“錦”，並不只因其材料考究、制作費工而貴重，更重要的是：它是用美麗的五色彩絲織出優美的圖案花紋，是壹件精美華麗的絲織藝術品。《六書故》雲：“織彩為文曰錦”；李時珍《本草綱目》“錦”的釋名說：“錦以五色絲織成文章，故字從帛從金……”可見，優美的紋飾和華美的色彩裝飾，是構成“錦”華貴的最重要的因素。
南京雲錦配色多達十八種，運用“色暈”層層推出主花，富麗典雅、質地堅實、花紋渾厚優美、色彩濃艷莊重，大量使用金線，形成金碧輝煌的獨特風格。
在色彩感情上，中國的傳統向來愛好溫暖、明快、鮮艷和強烈的積極色，不喜歡弱色和多次的間色。因此，青、紅、黃、綠、紫、白、黑，成為中國裝飾用色上的主要色彩。這從中國的民間刺繡、京劇的舞臺服裝、少數民族的服飾和宮殿式建築的彩繪上，均可看到這種裝飾用色的典型特色。雲錦的用色，也繼承了這個民族裝飾用色的傳統。元代的織錦，則由傳統的註重配色轉變為崇尚用金作主體表現，這在中國錦緞裝飾上是壹個極為突出的轉變。明、清兩代的織錦，在元代盛行用金風氣的影響下，既重視配色，又考究用金，兩種裝飾方法被兼收並蓄，形成金彩並重的錦緞裝飾新風貌。在元代用金風氣的影響下，結合禦用服飾和宮廷裝飾的具體實用要求，形成了自己的用色規律和裝飾特色。
在封建社會裏，作為禦用高級織物的雲錦，它的紋飾設計和色彩裝飾必須服從於使用者的喜愛心理和特定環境的實用要求。雲錦是供帝王後妃服用的，因此它的色彩裝飾必須能夠顯示出壹種莊嚴、華麗、高貴、典雅的氣派，方能適應於使用者的身份，協調於宮廷裏的華貴氣氛。
中國封建社會的宮廷建築群中，有的特別莊嚴，專供朝見、祭祀等用；有的特別雅致，專供帝王讀書、憩息；有的特別豪華，如專供歌舞、飲宴用的；有的特別綺麗，如專供帝王後妃居住生活。在這些特定環境中，雲錦就必須與周圍的環境相協調、相襯托才行。因此，這特定的使用對象和特定的使用環境，不僅決定了雲錦圖案的紋樣內容及其表現形式，同時也決定了雲錦配色的基本主調。
“遠看顏色近看花”，是中國民間染織設計上掌握成品效果的壹句名言。它是說，壹件好的染織設計，既要有優美的圖案花紋，還須有動人的色彩裝飾。這是因為作用於人們視覺的第壹眼效果，首先是色彩，然後才是花紋。在雲錦設計上，藝人也有這樣壹句話，叫做“跑馬看妝花”。“妝花”是雲錦織物中色彩最華美、配色最豐富的織物。騎在奔馳的馬背上看妝花織物，只能是壹瞬間的工夫，要給騎在馬上的觀者立即得到鮮明而強烈的印象和美的感受，主要是靠色彩效果起作用。當然這並不是說，雲錦成品的藝術效果真是用這種方法去檢驗，而是說明雲錦設計藝人，深刻地理解到色彩裝飾在成品效果上所起到的重要作用，掌握了這個訣竅，就能夠創作出很多圖案優美而色彩又強烈動人的優秀作品來。
雲錦圖案的配色，主調鮮明強烈，具有壹種莊重、典麗、明快、軒昂的氣勢，這種配色手法與中國宮殿建築的彩繪裝飾藝術是壹脈相承的。就“妝花緞”織物的地色而言，淺色是很少應用的。除黃色是特用的底色（只有皇帝的袍服和禦用的裝飾織料才能使用黃地色）外，多是用大紅、深藍、寶藍、墨綠等深色作底色（也有用黑色作底色的，但極少用）。而主體花紋的配色，也多用紅、藍、綠、紫（包括醬色）、古銅、鼻煙、藏駝等深色裝飾。
由於運用了“色暈”和色彩調和的處理手法，使得深色地上的重彩花，獲得了良好的藝術效果，形成了整體配色的莊重、典麗的主調，非常協調於宮廷裏輝煌豪華和莊嚴肅穆的氣氛，並對封建帝王的黃色禦服起著對比襯托的效果。
在雲錦圖案的配色中，很多是根據紋樣的特定需要，運用浪漫主義的手法進行處理的。如天上的雲，有白雲、灰雲、烏雲……，如把雲錦中常用的各種雲紋按照生活真實的色彩去處理，其結果不但不能產生美感，反而破壞了圖案整體配色的和諧。在雲錦紋樣設計上，藝人們把雲紋設計為“四合雲”、“如意雲”、“七巧雲”、“行雲”、“勾雲”等等造型，是根據不同雲勢的特征，運用形式美的法則，把它理想化、典型化了。它和生活中雲的真實形態雖差距很遠，但人們看起來卻很容易識別出這是雲紋的描繪，並且感到它比真實的雲更美。這就是藝術創造上典型化、理想化所取得的動人效果。
