阿米巴經營模式包括三個系統，即組織、管理會計和企業文化。
壹、關於阿米巴組織系統:
阿米巴組織就是把企業分成小集體，每個小集體都在獨立的核算體系下運作，這樣就可以獨立經營，自負盈虧，對盈利的結果負責。更重要的特點是引入外部市場競爭機制，與外部市場掛鉤，小集體之間存在買賣關系。
另外，對每個小集體的考核是單位時間核算，主要包括以下幾項:收入、費用、人員數量、工作時間。其中的關系是:每個小集體的收入減去自己的成本和費用，得到這個小集體產生的壹個附加值(毛利)，這個附加值除以工作時間除以人數的結果就是單位時間核算價值，實際上就是每個員工幫助企業盈利的效率。這樣，企業中每壹個員工的工作目標和企業老板的目標是高度壹致和壹致的；而在我們傳統的企業管理中，真正考慮企業盈利能力的只有企業老板，銷售人員考核的是銷量、生產人員的質量和數量、交貨期，這嚴重背離了企業的真正目的。這也像壹輛汽車。司機想往前開，但是每個車輪轉向不同的方向。因此，車速不能太快。
所以組織的變革，在讓每壹個員工考慮企業獲取利潤的效率的同時，也激活了員工的成本意識和管理意識，讓員工從讓我做變成了去做；從而培養出和老板壹樣思維的人才，就像壹個團隊、壹道工序、壹個部門可以成為壹個獨立的管理和核算機構，讓企業對每壹個小環節的成本、費用、效率都了如指掌，對業務流程中的每壹個環節和細節都了如指掌。
二、關於企業管理會計:
企業中傳統的財務會計是國家法律規定的，以保證政府稅收為第壹原則，而不是企業的經營狀況，所以財務會計是對外核算，它提供的數據是對過去經營狀況的總結和呈現，而不是對現在的反映和指導。阿米巴管理會計是壹種內部會計，是企業設計內部生產流程、工作流程和業務流程的依據，也為企業當期經營數據提供科學的分析和判斷。
舉個例子，如果妳今天生產壹批產品，在發貨和收款前在倉庫裏放了20多天，這兩種情況下妳都必須選擇第二種方法，因為第二種方法在資金的使用上遠比第壹種經濟，但是妳也知道，在財務會計處理上，它們的生產成本是壹樣的。還有，假設壹個小店月初買入110000，但是只賣出了100000，產生了10000的費用，那麽這個小店就是虧損的？是過剩嗎？是平的嗎？當企業只是壹個個體戶的時候，我們的企業主可以依靠自己的眼睛和直覺去管理，但是隨著企業的不斷擴大，越來越多的問題會被掩蓋和淹沒。
再比如，企業生產管理現場70%的時間都被浪費了，也就是沒有產生附加值(員工聊天、上廁所、準備材料、等待、搬運等。)，而真正幫助企業產生附加值的時間只有30%。阿米巴組織的考核和核算是每個小團體的單位時間核算值。如果有管理會計的理念，大家都會自願減少無效時間。再加上咨詢公司重新做的流程設計，企業的有效生產時間將輕松提高60%。在這種情況下，我們會發現，我們企業的效益在沒有任何人力、設備等固定資產投入的情況下會翻倍。原來的月產量是1，000臺，現在可以生產2000臺，沒有任何變化。這不正是企業主想要的嗎？
在歐美、日本等國家的中小企業中，中層以上的管理人員必須經過商業會計的培訓才能上崗。等妳懂了商業會計，妳就會發現為什麽我們的管理和外企有三四十年的差距。
第三，關於管理理念，即企業文化:
阿米巴經營哲學體系需要企業改變壹個傳統觀念，即員工是企業的成本還是資本。我們的制度設計需要把員工當成企業的資本甚至從根本上來說。現實中，剩余價值需要人來創造。企業只有真正把員工當人看，才能提供公平、公開、透明的晉升和獎勵平臺，阿米巴模式下員工的自發能動性才能得到充分發揮！員工可以從他們要做的變成我要做的！