完整科學的支出定額體系是衡量預算是否科學合理的標準，也是編制預算順利執行、年度工作任務順利完成的保證。我們之所以至今無法擺脫“基數加增長”的傳統預算編制方式，關鍵原因就在於缺乏這樣壹套支出定額體系。此外，沒有定額標準，資源工作的合理支出規模難以確定，如何保證、保證多少難以客觀衡量，也給預算工作帶來很大困難。
如果預算編制不能真正滿足實際支出的需要，“跑、冒、滴、漏”的現象無法避免，在執行中必然會出現各種問題，出現計劃隨意性大，預算超支、挪用、鋪張浪費，業務任務無法順利完成的情況。如果說前壹階段的預算改革主要是在形式上取得了壹定的成效，那麽支出定額標準則是下壹步深化改革、突破預算編制內涵亟待解決的突出問題。
2、部門預算很難做到自下而上。
財務部門預算控制號下發到各部門後，各部門編制正式預算的時間只有10天左右。在這麽短的時間內，不可能從基層單位逐級編制匯總預算。水利部預算單位有五級，但預算編制不是從五級匯總而來，只能由主管單位根據過去的情況進行估算和編制。壹方面預算的準確性和科學性受到很大限制，另壹方面基層單位沒有預算，預算管理困難，國庫集中支付也無法支付到基層單位。
在預算編制過程中，由於時間和傳統做法的影響，財務部門與業務部門之間、部門上下級之間缺乏溝通，不太了解實際需求。財政部門或主管單位財務部門在批復預算時，沒有客觀依據，安排的項目不安排，不應安排的項目安排，或者完全減少上報項目的預算金額。這些做法對科學合理的預算造成了壹定的損害。比如2002年，水利部編制了幾百個項目預算，註明上百萬字，但最終預算只占很小比例，這勢必影響各部門編制預算的積極性，難以提高預算管理水平。
在這個問題上，西方發達國家的做法是大幅提前預算編制的啟動時間，拉長預算編制周期。以美國為例，從開始準備到完成準備和實施往往需要24個月的時間，其中大量的工作和時間花費在宏觀形勢預測、年度工作計劃制定以及業務管理部門和財務管理部門之間反復充分的磋商上。這樣，預算編制可以得到有關各方的充分研究、分析和醞釀，更能體現實際需求和財政支持的結合。這種做法值得借鑒。
預算編制比較粗糙，很多項目還是沿用以前的切塊捆綁上報方式，沒有按要求細化到具體單位和項目。在具體執行中存在很大的不確定性，不僅難以與國庫集中支付、政府采購等管理制度銜接，也無法發揮預算管理監督的作用，容易滋生以權謀私、貪汙腐敗等違法犯罪行為。1，盡快制定科學合理的預算單位支出定額。
制定預算支出定額是壹項非常復雜的系統工程。首先要有科學合理的業務工作量化指標體系，然後才能計算確定單項業務工作的定額標準。
首先，按照性質將支出分為三部分:基本人員支出、基本業務支出和項目支出。
其次，對業務工作內容進行分類匯總，逐壹制定業務支出定額。
2、大力推進部門預算，從基層單位開始規範編制，逐級匯總上報，真正自下而上全面實施。
編制基層預算是確保水利部預算完整性、真實性和科學性的基礎，是加強基層預算管理、完善國庫集中支付制度和政府采購制度的必要前提。因此，我們必須在現有成就的基礎上繼續努力實施。要以此為契機，改革體制，創新機制，按照定額原則重組各級單位預算和財務管理制度，將預算管理推進到三四級預算單位。這項工作很難，但我們必須堅持下去。
3.加強財政部門之間、上下級單位之間、財政部門與業務部門之間在預算編制過程中的溝通，確保部門預算服務於本部門、本單位的中心工作。
從預算編制來看，預算編制過程中至少應有3至4個月的時間進行廣泛的咨詢。通過這個過程，根據當前各項水利事業的發展任務和國家財力的可能，盡可能爭取國家投入，同時盡可能將有限的財政資金用於最重要、最急需的項目。根據新的機構設置、編制方案和業務性質，配合治水思路的轉變，可以改變傳統的“基數加增長”的資金分配模式，逐步調整財政資金支出結構，提高水利業務工作的資金保障，從而提高資金使用效率。
4.按照預算法的要求，進壹步細化預算。
在預算細化工作中，重點在於水利基本建設支出和專項業務支出預算的細化，此外還要根據財政部門的統壹部署和調整細化後的預算科目和支出定額安排各項事業支出預算。水利部的資金支出非常大，在全國每年的資金投入中也占相當大的比例。財政部決定在水利部開展基本建設投資項目預算編制試點，今後我們將做大量工作。
5.進壹步樹立預算的法律權威。
經批準的部門預算是我國總預算的組成部分，按照預算法規定的程序編制，經國家最高權力機關批準實施，具有較強的法律效力。預算壹經確定，必須嚴格執行，未經規定程序批準，任何人無權修改。過去，我們更多地強調預算，但未能對執行給予足夠的重視，管理松懈。財務人員多，對實際部門的領導和員工宣傳不夠。所以，預算的權威性並沒有建立起來。隨意改變資金用途和規模，未經財務部門同意擅自開支，上級業務管理部門向下級單位下達指令隨意調撥資金等現象時有發生。隨著預算的進壹步細化，這個問題會更加突出，必須引起我們各級領導的重視。同時，要從制度上加強對預算執行的監督，實行國庫集中支付和政府采購，完善內控機制，做好源頭管理。