可惜，印度民族向來不註重——史紀錄，史料闕如，使得印度佛教的滅亡原因，呈現眾說紛紜的局面。茲就手邊資料簡介各家說法如下：
壹、佛教吠陀化
佛教以反吠陀文化而創始，卻以融吠陀文化而滅亡。
“佛元八世紀以來，佛教外印度教之復興，於具有反吠陀傳統之佛教，予以甚大之逼迫。內以‘唯心’、‘真常’、‘圓融乙、‘他力’、‘神秘’、‘欲樂’、‘頓證’思想之泛濫，日與梵神同化。幸得波羅王朝之覆育，乃得壹長期之偏安，然此末期之佛教，論理務瑣層玄談，供少數者之玩索;實行則迷信淫穢，鄙劣不堪!可謂無益於身心，無益於國族。律以佛教本義，幾乎無不為反佛教者!”
“敵者之摧殘，不足為佛教害，受吠陀文化之熏染，則佛教致命傷也。”“圓融之病，深入佛教，或者以此為佛教光，而吾則恥之。或者以此為不執著，則又謗佛之甚者!”
很顯然的，印順導師認為，印變教的復興與回教徒的入侵迫害，並不是印度佛教滅亡的主因，主要的還是由於“佛教梵化”。
二、印度教的仇視
儀模法師《印度佛教的興起和衰亡》壹文中，則認為印度佛教滅亡的主因，是印度教的仇視。
“然而佛教何以遭致衰敗以至滅亡之禍呢?其原因很多，主要的原因，為印度教的仇視，印度教是婆羅門教後期復活的名稱。當佛教興盛的時候，婆羅門教並未失去他們的潛力，在朝執政的人，仍有不少的婆羅門教徒，以致後來復興的力量自必強大。同時在佛教徒本身也不振作了，同婆羅門教那時最後腐敗以致佛教興起的情形，殆無二致了。印度富有的寺廟都壹天壹天的走上腐化的壹途，失去了社會的信仰。加之在第五六世紀的外來的諸族，都樂於接受印度教的領導，以致佛教在印度失去了宗教上的地位。到了第八世紀的婆羅門教大師庫馬雷巴陀為最後的印度教打擊佛教及耆那教的壹個人，同時婆羅門教為謀復興的緣故，處處模仿佛教的形色和內容，復因佛教大乘變質的密宗盛行，有些學者把印度教義也有不少的糝雜在佛教裏。佛教變質後，加之在十二世紀的末期，為回教侵入，佛教徒被害，佛寺被焚者甚多，壹個在印度興起的佛教，終於在特殊的璟境中宣告滅亡了。”
但作者認為佛教在印度，只是名義上滅亡，實際上卻還存在於印度人中。
三、密教傾向頹廢
印順導師和儀模法師雖然都認為，密教的興起，正值印度佛教的末期，卻不認為密教是印度佛教滅亡的主因。但宇井伯壽則認為密教傾向頹廢是印度佛教滅亡的主因：
“……超巖寺……是密教專門這場，所說的多半是左道派。左道派由印度教性力派(sakta)衍變而來，以淫欲即是道等，不重通達文字之實修，含有很多卑俗低級的成分。密教所包含的采用了印度教，在長期擴展其範圍中幾乎攝取了印度教所有諸神只的壹些儀式，於是制作了頓接近混合淫猥的丹多羅文學。密教中昕表現修道稱為金剛乘、大樂乘，左道派很多行徑是呈現出頹廢與靡爛。……密教如此的漸次隆盛，跟隨著印度各地佛教更加衰徽，佛教恐怕完全淹沒於印度教中去了。……西元壹二〇三年，回教的將軍巴古代那·克裏基焚毀了超巖寺，迫害殺戮所有的佛教徒，有些遁隱、還俗，逃到尼泊爾等邊境，從此佛教的形骸清失。”“印度的密教是介入了印度教令人不喜歡的成分，又墮人人性本有的弱點而召致佛教滅亡。……所以印度佛教的滅亡，認為是中觀派、瑜伽行派末流偏重學術理論之傾向為遠因，密教傾向頹廢狀態為近因。呵斥小乘佛教為淺薄，相反的實際上多著重於信行方面，這是此壹時代普遍存在的現象。”
楊白衣教授亦持類似說法：
“他們(密教)不特說出許多諸佛菩薩，就是從來在佛教未曾說過的很多明王以及外道神仙，也都認為是大日如來的化身了。不但如此，更攝取很多民間信仰，而用大曼荼羅納入正規。他們認為不必為了實踐大乘佛教的六波羅蜜，用盡心氣。蓋眾生本來就具足佛性故，只要念諸聳，誦持陀羅尼，與密教儀式，就可容易到達——即身成佛。所以密教承認現世的幸福快樂，主張人間的煩惱隋欲不可克服抑壓而應加尊重，只要能把不純的愛欲升化到對壹切眾生的慈悲即可。”
