內部控制制度審計的對象是被審計單位的內部控制制度，對這些制度的檢查和測試構成內部控制制度審計的基本內容，主要體現在對以下管理制度的檢查和測試:
1，責任控制系統。責任控制體系是以確定經濟組織內部各部門、各環節、各層次及其人員的經濟責任為中心的內部控制體系。主要是檢查各部門和管理人員的職責是否得到了適當的授權，各種崗位責任制賦予各職能部門和管理人員的職責是否達到了分工明確、責任分明的目的。
2.內部控制系統。內部牽制制度是為保證會計數據的正確性和可靠性，保護財產而形成的制度。主要檢查不相容職務是否分離，會計事項的處理是否必須由兩個以上的人或部門完成，是否經過復核，防止差錯和舞弊。
3.會計控制系統。會計控制制度是指經濟組織為保證會計數據的正確性和可靠性而采取的各種措施和方法，主要包括記錄和傳遞各種憑證、運用資金、反映債權債務、編制會計報表的控制制度和程序。主要是通過會計憑證、會計科目、會計科目表的對應關系來檢查會計數據的可靠性；通過核對賬目檢查賬實是否相符，確保會計數據的真實性；通過嚴格的審批制度，確保業務處理的合法性；定期編制計算平衡表，檢查所有數據的正確性。
4.運行中的各循環系統的控制系統。是經濟組織實現生產經營管理的必要環節和業務運行控制系統，如成本控制、購銷控制、材料控制、生產經營過程控制系統等。通過檢查這些環節的控制是否嚴格，反映企業能否正常開展經營活動，企業能否生存發展。
5.財產和憑證管理系統。財產和憑證管理制度是為保證經濟組織的財產和各種憑證而建立的控制制度。如財產物資的儲存、盤點、驗收、征用、計劃、合同、文件等方面，應由專人管理。
內部控制制度審計的重點是審查制度中的所有控制環節，目的是發現制度中的薄弱環節。
二。內部控制審計的程序和方法
有四個主要步驟。
1.了解企業內部控制情況，並做好相應記錄。
這是內部控制系統審計的第壹步。其主要目的是通過壹定的手段了解被審計單位建立的內部控制制度及其執行情況，並做好記錄和說明。審計人員應當考慮被審計單位的業務規模和業務復雜程度、數據處理系統的類型和復雜程度、審計的重要性、相關內部控制的類型、相關內部控制的記錄方法、固有風險的評估結果等因素，采用有效的方法對內部控制程序、控制環境和會計制度進行審計。主要方法包括:
(1)查閱以前的審計報告或審計工作底稿；
(2)詢問被審計單位的有關人員，查閱有關內部控制文件；
(3)檢查內部控制產生的文件和記錄；
(四)觀察被審計單位的業務活動和內部控制；
(5)選擇壹些有代表性的交易和事項進行“走查測試”。通過查閱和回顧以往的審計結果，可以了解以往審計發現問題的原因，以及是否得到了糾正和改進。通過查閱相關的規章制度、方針政策，看到組織系統圖，與相關人員交談，對內部控制有足夠的了解，從而設計方案，制定應用方案。
2.內部控制健全性的初步評價。
識別內部控制風險，確定內部控制是否可靠。應在調查了解控制環境、控制程序和會計制度，初步了解被審計單位內部控制的基礎上，對內部控制風險和內部控制的可靠性做出初步評價。初步評價實際上是對企業會計和內部控制在預防或發現和糾正錯誤和弊端方面的有效性進行評價的過程。通常，當發生下列情況之壹時，重要賬戶或交易類別中識別的部分或全部控制風險應評估為高水平:
(1)企業內部控制失效；
(2)難以評價內部控制的有效性；
(3)未計劃符合性測試。對於壹個會計報表的確定，如果同時發生下列情況，不應評價其控制風險處於較高水平:相關內部控制可能防止或發現並糾正重大錯誤；計劃進行符合性測試。
3、實施合規性測試程序，以確認內部控制設計和實施的效果。
通過對內部控制的初步評價，可以基本把握被審計單位內部控制的強弱環節，為合規性測試確定壹個前提。審計人員只對他們準備信任的內部控制進行合規性測試，只有當信任內部控制所減少的實質性測試的工作量大於合規性測試的工作量時，合規性測試才是必要的和經濟的。合規測試是確定內部控制制度的設計和實施是否有效的審計程序。其基本對象包括控制設計測試和控制執行測試。控制設計測試是測試被審計單位的控制政策和程序設計是否合理、適當，是否能夠防止或發現並糾正在特定會計報表中發現的重大錯報或遺漏。控制執行測試是測試被審計單位的控制政策和程序是否實際發揮作用。被審計單位的控制設計再好，也必須依靠有效的執行才能發揮作用。
內部控制合規性測試通常使用四種主要方法:
(1)查詢方式。為了查明被審計單位的業務經營是否符合控制要求，審計人員向有關人員詢問壹些內部控制和業務執行情況。例如，審計人員可以通過詢問計算機管理員來了解未經授權的人是否可以訪問計算機文件。
(2)觀察法。審核員訪問被審核單位的作業現場，實地觀察相關人員的實際操作，以確定既定的控制措施是否得到嚴格執行。如果審核員到現場觀察物料的驗收和入庫情況，可以了解物料是否嚴格驗收和及時入庫，庫存物料是否擺放有序，是否安全存放。
(3)證據檢驗法。審計人員抽取壹定數量的賬目、憑證等書面證據和其他相關證據，檢查相關控制制度是否得到認真執行，從而判斷內部控制是否得到有效實施。例如，檢查付款的支付是否有相關負責人和經理的批準和簽名，以判斷在實際工作中是否執行了批準控制程序。
(4)重復執行法。審計人員將根據被審計單位的業務流程，對內部控制體系的整體或部分進行檢查，以驗證既定的控制措施是否得到實施。