各級人民政府交通運輸行政主管部門設立的地方海事機構(以下簡稱海事機構)受其主管部門委托，負責本地區水路交通的具體管理工作。第四條水路運輸在國家宏觀調控下，建立和完善統壹、開放、競爭的運輸市場，實行公平、公開、公正的市場競爭。第二章開業、變更和停業管理第五條申請從事營業性水路運輸的單位和個人，必須具備下列條件:
(壹)有與其經營範圍相適應的運輸船舶，並持有船舶檢驗部門簽發的有效船舶證書；
(2)駕駛員和輪機員持有海事機構頒發的有效職務證書；
(三)從事旅客運輸的，應當申報沿線停靠站(點)，安排落實船舶停靠和旅客上下船所必需的安全服務設施，並取得縣級以上海事機構的書面證明；
(四)有經營管理機構和指定負責人。第六條海事機構應當根據從事營業性水路運輸的單位和個人的管理水平、運力、客戶、社會運力和運量平衡情況，核定其經營範圍。第七條申請水路運輸，單位須持法定代表人簽署的證明，個人須持當地街道辦事處或鄉(鎮)以上人民政府的證明和身份證向自治區海事機構申請水路運輸許可。第八條自治區海事機構應當自收到申請之日起15日內，對符合本辦法第五條規定的，頒發水路運輸許可證，對不符合規定的，給予書面答復。第九條取得水路運輸許可證的單位和個人(以下簡稱運輸經營者)，應當向工商行政管理和稅務機關辦理相關手續後，方可從事經營活動。第十條取得營業執照和稅務登記證的運輸經營者，應當向原頒發水路運輸許可證的機構領取單船營業運輸證，並隨船攜帶。第十壹條運輸經營者增加運力或者變更經營範圍，必須向原頒發水路運輸許可證的機構提出申請，經審核批準後，更換船舶營業運輸證，並到工商行政管理部門辦理變更登記。第十二條運輸經營者要求停業的，應當向原審批機關、工商行政管理機關和稅務機關辦理註銷或者停業手續。要求轉戶的，原運輸經營者應當停業，新的運輸經營者應當重新辦理審批和登記手續。第三章經營管理第十三條客運經營者必須使用符合客船規範的船舶，並依法辦理旅客意外傷害強制保險。第十四條客船、渡船、排筏必須按照核定的定額、船線和停靠港(站、點)運輸。未經批準，不得隨意設置交通工具。嚴禁超載運輸或混裝有毒、易燃、易爆物品。第十五條乘客應當遵守客運港(站、點)的秩序，不得違反規定攜帶危險品或者其他違禁物品乘船入港(站、點)。第十六條貨物運輸經營者運輸危險貨物，必須執行國家有關危險貨物運輸的規定。
托運人托運貨物時，不得窺探貨物名稱、隱瞞貨物性質或者在普通貨物中夾帶危險貨物。
未經有關審批機關批準，貨物運輸經營者不得承運國家禁止運輸的貨物。第十七條貨物運輸經營者應當積極辦理貨物運輸保險，確保貨物運輸安全，並采取相應的防範措施，防止貨物被盜或者丟失。第十八條水路運輸發票和客票等專用發票，由自治區地方稅務機關印制或監制。縣級以上海事機構向地方稅務機關征收(購)並負責分配和管理。任何單位和個人不得偽造、倒賣、轉讓或者塗改票據。第十九條運輸經營者應當按照價格行政主管部門核定的運價和費率收費。經營時應當明碼標價並出具正規票據，不得有價格欺詐行為。第四章處罰規定第二十條各級交通行政主管部門和海事機構應當對水路運輸經營者進行監督檢查，糾正和處理違法行為。執法人員執行公務時，應當穿著識別服裝，佩戴統壹標誌，出示行政執法證件。第二十壹條運輸經營者應當自覺接受管理機構的監督檢查，如實反映情況，並提供證件和相關證明材料。第二十二條違反本辦法第七條、第十壹條、第十八條規定的，依照《中華人民共和國水路運輸管理條例》的規定予以處罰。