近20年來國際制度研究的繁榮，主要體現在多元的研究方法上。在制度研究的重要文獻《國際機制》壹書中，克拉斯勒概括出三種不同的國際機制研究模式：結構主義的或現實主義的；被修正的(modified)結構主義或被修正的現實主義；格勞秀斯傳統的。[12]1987年，哈格德（Stephen Haggard）和西蒙斯（B. Simmons）在壹篇總結國際機制研究的經典性文獻中，指出機制分析的四個方法，即結構主義的機制觀；戰略和博弈論的機制觀；功能的機制觀和認知的（cognitive）機制觀。[13]而國際制度研究的主流派代表人物基歐漢則將過去近二十年來國際制度研究的方法概括為兩種，即理性選擇的研究法（rational approach）和反思性的研究法（reflective approach）。[14]另外，德國圖賓根大學裏特爾伯格（Volker Rittberger）等人將過去的制度研究方法概括為三種，即以權力為基礎的（power-based）機制理論，以利益為基礎的（interest-based）機制理論和以知識和觀念為基礎的（knowledge-based）機制理論。[15]
這裏，我們不可能也沒有必要對這些五花八門的制度分析途徑做詳細的說明，重要的是，我們如何從認識論和方法論的意義上，澄清既有的制度研究在學理上最重要的分野在什麽地方。前面提到，自20世紀70年代以來，制度研究在理論上發生了巨大的轉向，這種轉向，或者說所以會出現這種理論上的轉向，既有認識論上的因素，也有方法論上的考慮。制度分析在認識論上的變化和方法論上的轉向，是我們將當今的制度研究劃分為新制度主義和舊制度主義的重要原因所在。[16]那麽，何為新制度主義，何為舊制度主義呢？
政治學研究中存在的新制度主義和舊制度主義，最早是由馬奇（James G. March）和奧爾森（Johan P. Olson）在《新制度主義：政治生活中的組織因素》壹文中概括出來的。[17]壹般來說，政治學領域的新制度主義關註的是國內政治中的政治決策，特別是政治制度（political institutions）的運行方式是怎樣影響政治後果這壹主題的。[18]它們把國內各種政治制度假設為因變量，這與早期政治學研究中把國內政治制度假設為獨立變量的制度分析（也即舊制度主義）是不同的，後者是壹種以國內各種政治制度為對象的研究法，如研究各國的憲法、總統制和內閣制、政府的中立法、司法及行政機關等。
而國際政治分析中的新、舊制度主義，研究的***同主題是由規範、規則、原則、國際法甚至國際組織構成的國際制度，對國家行為和國際社會的秩序具有什麽樣的意義。在對這壹主題的關註下，兩者在對國際政治本質的認識和研究取向存在壹些重要的區別，這種區別是我們劃分新舊制度主義的理由所在。
第壹，新制度主義和舊制度主義的最重要區別，在於方法論上的不同。新制度主義對國際制度和國際社會的觀察，是建立在方法論個體主義（methodological individualism）的基礎上的，而舊制度主義對國際制度和國際社會的觀察，主要是從方法論集體主義（methodological collectivism）的途徑出發的。
今天主流的國際制度研究，借助最有力的分析工具是理性選擇(rational choice)理論。理性選擇理論有時也被稱為公***選擇理論(public choice)、政治的經濟理論(economic theory of politics)或者新政治經濟學(new political economy)，簡單地說，它“使用經濟學的分析工具，利用邏輯和演繹，研究理性的行為主體如何將他想要得到的東西的機會最大化，是對非市場決策行為的經濟分析”[19]。以理性選擇（以及博弈論[20]）為基本分析工具的國際政治中的新制度主義，按照布羅洛·弗雷(Bruno S. Frey)在《國際政治經濟學的公***選擇理論》壹文中的概括，大致具有三個特征：首先，個人或個體(individual：在國際社會中表現為國家或其他行為主體)是分析的基本單位。個人被假定是有理性的(rational)，即行為過程是有選擇的，旨在根據個人的效用功能實現最大的純收益。其次，這種理論將個人的行為解釋為關註於他或她所面臨的限制因素的變化，即偏好(preferences)被假定是永遠存在的。個人被認為是能夠對選擇進行比較的，能夠找到替代的可能性，而且能夠進行邊際調整。最後，強調精確性(rigor)，有時則強調正式性(formal)，其結果是使其研究的命題至少在理論上能夠經得起經濟計量和政治計量的檢驗(econometric and politicometric testing)。[21]因此，新制度主義理論的“硬核”是對個體行為和態度的假定，它把經濟生活和政治生活中的個體（個人、公司、以及國際社會中的國家），看作是追求最大化利益的功利主義的實體，是趨利避害的“經濟人”；而這個理論“硬核”的保護帶則由壹些輔助性的假設組成，例如個體行為的機會主義傾向、資源的稀缺性、環境的不確定性、信息的不完備和不對稱性等。[22]
