（壹）審計線索的改變
由於會計實行電算化，使審計線索發生很大變化，傳統的手工會計系統中的審計線索在電算化系統中將會中斷甚至消失。在手工系統中，由原始憑證到記賬憑證，由過賬到財務報表的編制，每壹步都有文字記錄，都有經手人簽字，審計線索十分清楚。審計人員進行審計，完全可以根據需要進行順查、逆查或抽查。為了能有效地審計電算化的會計個體，在電算化會計系統的設計和開發時必須註意審計需求，要留下新的審計線索。例如，要留下每筆經濟業務的詳細記錄，而不能只留下更新後的當前余額。有些系統中的暫存文件，經過壹定的時間就要被刪掉。如果審計需要查這些文件，則應拷貝，以便查詢。
（二）會計系統內部控制的改變
國際上近代的審計都是以系統為基礎的，即審計師要對會計系統的內部控制進行審查和評價，以作為制定審計方案和決定抽查範圍的依據。由於會計系統實現了電算化，手工會計系統原有的內容控制已不能適應電子數據處理的新特點，不能有效地降低電算化會計系統特有的風險。美國註冊會計師協會發表的第3號審計準則概論指出：“如果客戶在其會計系統中使用了電子數據處理，無論應用是簡單的帶是復雜的，審計員都要充分地了解整個系統，使得能識別和評價系統的基本會計控制的特點。在包括較復雜的電子數據處理應用的情況下，審計員在執行必要的審計方案中將要就應用專業化的電子數據處理的專門知識”。在會計電算化條件下，由於內部控制變化了，審計人員必然研究電算化系統的內部控制，掌握其審查方法。對程序控制，審計員要利用計算機輔助審計技術進行審計。對於電算化會計信息系統內部控制的弱點，審計人員要能評估其影響，並向被審單位提出改進的建議。
（三）審計內容的改變
在會計電算化條件下，審計的監督職能雖然沒有改變，但審計內容卻發生了變化。在電算化會計信息系統中，會計事項由計算機按程序自動進行處理，如果系統的應用程序出錯或被非法篡改，則計算機只會按給定的程序以同樣錯誤的方法處理所有的有關會計事項，系統就可能被人不知鬼不覺地嵌入非法的舞弊程序，不法分子可以利用這些舞弊程序大量侵吞企業的財物。系統的處理是否合規、合法、安全可靠，都與計算機系統的處理和控制功能有直接關系。電算化會計信息系統的特點及其固有的風險，決定了審計的內容要增加對計算機系統處理和控制功能的審查。在會計電算化條件下，審計人員要花費較多的時間和精力來了解和審查計算機系統的功能，以證實其處理的合法性、正確性和完整性，保證系統的安全可靠。
當壹個系統已經完成並投用後，再對它進行改進，比在系統設計、開發階段進行困難得多，費用昂貴得多。因此，除要對投用後的電算化會計信息系統進行事後審計處，還應提倡在系統的設計、開發階段，應有審計人員參與進行事前和事中的審計。
（四）對審計人員的要求更高
在會計電算化條件下，由於審計線索內容控制、內容和審計技術的改變，決定了對審計人員的要求高了。不懂得計算機的審計人員，因審計線索的改變而無法進行審計；不懂得電算化會計系統的特點和風險而不能識別和審其內部控制；不懂得使有計算機而無法對計算機進行審查或利用計算機進行審計。因此，要求審計人員不僅要有會計、審計理論和實務知識，而且要掌握計算機和電算化會計方面的知識和技能。