1981發表了《如何理解和評價孔子的法律思想》等論文，率先從法律層面研究了孔子和儒家思想，突破了當時文革在這壹領域留下的揮之不去的恐懼和困惑，立即得到了國內外學者的響應和好評。
《儒家法律思想通論》出版後，成為法制史和儒學領域的壹部力作。《中國社會科學》、《讀書》、《國際儒學》、《法學》、《孔子研究》、《法律評論》、《光明日報》和《文慧日報》發表書評。
筆者在研究孔子和儒家法律思想的過程中，註重中西法律文化和先秦諸子法律思想的比較，從中國哲學思想、政治思想、倫理思想的宏觀層面，以及文字、考古、法規等微觀層面進行多角度思考，從而探究儒家法律思想的內容和特點，並在方法論上進行大膽創新，從而提出了壹系列頗具創新性的觀點。
首先指出先秦時期儒家與法家的分歧並不是人治與法治的對立，秦漢以後的中國法律史上並沒有人治與法治的鬥爭主線。法家的極端君主制是典型的人治。因此，用儒、法對立的觀點來評論儒、法是不恰當的。
其次，說儒家的禮是“自然法則”，也是值得商榷的。西方的自然法，無論是宗教的還是理性的，都是把壹個至高無上的神或者外在的正義置於人類社會和人類法律之上或者之外，讓人們去崇拜。儒家法律的“禮”與“義”，既不在人之上，也不在人之外，而是在人與人之間，在人們的日常生活中，在人們的心中。因此，儒家法律有理性的思想和正義的觀念，但不能歸於西式自然法。
第三，孔子反對金朝鑄鼎，並不是反對成文法的公布。大量資料證明，刑書和刑鼎並不是中國成文法公布的開端，西周的“懸法如魏”是更早得多的成文法公布形式。孔子反對晉的原則是反對亂立法，制定亂法，堅持禮。在中國古代，習慣法壹直存在，成文法與習慣法並存互補是中國法律體系的壹個特點。
第四，運用豐富的史料，論述了中國古代法律實行罪刑法定與違法處罰相結合的綜合定罪量刑制度，這是中國法律制度區別於大陸法系和海洋法系的特征之壹。儒家法律反對罪刑關系的固化和機械化，但不提倡罪刑任意判斷。
第五，論述了儒家法律思想的文化特征是倫理法，並分析了儒家倫理法的淵源、基本原則和基本特征。
第六，對《春秋判詞》進行了重新評價。認為《春秋大審判》不能不加分析地歸為“妳要誰，怎麽幹”。從《春秋審判》僅存的幾個案例來看，都是把重點改成了輕。“春秋審判”是秦朝重刑惡法向唐代禮法結合過渡的重要中間環節。它是從法家的立法與司法到儒家的立法與司法的壹個轉折點，對中國法制的發展起到了積極的推動作用。
第七，中國古代雖然沒有系統的成文民法，但也有豐富的民法文化。本文對儒家誠信、義利觀的民法文化價值及其在中國獨特民法文化形成和發展中的重要作用進行了專題研究。
第八，論述了儒家法律思想在中國歷史上的影響和演變。其中，《唐律論》是典型的封建倫理法；明清時期黃宗羲思想的主要方面仍然表明，他仍然是儒家社會批判思想的集大成者，他提出的“先法治民”不是法治。沈家本的貢獻不在於他是壹個改良主義者，相反，他以壹個開明的儒家官僚結束了中國古代的儒法。孫中山的“國民性歷史”理論具有創造中西合璧的近代中國法律文化的意義。他的“五權憲法”不是西方“三權分立”的翻版，而是試圖溝通傳統民本與現代民權思想的集權政治制度。這些都凝聚著探索者的獨特經歷，也不乏啟迪。
第八，在研究和闡述儒家大師等歷史人物的法律思想時，在方法上也有壹些特點。壹是從原著出發，用材料說話，力求避免片面性和斷章取義；其次，將孔孟荀的法律思想作為其整體思想體系中的壹個子系統，避免肢解和割裂；三是從三個層面對他們的法律思想進行探析:第壹是理想法律層面，這也是他們評價和設計現實社會和現實法律的價值標準，如孔子的仁學、孟子的仁學、荀子的禮義觀，以及“法應以王為先”和宋儒學的“自然正義”等命題；其次，他們的立法、執法、司法、守法原則，如重民、中庸、家族主義、君主主義等。三是法律主張的具體層面，比如刑罰、“直”獄、父子藏匿等等。