四、回教的迫害
西元壹二〇二年回教徒侵入印度，破壞維克羅摩屍羅寺(超巖寺)，殺害僧尼，印度佛教僧團就算是滅亡了。其實，印度佛教早巳消解到印度教裏去，失去獨立宗教的價值，也可說是早巳滅亡。自回教徒侵入印度之後，許多佛教學僧帶著佛典逃亡別國，佛教正式滅亡。
日本學者明石惠達認為，印度佛教從來不曾取代過婆羅門教的地位，即使像阿育王、迦膩色迦王以國家的力量支持佛教僧團和佛教教學，但婆羅門教仍在民間具有相當勢力。佛教在西北印度接受希臘、伊朗文化的影響，發展為世界性的宗教，並豐富其哲學內涵，表面上表現得很輝煌，但也意味著漸漸脫離民眾。佛教崇尚寬容，未曾壓迫其他宗教，甚至在後期也采納其他宗教的精神和教理，因而喪失佛教本來的固有宗旨。難怪婆羅門教能夠翻身為印度教來復興，而佛教卻變成印度教化，回教壹迫害，就整個消聲匿跡了。
在阿拉伯語中，“偶像壹稱為but或budd，事實上就是從梵文的buddha(佛陀)挪過來的。不幸的是，回教主張“聖戰”，任何異教徒如不改信回教，即行殺戮。“當他們(回教徒)到達這個地點的時候，他們包圍了它……這個城市立即陷於慘境，在同壹年上帝就君臨了它。禁止人民崇拜偶像(佛陀的塑像)，偶像都被回教徒焚撓了。有些人民也被焚燒了，其余的被殘殺了。”
問題是，印度除了佛教之外，還有印度教，為什麽印度教能夠不被連根拔除，而佛教卻無法幸免於難?A.KWarder認為印度教比較有彈性，無所不可，它主張社會等級制度，與中世紀的封建主義潮流很調和：人們將自己付托給首領，而壹切人最終托付他們的靈魂給上帝。因此，印度教能夠深入民間，深入印度文化。印度教的戰土隨時準備作戰，了解這是他的職責，死於戰鬥是至上光榮。反之，佛教主張和平、反暴力，剛好成為回教徒殺害的對象。再加上當時的佛教，太過於哲學化，可以說是學院式傳統。它的傳統中心是在各大學，而不在人民大眾之中。當大學被毀，它的傳統力量也就破滅了。群眾不易懂得深奧的哲學，看不出佛教與印度教有什麽不同，他們以鄰居崇拜印度教諸神的單純忠誠來崇拜佛陀和諸菩薩。假如缺少博學此丘的指導，居土佛教就會混合於印度教多彩多姿生動活潑的地方性崇拜。等到佛教寺院被回教徒鏟除，僧侶逃亡國外，佛教自然在印度消失。
佛陀本人的失誤
佛教在印度的滅亡，固然如上所說，有內在的因素，也有外在的因素，但最基本的，還是佛教教主釋迦牟尼所把的兩項大錯誤，使得佛教不得不在印度滅亡。
印度原是壹個種姓階級的社會，社會秩序嚴密，各人各有自己的定位，不容超越，整個社會機器也就得以順利運轉。這種不平等的社會制度，在今日看來，簡直匪夷所思，甚至非常不合理、不合乎人性，但在民智不發達、交通不便的古代社會，卻是安定社會的最大力量。每壹個人從出生到老死，都有既定的社會角色，根本不必為自己的前途而煩惱。佛陀的眾生平等理論，美則美矣，在當時卻還是異端邪說，壹般老百姓的智慧根本還不足以接受理解，更何況屬於既得利益者的婆羅門和剎帚利階級，必然誓死抵制。佛陀在摧毀安定社會秩序的種姓制度之後，並沒有提出新的社會結構。他只成立僧團，並未建立在家居士團體，更沒有政治組織或組織理論。基本上，他只關心出世解脫，只規範僧團的生活法則，對於在家居士的日常生活或生老病死問題，提示的比較少。結果，出家眾接受在家眾的供養，以修行為務，自成壹個隔離的系統;在家眾除了可以從出家眾獲得精神上或心理上的慰藉以外，切身的生活問題，如嬰兒出生、男女感情、結婚生子、士農工商等營生細節，恰好都是佛教僧侶所避諱的。大多數的佛教徒，並不對深奧的生死哲學感興趣，既然世俗層面無法從僧侶獲得指導，只好求助於擅長此道的婆羅門教祭司。婆羅門教多的是神只，正足以滿足大多數民眾的需要，佛教自然就不是民眾的必須了。
