹擾，盡可能接種尖端幹凈、無雜質的菌絲，用無菌水反復沖洗，在培養基中加入壹些抑制細菌生長的藥物，如鏈黴素或金黴素。如果發現被感染的細菌，可以挑出菌落邊緣的菌絲，接種到木屑培養基中。因為細菌沒有分解木質素的能力，所以在木屑培養基中不容易擴大；僅限於接種地點。菌絲長出感染區後，可以擴大純化。
(3)子實體基部分離:從瓶栽、袋栽或大床栽培的子實體基部分離新菌絲的方法稱為子實體基部分離。現在，以袋栽銀耳為例:
來自出穗早、出穗率高、無病蟲害的培育室；選取生活力最強的5袋幼穗，移至氣候溫和、散射光的田間進行後培養，以增強菌絲體的生活力。培養7 ~ 10天後，當子實體直徑達到4 ~ 5 cm時，即可作為分離母種收回。然後挑選最好的壹個，用鋒利的刀切下銀耳子實體，放入0℃冰箱或裝有敵敵畏的容器中過夜，殺死瓶內害蟲。然後用75%酒精或氯化汞擦洗耳基和耳袋外的雜質，連同接種工具和接種培養基壹起移入無菌室。滅菌後，用接種刀挖出袋口以上約65438±0.5mm厚的老菌根，進行培養。當袋口露出白色菌絲時，用接種針挑出壹片半米粒的白色菌節，迅速移入母種試管培養基中央，輕輕取下接種針，用棉花塞緊。為了得到更多的母種，壹次要有100-200個試管可供選擇。分離後要移入22℃-24℃的恒溫箱或溫室中培養。因為培養基中水分多，菌絲恢復比木耳分離快。2-3天後，分離物邊緣可見白色菌絲。每天至少觀察兩次，進行凈化。觀察和純化方法同耳木分離法。經過10-15天的適宜溫度培養，當接種塊的結團中出現紅黃色水滴時，原種即可膨大。
(2)原種和栽培種的接種和培養
母種獲得後，為了滿足菌種生產的需要。應選擇優良、高純度的母種，進壹步擴大為原種。
原種培養基壹般采用棉籽殼、鋸末、草等培養基。
瓶裝或袋裝原種培養基滅菌後可送至滅菌接種箱，待瓶內培養基冷卻至30℃以下，按無菌操作程序進行接種。
菌種瓶(袋)放入培養室後，應經常檢查，壹旦發現有雜菌汙染，應立即取出。原種的菌絲壹定要粗壯，緊貼瓶壁不萎縮，顏色純正，有壹定香味，生命力強，擴大成栽培種吃起來快。
栽培種是將原種進壹步擴大培養成三級種，與原種的接種培養是壹樣的。壹般香菇、平菇、香菇、猴頭菇、黑木耳、銀耳等栽培種多以鋸材、棉皮為培養基。蘑菇經常使用糞草作為培養材料。
栽培品種要求塊不應脫水和幹燥。菌絲健壯、色澤純正、芳香、不老化、無雜菌汙染。有些物種允許有少量的原基。接種栽培料後，菌絲生長快，長勢好，生命力強。
原種與栽培種嫁接時，要把原種瓶口的壹層菌絲體挖走。
(3)液體菌種的簡單培養
目前深層發酵生產菌種具有產量大、周期短、菌種整齊、成本低、接種方便等特點，是食用菌工業化生產的目標。液體菌種的培養過程簡述如下，以供參考。
簡而言之，將純種優良菌株接種到液體培養基(不含凝固劑的固體培養基)中，使菌絲繁殖形成大量的小菌球，然後將這種培養基與鋸末或棉籽皮混合制成菌塊，培養形成子實體。也可用於制作原種和栽培種。
培養液體菌種，可將培養液裝入三角瓶中，約占空瓶重量的五分之壹。用搖床(也叫搖床)培養。搖瓶機有旋轉式和往復式兩種，壹般采用往復式。液體培養基可以由馬鈴薯汁(加糖)和麥芽汁制成，也可以由玉米粉、豆餅粉、糖和無機鹽制成。可與培養基混合，適用於各種食用菌和藥用菌的培養，效果好。成分:豆餅粉2%，玉米粉1%，葡萄糖3%，酵母粉0.5%，磷酸二氫鉀0.1%，碳酸鈣0.2%，自然pH，12℃殺菌半小時。然後接種培養。
如果生產能力大，在三角瓶的基礎上，逐級擴大種子罐，在發酵罐中進行液體深層曝氣發酵，生產大量菌種。但由於生產中需要的設備種類多、技術強，也要創造條件；實現食用菌栽培的現代化。
(4)菌種質量的鑒定
鑒定菌種質量的最佳方法是做蘑菇試驗。但是需要很長時間。在購買菌種時，或者在菌種生產中，如何才能知道菌絲生長情況，快速判斷菌種質量？我們介紹幾種方法:
1.目測:優良菌株的菌絲厚白，絨狀，厚密，生長整齊，速度快，有香味。
2.優良菌株的標準可以概括為“純、香、正、壯、潤”。檢查時，打開軟木塞，從菌種瓶中間取出壹小塊菌絲體，觀察顏色和氣味，用手捏料塊，檢查其含水量，看是否符合上述要求和標準。
3.顯微鏡檢查:選取少量菌絲，放在顯微鏡下觀察其形態、菌絲分支、分離、鎖結和細胞膜厚度。培養觀察:從菌種瓶中挑取壹小片菌絲體，接種於斜面試管培養基上，於23℃ ~ 25℃恒溫培養。五周後，檢查菌株的生存能力。如果菌絲長得快，旺盛而純，結實而密，長而整齊，說明該菌株生命力強。
4.分塊法:在桌子上放壹張白紙，從瓶中取出壹大塊同年齡的細菌，用手分成2塊，再把2塊分成4塊，4塊依次分成8塊。壹塊的優良菌株多，碎渣少。劣質菌少，碎渣多。
5.液體菌種的鑒定:在三角瓶或發酵罐中培養3-7天，如果液面出現氣泡，出現“油皮”、渾濁等現象，說明菌種被汙染。如果菌塊漂浮或慢慢長出壹層薄薄的菌絲層，說明該菌株的生存能力較弱。白塊周圍的菌絲生長速度快，粗而白，似棉絮，說明該菌株生命力強。
(5)菌種生產過程中雜菌的預防和控制
生產菌種時，要時刻註意雜菌的汙染，防止其帶頭。壹旦發生，就不容易根除。因此，整個種子生產過程必須在無菌條件下進行。接種箱及所有用於分離和接種的工器具應嚴格消毒滅菌。工人要用消毒液洗手，穿消毒的工作服、帽、口罩，動作要快、準，盡量不要說話或走動，防止空氣中雜菌的感染。
分離母種時，選擇出菇早、生命力強的菇，首潮菇是關鍵，因為它生命力強，接種後迅速占據位置，沒有外來菌入侵的機會。
汙染菌種的原因很多，壹般是滅菌不徹底，或者接種時無菌操作不嚴，瓶蓋不合適造成的。所以滅菌壹定要徹底。接種後最好在25℃左右的溫箱中檢查培養基的效果。2天後沒有雜菌，說明徹底，可以用了。接種時必須進行嚴格的無菌操作。
雜菌汙染的另壹個原因可能是母種分離時雜菌被感染。由於種菇表面有細菌，消毒不徹底，混菌通過組織塊帶入培養基。
總之，汙染機會多，要註意環境消毒，按照無菌操作規程徹底消毒，層層把關，密切關註；提取菌株的質量。