《艱難的發展——毛澤東的法律思想與實踐》
2.近現代法律思想研究:《艱難的發展——毛澤東的法律思想與實踐》
“馬克思主義法學在中國的傳播與發展”這壹課題的研究，將於榮根教授的研究視野從古代法學帶到了現當代法學。在近現代法律思想的研究中，毛澤東是不可回避的核心人物之壹。近30萬字的《艱難發展——毛澤東的法律思想與實踐》壹書，從法學的角度對這位偉人進行了全方位的剖析。本書關註的是毛澤東個人的法律思想和實踐，而不是“毛澤東思想中的法律思想”。
這本書分為八章。第二章至第七章描述了毛澤東從青年時期到成為人民和國家領導人的各個階段的法律思想和實踐。第三章指出毛澤東在1920年底到1921年初確立了階級論的法律觀。第六章論述了抗日戰爭時期毛澤東的法律思想與實踐，認為這是毛澤東個人馬克思主義法律思想的成熟時期，屬於毛澤東思想體系中的法律思想與實踐。第七章論述了毛澤東在新中國新民主主義法制建設和社會主義法制建設中的豐功偉績，特別是重點論述了他在籌備新政和制定第壹部人民憲法中的憲政思想，在“三反”、“五反”中的經濟刑法思想，以及對緩刑、管制和特赦的創制。20世紀50年代後期以後，與毛澤東治黨治國的失誤相壹致，他的法律虛無主義傾向逐漸增長，但他仍然對國際關系和國際法做出了巨大貢獻。
第八章選取六個專題對毛澤東法律思想和實踐的輝煌創造和重大失誤進行理論分析。這六個題目分別是:實事求是與隨時變化的規律、群眾路線與“四大民主”、黨的領導與民主法制、階級鬥爭與造反、民主政治與民本、人治、法治與聖人精神。本文認為，階級鬥爭工具論的法律觀、以人為本的民主權利論、崇尚聖賢精神而忽視民主的制度化和法律化等。，是毛澤東晚年法律實踐出現重大失誤的深層法律思想原因。3.法人類學與法社會學研究:“羌族習慣法”
於榮根和他的研究團隊選取了少數民族人口較少、居住集中、歷史悠久、文化積澱豐厚的羌族作為田野調查和理論研究的對象。《羌族習慣法》壹書從五個不同的角度對羌族習慣法進行了詳細的考察、論證和分析:
羌族的歷史與現狀及其習慣法的發生與發展軌跡：財產關系、婚姻關系、繼承關系、家庭關系、刑事關系和訴訟關系中的習慣法內容；土司制度的習俗和規則、宗教信仰、村規民約、村規民約等。；從經濟背景和文化特征兩方面對羌族習慣法進行理論分析和提煉；本文對歷史上羌族習慣法與國家制定法的關系進行了深入分析，揭示了習慣法與國家法逐漸融合並逐漸讓位於國家制定法的文化變遷趨勢。
這項研究首先是學術和文化上的補充。它第壹次將羌族傳統法律文化法典化、固定化，填補了法律人類學、法律社會學、民族法學和羌族文化史研究的空白。這是屬於藍縷路的壹個創舉。
同時，民族習慣法的研究也具有相當的現實緊迫性。以習慣法為代表的民間文化和以國家立法為代表的精英文化分屬不同的體系，很難融合。這種困難今天依然存在，這也是民族地區法治進程艱難的原因之壹。這就需要我們總結歷史和現實的政治智慧和經驗，在堅持法律統壹原則和照顧民族習慣中取得適當的動態平衡。
這項研究還提倡嚴謹和實證的研究風格。1994左右，項目啟動時，由於對商品經濟的錯誤理解，學術界開始躁動不安，“十年壹劍”、註重田野調查的研究方法受到極大沖擊。正是在這樣的背景下，課題組成員拋開個人得失、經濟、職稱等所謂利益，壹頭紮進大山，克服了山裏缺氧、飲食不習慣、語言不通等困難，獲得了大量可靠的信息和真實的感受。羌族習慣法寫成了，就出來了。