改革開放以來，我國逐步制定並實施了壹批關於技術創新的法律法規，但還很不完善。壹是缺乏壹部關於國家創新體系和企業自主創新的基本法，現行的《科技進步法》已不能滿足國家慌亂的體制和自主創新活動的法律需求；其次，壹些相關法律法規未能充分體現鼓勵技術創新的原則，或不能滿足自主創新的需要。比如不同的企業使用不同的法律，缺乏統壹的公司法。又如，《政府采購法》沒有體現政府采購對自主創新的促進作用。第三，在壹些重要的方面還存在壹些法律錯誤，比如反壟斷法和商業秘密法。
2.促進企業自主創新的政策體系不完善。
雖然改革開放以來，我國中央政府和地方政府相繼出臺了大量與技術創新相關的政策措施(據不完全統計，僅中央政府出臺的與技術創新相關的政策就有2500多項)，但這些政策是由不同部門、不同時期、不同問題、不同程度演變制定的，使得國家促進自主創新的政策具有重復性、空白性和矛盾性。政策信號不壹致，政策設計不科學，呼聲多，可操作性差，政策成本預算和控制不好等。，導致我國技術創新政策缺乏系統性，尚未形成完整的政策體系。
3.國家科技經費投入結構不合理。
20世紀90年代以來，國家財政科技經費總量快速增長，自然科學基金、863計劃、重點實驗室建設計劃、工程中心建設計劃、大科學工程建設計劃、973計劃、211工程、知識創新工程、985工程等重大科技計劃和項目相繼實施。中科院和重點高等院校的國家科技投入已達數百億。而政府對企業自主創新的資金支持很少。2003年全國2萬多家大中型工業企業只拿到51億元。政府科技撥款只占大中型工業企業科技支出的3%，政府科技撥款中只有7%用於支持企業的科技活動，而美國企業獲得的政府科技支出占同期政府科技總支出的20%以上。總的來說，中國企業的經濟實力和創新能力是不能和美國企業相比的。在當前乃至未來20年，尤其需要政府的大力支持。世貿組織規則規定的政府補貼比例不超過50%。無論是與WTO規則相比，還是與美國等發達國家相比，我國政府對企業技術創新的支持力度都應該大大增強。
4.政府科技投入的重點應該調整。
改革開放初期，中國面臨的主要問題是科技和經濟，高校和政府科研院所的成果無法得到有效應用。有些人似乎認為高校和科研院所的保險櫃裏有取之不盡的成果，當時的主要政策導向是促進科技成果的轉化、商業化和產業化。這種政策導向沒有錯，只是階段性的，不能作為長期的政策導向。如果這樣的政策長期堅持，會傷害自主創新出成果的能力。
鼓勵自主創新能力形成高水平成果也存在主觀問題。我國已經從計劃經濟體制下以政府科研院所為主體的國家自主創新體系，轉變為以企業為主體的國家自主創新能力體系。推動企業自主創新能力的提升，已經成為比獲取壹些關鍵技術更重要的戰略任務。在中國實施的壹些涉及工業技術發展的國家計劃中，主要參與者是大學和研究所。雖然鼓勵企業參與，但往往只是陪襯。即使部分計劃項目獲得了預期的關鍵技術，也沒有能力通過國家計劃項目的實施，使作為創新主體的企業獲得自主創新能力。
在政府的科技投入中，中下遊有很多計劃，如科研計劃、火炬計劃、星火計劃、高新技術產業化示範工程、國家工程中心、科技轉移計劃等。在高層次的科技活動上，布局主要是自然科學基金、重點實驗室、大科學工程、973計劃、985工程、知識創新工程等。，但這些計劃基本上都是在科研方面，尤其是在基礎研究層面，在產業自主方面。在政府對企業技術創新的支持中，政策重點主要在技術創新的中下遊，如企業新產品的開發，而政府對產業核心技術自主創新活動的投入嚴重不足，政策工具較少。這些政策結合起來形成了鼓勵基礎研究和產業化的強有力的政策導向，但削弱了兩者之間的產業自主創新的政策導向。這是我國現行創新政策體系的政策取向存在的嚴重問題。
當前的市場環境不利於企業自主創新。
當前，影響企業自主創新動力的最大問題是缺乏公平的市場競爭環境。改革開放以來，為了促進經濟發展，引進外資，促進民營企業和高新技術產業的發展，我國逐步形成了現行的公司法律制度和稅收制度。不同的法律制度和稅收制度適用於不同所有制和不同地理位置的企業。雖然它們在壹定階段對經濟起到了促進作用，但目前它們的負面效應越來越大。兩稅整合、增值稅轉型、稅收優惠起點統壹、部分行業和技術領域缺乏競爭等，成為影響企業自主創新內在動力的最大問題，亟待解決。否則，無論政府財政給企業多少錢，都不會真正解決企業自主創新的動力問題。