佛陀正如其他宗教教主或大多數古代哲學家，對於女性的定位都低於男性。尤其是佛教，更認為女身必須轉世為男身，才有成佛的可能，女性出家也不像男性出家那麽方便，女眾僧團甚至在後來從印度絕跡。這些現象雖然可以從生理方面來解釋，但女性的地位低於男性，卻是不爭的事實。然而，風俗習慣或家庭中的宗教陸祭拜，往往都是由女性來傳承的，婦女在佛教中的地位不高，自然就不會那麽熱衷於維系佛教的傳統，佛教從家庭中漸漸消失，也就不足為奇了。
從社會文化學的觀點來看，佛教無法滿足社會的需求，其滅亡當然是遲早的事。
佛教的固步自封與異質化
任何壹種習俗或制度，在剛成立的時侯，似乎都有助於社會、宗教、人類的進步，但如果不能隨時修正，日久之後，反而會阻礙進步。許多因素固然促成了佛教的興起和發展，但水能載舟，也能覆舟，後來都變成了佛教衰落的原因。
對於印度佛教滅亡的原因，另外壹位學者杜特，提出比較綜合性的看法，這些看法分成五個重點，有些是上述幾位學者說過的，筆者形容為佛教的故步自封與異質化。
(1)伽的超然地位。這種超然地位曾經保證了僧伽的純潔和精神修養的進展，旦日久之後，僧眾們都忘記了教主原來的旨意，變成壹個以自己為中心的團體，專門從事精神上的修養或文化方面的研究，依靠別人的供給來維持自己的生活，漸漸不關懷周遭人群的道德和宗教水準的提高，忽略了對社會人類的教育，使得僧眾睨離廣大人群。譬如，佛教就沒有規定關於誕生、婚姻、葬禮這三件人生大事的法律，像給孤獨長者這位佛陀的最大護法，都可允許兒女們和耆那教家庭出身的人結婚，遑論其他信仰不堅定者。在這種情況下，佛教自然漸漸衰落了。
(2)佛教不幹涉社會習俗的態度。佛陀是壹個苦行者、先覺者，而不是壹個社會或宗教改革家。他和他的幾泣大弟子，都是出身婆羅門教家庭，因此對他來說，最重要的是實現真理，而非幹涉世俗信仰和習慣，因為這些都是緣起法，都是如幻的世俗諦。在他們還在世時，這種態度很得人心，有其壹定作用，但後來卻促成佛教的滅亡。初期佛經中，即有婆羅門教諸神的地位;後來的佛寺中，也充滿神和女神、藥義和羅義的偶像，又流行崇拜這些偶像的儀式。後代的人們就專心壹致地崇拜這些次要的東西，而忘卻了教主原來的教法，佛教就在這些錯綜復維的信仰和儀式中，失去了自己的本來面目，使得佛教的真正目的隱而不見，終至於滅亡。
(3)比丘學問的退墮。佛教旗幟能夠高掛不墜，佛教僧團能夠受人尊敬，均有賴於組成僧團中心的知識分子。但在西元七、八世紀的時候，從這些佛教學術中心出來的人都不博學，都在非佛教的作家和辯論家的攻擊下敗倒了，這是印度人生活中的嚴重事件，可以引起壹個宗教、教派和論師的衰亡。由於僧伽的懈怠，或由於僧團不能吸收最好的知識分子，佛教的學術中心逐漸失去君王和國人的信仰。
(4)密宗的興起。佛陀雖然盡了極大的努力，但還是無法從印度人的思想中，徹匠消除對於阿達婆吠陀中所記載的咒語的信仰，以及神力、占課、巫術等迷信信仰。在初期和梵文佛典中，都有咒語或陀羅尼，這是密宗興起的前兆。密宗作品出現於公元四到八世紀，密宗是高度發展的禪定哲學，在習定的時侯要利用手印、坐勢、壇場、咒語來集中意識。不幸的是，密宗的修持法被許多宗教騙子濫用了，因而眨低了它的價值，毀滅了偉大導師所倡導的高尚教義。密宗興起，使得佛教婆羅門教化，終被後者所溶合兼納，信仰密宗的佛教徒人數很少，又隱居於寺院之中，逐漸被婆羅門的汪洋大海所吞沒。
(5)宗教迫害。佛教不曾破壞其他宗教，卻先後被婆羅門教和回教徒所迫害，因為佛教集中於寺院之中，所以異教徒可以在很短期間內毀滅佛教信徒和他們所收藏的經典手稿。佛教僧侶壹受到迫害，就等於佛教滅亡，幸免於難的，也紛紛逃亡到尼泊爾和錫蘭等地，佛教和佛教文物典籍就在印度被徹匠消滅幹凈了。（來源：北大博雅好書，作者：鄭振煌）