我國的中藥材流通基本的渠道大致有以下幾種。壹是經國家有關部門批準設立的17個中藥材專業市場，在這些市場背後活躍著壹支以個體經營戶為主的龐大的藥材收購、販運、經銷隊伍，他們以家族，或以長期的藥材經銷關系為紐帶組成的聯合體活躍在藥材的產區、運輸、市場及銷售的各個環節。二是較大的中藥廠家在集團化的發展中實力壯大，特色品種占據了重要的市場分額，為保證產品質量，在藥材產區投資建立藥材種植基地，以穩定藥材質量和價格。三是依然存在的各級藥材公司銷售渠道，眾多的醫院、藥店憑借著對國有藥材公司的信賴，依然要從昔日的主渠道進貨，而實力較大的國有藥材公司，也保持著自己較穩定的藥材購銷渠道，但這些渠道在產地和藥材市場的購銷環節上，往往與個體藥商相交織，關鍵在於把握藥材質量。四是活躍在藥材產區和銷區農貿市場上的藥材零售商，他們擺攤挎藍銷售自家種植或轉手倒來的當地產新藥材，其主要方式是零售。這主要是由於我國有藥食同源的傳統，群眾有進補的習慣，特別是在南方，早市、農貿市場都有部分藥材銷售。以個體藥材經營戶為主的17個中藥材專業市場占據著藥材銷售的重要位置，它們各有特點：
（1）大型的產區市場 以河北安國和安徽亳州為代表。它們地處藥材產區，依托著全市 30萬畝藥材種植基地，兩個縣級市都有三分之壹的人員在從事藥材的生產、加工、販運與銷售，廣大藥農以藥材的生產和流通而脫貧致富。這兩個市場都有2000～3000個攤位的交易大廳，其中安國有數百個固定門店組成的街道，亳州則有數百個固定門店組成的交易市場，分別被譽為“東方藥城”和“中華藥都”。安國的中藥材年成交額超過50億元，年藥材吞吐量10萬噸，銷售遍布全國以及日本、韓國和東南亞等20多個國家，經營的商戶有本地藥材經銷的個體戶、外來經銷商、大商戶的銷售點、精品交易廳等幾類。而亳州建有全國規模最大、從業人員和攤位最多的中藥材專業市場，全市***有藥材種植專業鄉、村800多個，每年中藥材交易額高達100多億元。
（2）產區市場 以廣西玉林、河南禹州、湖南廉橋和江西樟樹為代表，它們都有悠久的歷史，但市場規模相對安國、亳州小，壹般在200～600戶，市場都是由固定門店組成，經營品種以本省及藥材經濟區域內的主產品為主。廣西玉林中藥材市場位於玉林市中秀路，距離玉林火車站僅800米；邵東廉橋中藥材市場坐落於湖南省邵東市廉橋鎮；河南省禹州中藥材市場地址是河南省禹州市禹州中藥材專業市場管理處；江西樟樹中藥材市場位於樟樹市城區西側的藥都路3號，毗鄰105國道。
（3）銷區市場 以廣州清平、廣東普寧為代表的，是在城市農貿市場基礎上逐漸演化為藥材專業市場，這兩個市場都以人參、西洋參等貴重藥材和南方藥材為主，並面向港澳臺地區，有較大的出口交易。廣州市清平中藥材專業市場是華南地區重要藥材交易市場之壹，藥材經營大樓壹層全部為高級滋補藥材，全國地道藥材單項經營的直銷招牌，如春砂仁、三七、天麻、雪蛤羔、吉林紅參、高麗參等地道、名牌高級保健滋補品牌子琳瑯滿目。廣東普寧中藥材市場位於廣東省潮汕平原西緣的普寧市，是粵東地區中藥材集散地。
（4）帶有集散性質的市場 有成都荷花池、西安萬壽路、蘭州黃河市場。四川是我國的藥材主產區，成都荷花池中藥材專業市場是西南地區的藥材匯集地並在這裏流向全國，2009年8月從市中心搬遷到三環外的成都國際商貿城；西安萬壽路市場位於西安市東大門萬壽北路，西安火車集裝箱站旁邊，其銷售輻射新疆、甘肅、蘭州、青海、寧夏，是西北地區藥材流向全國的主要集散地；蘭州黃河中藥材專業市場為甘、青、寧、新唯壹的國家級中藥材專業市場，2009年遷址到蘭州市安寧區安寧東路1號，以甘肅等地藥材品種為主。
（5）其它市場 有重慶解放路、哈爾濱三棵樹、山東舜王城、湖北蘄春、嶽陽花板橋、昆明菊花園，這些市場規模在200戶左右，以本省藥材為主，均在20世紀90年代發展起來，兼有產地與銷地市場特點。重慶解放路中藥材專業市場地處重慶市渝中區解放西路88號，北鄰全市最繁華的商業鬧市區解放碑1公裏；哈爾濱三棵樹中藥材專業市場位於哈爾濱市太平區南直路485號，鄰近三棵樹火車站，是東北地區唯壹的中藥材專業市場，為我國北方中藥材經營的集散地；山東省鄄城舜王城中藥材市場地處鄄城縣舜王城，市場占地面積6.6萬米，可同時容納固定推位2000多個；湖北蘄春李時珍中藥材市場位於蘄春縣城時珍大道，與李時珍紀念館隔湖相望，主要經營杜仲、銀杏、厚樸、黃柏、蘄艾、茯苓、天麻等地產藥材；湖南嶽陽花板橋中藥材專業市場位於嶽陽市嶽陽區花板橋路與東環路交匯處，距 107國道5千米，火車站僅2千米；昆明菊花園中藥材市場位於昆明市東郊路174號，經營中藥材4000余種，年貿易額達10億元人民幣。
除了上述17個國家認可的中藥材專業市場外，甘肅隴西首陽鎮的文峰中藥材專業市場、吉林撫松萬良長白山人參市場、河南輝縣百泉藥材市場以及安徽銅陵、陜西韓城、赤峰牛營子、海南萬寧、福建拓榮、甘肅酒泉等季節性地產藥材市場，在當地都具有很高的影響力，是地產藥材的集散地。