雲錦妝花雲紋的配色，大多用紅、藍、綠三種色彩來裝飾，並以淺紅、淺藍、淺綠三色作外暈，或通以白色作外暈，以豐富色彩層次的變化，增加其色彩節奏的美感。藍色的雲、綠色的雲是違背生活真實的，但正如詞中的“碧雲天”壹樣，千年來膾炙人口，並沒有人說它描繪得不真實，相反地卻交口贊譽其傳神。雲錦妝花織物上雲紋的這種配色，也就是這個道理。它不僅豐富了整個紋樣色彩的變化，而且加以金線絞邊，這就更符合人們對祥雲、瑞氣和神仙境界的想像與描繪。五彩祥雲和金龍組合在壹起，表現出“龍”翺翔於九天之上，就更符合於封建統治者的心理，為統治者所喜愛。
又如生活中的蓮花，有紅色，有粉色，有白色；然雲錦圖案中的蓮花，多用藍灰或紫灰顏色表現。雲錦中“纏枝蓮”的圖案，應用是很多的，這是由佛教藝術影響而來。宗教藝術常常要求表現莊嚴、沈著、寧靜。藍灰和紫灰色的蓮花，雖然是違背生活真實的，但它卻符合宗教的要求，符合藝術的法則，因為這種配色適合於具體圖案色彩變化的需要，因此人們承認了它，並且喜愛了它。
在雲錦圖案的配色中，還大量地使用了金、銀（金線、片金，銀線、片銀）這兩種光澤色。金、銀兩種色，可以與任何色彩相調和。“妝花”織物中的全部花紋是用片金絞邊，部分花紋還用金線、銀線裝飾（“金寶地”織物，使用金銀線就更多了）。金銀在設色對比強烈的雲錦圖案中，不僅起著調和和統壹全局色彩的作用，同時還使整個織物增添了輝煌的富麗感，使之更加絢麗悅目。這種金彩交輝、富麗輝煌的色彩裝飾效果，是雲錦特有的藝術特色。
雲錦妝花織物的配色，之所以能夠獲得濃而不重、艷而不俗、對比而不刺激的莊重典麗效果，是由於它巧妙地運用了“色暈”的裝飾方法和“片金絞邊”、“大白相間”對比調和的處理技巧。所謂色暈，就是色彩的濃淡、層次和節奏的表現。色暈（亦叫“潤色”）的具體運用，就是將圖案的大朵主題花和某些塊面較大的賓花，用深淺不同的色調，幾重織出。大朵的主題花，壹般多用“三暈”表現。較大塊面的賓花，視花紋塊面的大小和整體配色的變化需要，有用“三暈”表現的，也有用“兩暈”表現的。三暈，即分成三段層次的色階；兩暈，即分成兩段層次的色階，形成節奏分明、逐深逐淺的色彩層次，表現出花紋的立體效果和生動精神。由於深淺色階的過渡和變化，不僅減弱了地和花，或花與花之間色彩對比的刺激性，同時也增添了色彩的節奏感與韻律感。再加以“片金絞邊”，使彩花更加顯現突出；“大白相間”使對比強烈的色彩得以統壹調和，因而使得整個紋樣的配色，獲得了莊重典麗、繁而不亂、明快醒目、統壹和諧的優美效果。
色暈的運用，有兩種方法，裏深外淺的（如最裏層暈色為大紅、中層暈色為淺紅、外層暈則為粉紅），叫做“正暈”；外深裏淺的，叫做“反暈”（藝人也叫它為“反絞”）。正暈、反暈的運用，是根據紋樣“顯妝”的要求和整體色彩變化的需要來決定。通常運用的，主要是正暈。有時織品的地色為淺色，適當地運用壹些反暈，則更能突出顯妝的效果。也有時在大片的正暈花紋中，有意識地穿插壹點反暈的小花紋，可以起到“平中求奇”的變化效果。壹般說來，除特殊情況、特殊需要外，都是運用正暈表現為主，反暈只是作為陪襯和點綴而已。如果不恰當地運用了反暈，藝人則叫它為“海絞”。海絞的意思，就是不合法度的暈法，它在色彩的整體效果上是起破壞作用的。
色暈也叫做“潤色”（簡稱之為“潤”），分“兩潤色”和“三潤色”兩種。兩暈色（兩潤）：深、淺紅；葵黃、綠；玉白、藍；古銅、紫；羽灰、藍；三暈色（三潤）：水紅、銀紅配大紅；葵黃、廣綠配石青；藕荷、青蓮配紫醬；玉白、古月配寶藍；秋香、古銅配鼻煙；銀灰、瓦灰配鴿灰；棗醬、葡灰配古銅；深、淺古銅配藏駝。這雖是壹個不完全的材料，卻是雲錦織造配色在長期的實踐中，錘煉出來的規律和經驗。色暈的口訣有多少，時間已久，無法查考。過去師傅傳徒弟，總要留壹手看家本領。代代相傳，各留壹手，到後來就所剩無幾了。