項目識別階段的主要功能是選擇適合PPP模式的項目，包括項目立項、項目篩選、物有所值評價和財政承受能力論證四個步驟。政府主要負責項目認定工作，其關鍵問題包括以下幾個方面:
首先，明確負責項目篩選的主體。
目前國家層面的PPP牽頭機構有兩個，分別是財政部和國家發改委。在實施階段，需要明確負責項目篩選的主體，這是成功采用PPP模式的前提。
其次，明確項目篩選標準。
根據操作指南的篩選原則，“投資規模大，需求長期穩定。
PPP模式適用於價格調整機制靈活、市場化程度高的基礎設施和公共服務項目。但這壹原則是定性描述，篩選標準不明確，實踐中很難實施。
第三，PPP政策缺乏操作規則。
目前從國家到地方都有很多政策，但都缺乏操作細則。財政部《政府和社會資本合作項目財政承受能力論證細則》(金彩[2015]21號)剛剛出臺，但物有所值評價細則尚未出臺。在這種情況下，各地在做PPP項目時，根據自己的理解進行物有所值評價和財政承受能力論證，會導致評價和論證方法混亂，給論證結果留下人為幹預的空間。
第四，如何定義社會資本？
“社會資本”是在國務院辦公廳最新發布的《關於在公共服務領域推進政府和社會資本合作方式的指導意見》(國辦發[2015]42號)中定義的，指出“對建立現代企業制度並實現市場化運作的，其地方政府債務已納入政府預算，妥善處置並明確宣布今後不再承擔地方政府債務融資職能。但對於其他控股國企，仍然沒有明確的解釋。
第五，如何界定公共產品的範圍？
公共產品和服務首先強調的是公共性，政府要在壹定程度上限制社會資本提供服務的質量、數量或價格。但壹些地方政府為了快速推進項目，增加政績，將PPP模式應用於商業地產、園區開發等純競爭性項目，與PPP模式的初衷不符。
項目準備階段
項目準備階段是為項目的實施做準備，包括項目實施方案、項目實施機構、人員等。，其中最重要的工作是編制項目實施計劃。項目實施計劃的編制需要註意以下問題:
第壹，合理分配項目風險。
風險配置的基本框架是按照風險配置優化、風險收益等價、風險可控的原則，兼顧風險管理能力、項目回報機制、市場風險管理能力等因素，在政府和社會資本之間合理配置項目風險。項目設計、建設、融資、運營維護等商業風險原則上由社會資本承擔；法律、政策、最低需求等風險由政府承擔；不可抗力風險由政府和社會資本合理承擔。
第二，選擇合適的項目運作模式。
PPP模式的運作模式是政府和社會資本根據項目的各個環節進行配置和組合。項目設計、建設、融資、運營和維護的職能劃分是通過考察政府應該做項目的各個方面還是社會資本更合適、更有效率。不同的劃分方式會得到不同的組合，從而產生不同的PPP運作模式。
財政部發布的操作指南列出了委托-運營(OMC)、管理合同(MC)、建設-運營-移交(BOT)、建設-所有權-運營(BOO)、移交-運營-移交(TOT)、改造-運營-移交(ROT)等六種PPP項目運營模式，但這絕對是根據項目各階段的不同組合，應該有幾十種運營模式。
選擇哪種運營模式，根據項目的具體情況，會有不同的選擇。目前我國選擇PPP運作模式的主要依據是項目融資，但當經濟發展到壹定階段，政府推出PPP項目的主要目的將不再是融資，而是由政府負責融資，社會資本只負責設計、建設、運營和維護。因為政府的信用高於企業，相應的，政府的融資成本低於企業，采用這種模式更值得。
因此，項目實施機構需要根據經濟發展水平和項目特點選擇合理的項目運作模式。
第三，選擇合適的采購方式。
根據財政部要求，PPP項目采購應遵守政府采購法，采用公開招標、邀請招標、競爭性談判、單壹來源采購、競爭性談判以及政府采購監督管理部門認可的其他采購方式。從實際情況來看，公開招標是各地PPP項目最常用的采購方式，因為它對政府的政治風險最小。
然而，公開招標並不總是最適合PPP項目的采購方式。公開招標程序復雜、僵化，不僅資格預審時間長，而且滿足傳統簡易政府采購設計的“三個以上投標人”的要求。公開招標適用於具有明確完整的核心邊界條件和技術經濟參數，且在采購中不會改變的項目。然而，大量的PPP項目邊界條件模糊，采購要求復雜，因此簡單適用公開招標程序通常會導致項目招標失敗，增加項目采購的失敗率。
目前，競爭性談判和競爭性咨詢是比較適合PPP項目的采購方式。通過政府與潛在投資者的談判協商，可以幫助政府明確項目邊界條件，從而設定合理的采購條件，提高項目采購效率。
第四，制定合理的交易結構。
PPP項目的交易結構主要由四個因素決定，即項目參與主體、項目投融資結構、回報機制和相關配套安排。項目參與主體是指參與項目的所有主體，包括授權的政府層面、項目實施機構、監管機構、投資機構等。；項目投融資結構是指項目資金支出的來源、性質和用途，項目資產的形成和轉移等。回報機制主要包括用戶付費、可行性缺口補貼、政府付費三種方式；相關配套安排是指項目外相關機構提供的土地、水、電、氣等配套設施及項目所需的上下遊服務。