而國際政治中的舊制度主義，主要是遵從“社會學的途徑”，或者以方法論集體主義為出發點，認識國際制度和國際社會的。舊制度主義的方法論集體主義的含義是，它預先假設壹種“國際社會”的存在，這種國際社會是由國際制度構成和組織的，假設個體（國家或其他行為主體）行為是被動的，是在國際制度系統下決定的，強調的是整個社會體系的決定意義，並假定個體行為只能，也只有通過它在社會體系、規範和制度中的地位（position）才能夠得到解釋。[23]
所以，舊制度主義的理論建構，按照布賴恩·巴裏（Brian Barry）關於當代社會科學中理論建構的兩條途徑，是依據“社會學模式”建構起來的理論；而根據“經濟學模式”建構起來的理論，則按照個體主義（individualism）和理性主義（rationalism）的途徑解釋整個人類的行為。[24]前者在方法論上是壹種“集體主義的”（collectivism），而後者在方法論上是個體主義的。新制度主義代表的是理論建構的經濟學傳統，而舊制度主義代表的則是理論建構的社會學傳統。
其次，因為第壹種區別（方法論），導致兩種研究途徑在對待國際政治生活和國際社會的本質特征的認識上產生分歧。在新制度主義者看來，國際社會是由國家的理性選擇行為來“建構”的，而不是象舊制度主義者所認為的只是由國家所“組成”的，所謂國家的體系（system of the states）。[25]個體選擇的模式，強調國際制度和國際社會形成的壹種洛克和霍布斯式的“契約的途徑”（contractarian approach）的意義，因為在無政府狀態的自然環境中，個體相互之間為了解決“囚徒困境”（prisoners’ dilemma）或集體行動困境的問題，對各種相互沖突的利益和目標進行不斷的談判和協調，通過制度的選擇和安排，達成彼此之間相互約束的契約和準則，從而組成壹種“國際的”社會，形成壹種秩序，以保護彼此之間的***同利益。因此，所謂制度的形式，國際社會的構成，在新制度主義者看來，無非是在個體為克服集體行動困境而進行不斷的博弈和選擇，最終達成復雜的制度安排來完成的。[26]
舊制度主義則不同。舊制度主義也認為存在壹種國際社會，但是這種國際社會不是基於個體的理性選擇完成的，而是基於***同享有的價值觀念和文化傳統的規範組成的。舊制度主義思想，主要體現在早期格勞秀斯的國際法思想、有組織的和平主義理念以及今天影響很大的“英國學派”的“國際社會”理論中，後者將“國際社會”的最初範圍僅僅限定在西歐，認為主權國家、***享的價值觀念和文化傳統，使西歐最早形成了壹種“國際的社會”，而這種國際社會是在其不斷的擴張中，將主權觀念和近代起於西歐的國際法思想推及世界其他地方，最終將越來越多的非西方世界包容進去的過程中完成的。[27]如果說新制度主義是在“沖突”的意義上理解國際社會形成的契約途徑的話，那麽舊制度主義則主要是在觀念和價值協調壹致的基礎上理解國際社會形成的。
所以，新制度主義是關於國際制度形成的壹種動態的理論（dynamic theory），強調個體選擇和博弈，強調國際制度生產、安排和變遷的過程，它試圖解釋為什麽在有些領域存在國際制度而在有些領域沒有國際制度，為什麽有些國際制度具有很強約束力而有些國際制度則沒有，為什麽有些國際制度時時處在變遷的壓力下而有些國際制度則非常牢固，等等。而這些問題是舊制度主義所沒有回答，在其分析框架下也不能回答的問題。舊制度主義則是關於國際制度的壹種靜態的理論（static theory），它不關心國際制度的變遷，以及它們為什麽會發生變遷，舊制度主義認為重要的是，要維持壹種最低限度的秩序，國際制度的存在是不言而喻的，至於為什麽國際制度在無政府狀態的國際環境中能夠生產、維持和發生變遷，舊制度主義並沒有在學理上提供令人信服的解釋。
在前兩個差別的基礎上，新制度主義和舊制度主義的第三個區別在於兩者對制度種類，以及這些國際制度在國際社會中的作用看法上。舊制度主義者關心的是構成他們所認為的那種國際社會領域中的“憲法性的”（constitutional institutions）和本質性的制度（fundamental institutions）安排，例如主權制度、均勢、國際法、戰爭制度、外交制度和大國協調體系等，[28]，這類國際制度對國家行動和國際社會體系的維持具有指導性和統率性的意義，例如主權制度決定了主權國家是國際社會中最基本的行為主體；[29]主權制度對國家之間在具體問題上的機制，戰爭制度對於防止武器擴散機制，均勢狀態對於國家間的協調機制，就是基本性的國際制度，後者是在前者的基礎上產生的，也只有在前者的基礎上才有合法性和合理性的意義。[30]而新制度主義關註的則是各種特定問題領域的機制（issue-specific regimes），以及這些機制的生產、安排、績效和變遷問題，例如象奧蘭·楊（Oran Young）對國際環保機制的研究，羅伯特·傑維斯（Robert Jervis）對國際安全機制的研究，基歐漢對海洋和石油機制的研究，等等。
就制度在國際社會中的地位和作用而言，舊制度主義者大多強調憲法性和本質性的制度安排對獲得壹種國際秩序的意義，認為這類制度的建設和維護是國際秩序最可靠的保障。而新制度主義要著力回答和解決的問題是，在壹個給定的制度環境下，國際制度在國家行動和實踐中的作用，就是說各個問題領域所形成的各種各樣的國際機制，對降低國家間溝通的交易成本，促進信息的交流，匯聚國家間的預期，加強國家之間的溝通和合作，是否以及是如何發揮作用的。[31]