1.預算執行缺乏約束力和嚴肅性。
事業單位在預算執行中存在以下問題:
(1)在資金使用上，部分預算單位支出控制不嚴，超支浪費現象嚴重。他們超標準買車，公款旅遊，公款吃喝，公款高檔消費，導致會議費、招待費、車輛燃油維修費居高不下，嚴重影響了政府部門的公眾形象。
(2)部分預算單位在項目支出資金管理和使用中，基本支出和項目支出界定不清，項目支出用於彌補基本支出資金不足，用於維持日常公共支出，但未專款專用。
(3)部分預算單位在專項資金使用過程中，未能樹立重視經濟效益的財務管理理念，重撥款輕管理、重預算審計輕實效，對項目資金實際使用績效缺乏有效監督和考核。
2.內部控制制度缺乏有效的監督和約束機制。
(1)未建立健全電子信息系統控制、會計崗位責任制、會計處理程序制度、內部牽制制度、財產檢查制度、財務收支審批制度等保證部門和單位內部會計工作有序進行的內部會計制度。
(2)未建立健全內部審計監督制度，督促會計人員依法履行職責，保證會計真實反映經濟活動內容。會計崗位設置和人員配備不夠合理，業務過於復雜，工作人員兼職過多，職責不明確。會計事前、事中、事後的審計監督流於形式。還有相當壹部分單位沒有設立內部審計機構，已經設立內部審計機構的單位不能發揮應有的作用；該單位的內部控制系統需要改進。有的單位對內部控制制度的建立重視不夠，有的單位建立了內部控制制度，有的控制制度不完整或相關內容缺乏合理性。但仍有更多的規則可循，既定的制度“印在紙上，掛在墻上”，以應付相關部門的檢查和審計，執行力大打折扣。在遇到具體問題時過分強調靈活性，使得內控制度形同虛設，失去反應。
有的刻板嚴肅。
3.財務管理制度不健全。
(1)專項資金管理。控制不嚴，供貨範圍太廣。因為財政部門或上級單位正在挪用專項資金
在資助之前，項目缺乏必要的論證，使得資金與應該做的項目脫節。導致各級財政預決算中幾乎所有支出科目都列有專項資金，使用範圍極其模糊不確定，缺乏“度”的限制，資金分配隨意性嚴重。
2.往來賬戶管理。據調查，現在事業單位往來賬戶賬面余額占流動資產的50%以上，有相當壹部分屬於呆壞賬、壞賬。主要表現在以下幾個方面:采購財產、材料、商品的預付款項未及時清算或強行扣收貸款擔保形成壞賬；當壹家公司購買壹輛汽車、設備或其他商品時，它向商家轉移了更多的錢，但購物金額較少。由於結算不及時，產生債務糾紛，無法收回，產生壞賬。
(3)年終清算和財務結算。年終對所有會計賬目進行清理和結算，是編制年度決算的重要環節，也是保證單位決算準確、真實、完整的壹項基礎工作。突出表現為:單位財務不及時清理結算，經常因跨年度責任導致往來賬目不清，產生壞賬。
4、固定資產的管理要輕使用管理。
(1)按照規定，應納入政府采購、由財政直接支付的各類固定資產，應由各預算單位購買，以規避政府采購。
(2)固定資產管理意識淡薄，重使用輕管理。因為各預算單位的固定資產主要由國家財政投入，單位占用固定資產沒有成本。壹方面，不斷向財政申請資金建設或購置資產，盲目追求高標準、高質量，提前更新壹些尚可使用的資產，造成國有資產使用效率低下；另壹方面，對購入的固定資產管理不到位，長期不進行盤點，固定資產處置不規範，部分固定資產去向不明。
不明，導致家庭背景不清，賬實不符，造成國有資產閑置和流失。
5.固定資產核算不合理。
我國事業單位不要求固定資產折舊，固定資產更新補充按比例從收入中提取修購基金，必然導致以下四個缺陷。
(1)容易導致資產信息失真。公司的固定資產和固定資金壹直以原值反映在資產負債表中，固定資產和固定資金的價值在固定資產從購買到報廢的整個期間沒有發生變化。但在實際使用過程中，隨著時間的推移，固定資產會合理損耗，從而虛增資產總額和凈資產，造成資產信息失真，不利於報告使用者正確理解資產和凈資產的使用情況。
(2)影響固定資產的及時更新。根據規定，固定資產更新改造由修購基金支付，修購基金按業務收入和營業收入的壹定比例提取。這樣會導致長期收益多，短期收益少，使得修購基金的提取金額極不穩定，不利於固定資產的及時更新改造。
(3)不利於加強固定資產的日常管理。因為不包括折舊，隨著時間的推移，固定資產的原值和凈值的差額越來越大，價值出現偏離。固定資產報廢、毀損、滅失時，按原值核銷固定資產和固定資金，不能真實反映實際損失，難以劃清責任。
(4)收支匹配原則不能正確體現。事業單位在從事日常業務活動和經營活動時，不可避免地會發生固定資產的損失。企業通過折舊的方法計入成本，收支匹配。由於事業單位固定資產不計提折舊，固定資產損失無法在成本核算中體現，人為降低了獲得相應收益的成本，虛增了盈余。特別是改革後，單位營業收入比重提高，成本核算越來越重要。折舊是成本的重要組成部分。如果不能體現出來，會直接影響到單位的切身利益，使資產在不知不覺中流失。