政府或其委托的咨詢機構需要綜合考慮這四個因素來制定合理的交易機構。
第五，設計合理的回報機制。
PPP項目主要有三種回報機制。第壹種是用戶付費，購買費用由購買服務商支付。高速公路、自來水公司、停車場等經營性項目更適合采用用戶付費模式。二是可行性缺口補貼。使用者的費用不足以滿足社會資本或項目公司的成本回收和合理回報，但政府以財政補貼、股權投資、優惠貸款等優惠政策的形式給予社會資本或項目公司經濟補貼。比如軌道交通的PPP項目，就是采用可行性缺口補貼的典型項目。第三種模式由政府直接付費，分為以下三種情況:壹是可用性付費，比如社會資本向政府提供壹條符合通行標準的道路，政府為道路的可用性付費；二是按使用量付費，比如免費公園，政府可以按入園量付費；第三種是按績效付費，比如社會資本為政府提供基層醫療服務，政府制定相關指標按服務的績效付費。
此外，在設計回報機制時也要考慮價格調整機制，比如軌道交通的PPP項目。通常，決定軌道交通票價的主要因素是電力成本、人工成本和其他費用。通過設置調價機制，當這些費用發生變化時，票價也會相應調整。
項目采購階段
項目采購階段有三個關鍵問題，即充分的市場測試、設置合理的資格預審條件和核心邊界條件。
首先，充分的市場測試。
市場測試(Market testing)是政府在啟動PPP采購程序之前，用來測試項目方案是否能夠吸引潛在投資者和融資機構等市場參與者的意願，以獲取各類市場參與者的反饋，調整和完善PPP方案的工具。市場測試是尋找最佳項目實施方案的過程，不是尋找最佳交易對手的過程，也不是實質性談判的過程。目前投資者參與市場測試的熱情不是特別高。但是，市場測試對PPP項目的運作非常關鍵，很多項目都是因為這個而失敗的。
第二，設置合理的資格預審條件。
資格預審主要是實現市場測試的功能，驗證項目是否有足夠的吸引力，實現充分競爭。資格預審條件主要是資質、項目經驗、財務等方面的客觀條件。條件既要滿足項目的基本需要和實施機構的特殊要求，又要考慮潛在投資者的實際情況。資格預審要求過高，可能導致符合要求的社會資本不足，無法實現充分競爭；要求太低，可能很難達到項目要求。
在設置資格預審條件前，需要充分了解項目所在行業社會資本的相關指標，了解項目所需的基本資質和經驗要求。
第三，設置合理的邊界條件。
項目的采購邊界條件主要包括項目運營模式、項目合作年限、回報機制、交易結構、風險分擔機制等。政府在設定邊界條件時應充分考慮社會資本的利益，並為其留有合理的利潤空間，從而更好地保證項目的順利落地。在項目實施中，還有壹些條件可以靈活調整。
實踐中，壹些地方政府總是擔心社會資本“占便宜”，對社會資本進入設置苛刻的條件，比如限價定得太低，或者不設置價格調整機制。這些邊界條件大大削弱了項目的吸引力，也給社會資本壹種地方政府難以配合的印象，極有可能導致項目招標失敗。
項目實施階段
項目執行是PPP項目成功運作的關鍵，因為PPP項目從項目認定、項目準備到項目采購可能只需要幾個月的時間就能完成，而PPP項目的實施階段通常需要20 ~ 30年，這是PPP項目實施和效率的關鍵階段。項目執行主要關註項目公司的成立、融資管理、績效監控和支付。在項目實施階段，要制定定期評估機制。根據操作指南，每3到5年需要進行壹次中期評估。項目實施階段需要註意的問題主要包括兩個方面:
第壹，良好的績效管理能力。
良好的績效管理能力主要包括兩個方面。壹方面意味著政府對項目公司的履約具有監管意識和監管能力，因為大多數PPP項目提供的是公共產品，為了保護公共利益，政府需要對所提供產品的數量、質量和價格進行日常監管；另壹方面是指政府自身的履約意識和能力，其核心是政府的支付能力。
第二，設計合理的績效考核機制。
PPP項目實現物有所值的壹個重要方式是根據績效為項目公司的服務付費，但目前大多數項目的付費與績效考核之間的聯系還不夠好。為了實現績效支付機制，政府需要建立項目公司運營的績效評價指標，通過項目運營績效的年度評價結果來確定政府支付的金額。
項目移交階段
項目移交階段的主要工作包括移交準備、性能測試、資產交付和性能評估，其中性能測試是最關鍵的環節。
項目實施機構或政府指定的其他機構應成立項目移交工作組，根據協議確認移交情況和補償方式，並制定資產評估和性能測試計劃。項目移交工作組應嚴格按照性能測試方案和移交標準對移交的資產進行性能測試。性能測試結果不達標的，移交工作組應要求社會資本或項目公司進行恢復性修復、更新重置或撤銷移交維護保函。
如何保證社會資本轉讓的設施完好無損，轉讓的設施要達到什麽標準，這些都需要在合同中詳細準確地描述，但目前很多PPP項目對這些問題的約定都比較粗略。