(壹)有利於提高資金的使用效率
通過核算中心定期出具各種報表，對單位各種資金的運行情況壹目了然，使決策機構在分配有限的財政資金時更加合理、準確。也可以制定壹個統壹的標準來控制各單位的支出。此外，還可以實現管理層對下屬單位的全過程控制。實行集中核算後，可以直接指揮核算中心，提前控制，防患於未然。
(二)有利於發揮內外監督的作用。
監督分為內部監督和外部監督。在內部監督中，是由會計機構的人員進行的。在日常審計程序中，及時制止違規支出，從源頭上預防腐敗。在外部監管方面，比如主管部門、監察機關、稅務部門要上門開展檢查監督工作，進入核算中心就可以及時準確地獲取很多單位的會計數據，大大提高了工作效率。
(三)督促政府采購工作。
在政府采購方面，嚴格按照政府采購管理規定進行報銷，嚴格控制零星采購。對符合政府采購條件但不進行政府采購的，要堅決制止，拒絕其報銷，對符合零星采購壹年限額的，要及時提醒。
(四)有利於強化預算約束的作用
嚴格按照預算控制支出。對於超出預算的支出，要做出報告說明情況，否則不予支出。嚴格控制預算剛性指標，細化預算相關科目體系，切實加以完善。預算內外資金統壹管理，經批準的預算由財務部門嚴格執行，從編制到最終監督的整個執行過程全方位進行。
(五)有利於規章制度的建立。
集中核算後，可以收集整理以前各單位執行的規章制度，並擬定和修改壹些不適合實際工作的制度，與* * * *采用財務支出標準，廣泛征求意見後，匯編成統壹的冊。這樣做審計工作就有章可循了。同時也杜絕了壹些單位亂發補貼的現象。
(六)保證會計信息的真實性。
集中核算後，核算中心相對獨立，單位領導對會計沒有影響，讓會計按規矩辦事，保證了數據的真實性。
二、實行會計集中核算的弊端
(壹)缺乏法律依據
2000年，財政部發布《關於試行會計委派制的意見》，大力推行會計集中核算制度，這與我國《會計法》的壹些規定相沖突。
壹是集中核算後，各單位的會計出納由上級職能部門指定，由會計核算中心行使單位的會計職能，因此單位法人不再對會計工作負全責。
二是核算中心由於權限有限，只能對憑證的合法性、合規性進行判斷。至於業務是否真實，無法區分，支出的最終決定權在單位法人手中，核算中心不能承擔全部責任。這樣，壹旦出現問題或重大失誤，很難明確界定是誰的責任，加大了問責工作的難度。基於這種情況，有些法人在簽字時會故意寫上“擬同意”，以此行為逃避責任。
(二)人員素質參差不齊
壹方面，核算中心內部如何設置機構，安排人員。在當前機構普遍收縮、人員減少的背景下，重新申請設立正式機構非常困難，而設立臨時機構又很難招到優秀人才，只能臨時聘用人員。招聘人員之後，組織內的崗位設置問題又來了。壹個會計負責2-3個單位。要讓他們在審計中達到同樣的緊密度，需要花費大量的時間來制定內控標準，讓他們按規則辦事。另外，很難平均分配每個會計的工作量。總之在整個機構的設置上，沒有太多現成的經驗可供參考。
另壹方面，如何與核算單位溝通協調。核算中心的工作人員是各直屬單位的會計出納，但不是他們的工作人員，與人事和經濟利益沒有直接關系。如何讓會計核算中心的工作人員做好會計監督和服務工作，確實是壹個難題。而且聘用臨時人員在關鍵崗位工作，也不符合壹些人事規定。
(3)對各直屬單位的部分工作造成負面影響。
事業單位存在領導忽視財務管理、內控制度缺失、放任下屬隨意支出等問題。業務部門缺少會計人員，涉及到財務專業知識，只好求助他人。單位領導需要了解本單位的收支情況，但有時很難及時得到財務數據，因為會計和會計都不在本單位，會計中心人員要壹對多，有時很難做到及時。會計集中核算不利於原單位會計隊伍的建設。集中核算後，各單位不再設財務部門，也沒有會計專業崗位，只有報賬核算。有的單位領導認為財務工作已經納入核算中心，和自己關系不大。他們不重視、不關心財務工作，隨意更改報銷會計。有些報銷會計沒有財務知識，也沒有從事過會計工作。
(四)經濟業務的真實性難以判斷。
因為核算中心的工作人員對各單位的業務不是很熟悉，只要各單位提供的票據合法，程序規範，就必須報銷。壹旦有單位想通過合法票據虛構業務套現，設立小金庫表外賬戶，核算中心就存疑，沒有權限進行審核。
(E)財務管理風險增加
集中核算會把很多單位的資金集中到核算中心進行運作。壹旦哪個員工或者哪個環節出了問題，那將是難以承受的損失，而且核算中心和各單位權責不清，可能很難追究責任。
(6)會計與實物資產管理脫節。
核算中心只管理憑證賬戶，不了解實物資產是否正常使用、報廢或丟失，可能導致賬實不符，甚至造成國有資產流失。