第壹，研究方法的差異
(1)古典學派運用思辨和演繹的方法進行研究，以啟蒙思想家甚至更早的思想家提出的理論觀點為大前提，運用三段論的邏輯思維方法，推斷當時立法規定和司法實踐的不合理性和不公正性，推導出自己的結論或意見；而實證主義學派則采用經驗(實證)方法和歸納方法，以實際的客觀事實為理論基礎，從對客觀事實的調查研究中總結出自己的觀點。正如菲利普所說:“對我們來說，實驗(即歸納)是壹切知識的鑰匙；對於古典學派來說，壹切都來源於邏輯演繹和傳統觀念。對他們來說，事實要讓位於三段論(演繹)；對我們來說，事實起著決定性的作用。沒有知識，我們無法做出推論。對他們來說，科學只需要紙、筆和墨水，其余的來自壹個裝滿書的大腦，這些書都是以同樣的方式產生的。對我們來說，科學需要對事實進行長時間的逐壹檢驗，對事實進行評價，獲得它們* * *相同的特征，並從中提取中心概念。對他們來說，演繹或奇聞足以推翻通過多年觀察收集的大量事實；對我們來說，情況正好相反。”
(2)古典學派主張自由意誌論，認為每個人都有自由意誌，犯罪行為是個人自由選擇的結果；實證主義學派主張決定論，承認壹切事物都是因果的、決定性的，犯罪行為是由某些因素決定的，而不是純粹個人自由的結果。菲利普指出:“古典學派和普通大眾都認為犯罪包含著道德上的罪惡，因為犯罪分子因為自己的自由意誌而拋棄了道德的正確軌道而誤入歧途。因此，他們應該受到相應的懲罰，這是迄今為止最流行的犯罪概念...相反，實證主義犯罪學主張罪犯犯罪不是自願的；壹個人要想成為罪犯，就必須把自己永久或暫時置於這樣壹個人的物質和精神狀態中，生活在由內而外促使他犯罪的因果鏈的環境中。我想這是我的結論，也是我們實證主義犯罪學在主要原理上與古典學派根本不同或相反的研究方法。”(3)古典學派采用了犯罪的法律定義；但是，實證主義學派並沒有采用犯罪的法律定義，他們要麽創造了壹個新的、明確的犯罪概念和定義，例如加羅法洛的“自然犯罪”；或者沒有提出明確的犯罪定義，而是模糊地使用犯罪壹詞，包括壹切危害社會的行為。
二、基礎理論的差異(1)兩個學派對“人”的假設不同。古典犯罪學派認為每個人都有自由意誌，主張人們應該從理性的角度去認識社會中的是非善惡，從而使自己的行為符合社會規範和社會道德，即理性人的假設；刑事實證主義學派認為理性人假設是毫無根據的虛構神話，認為人的行為是生理、心理等個人和社會原因相互作用的結果，人是基於社會實踐經驗、內心體驗和個人偏好的經驗者。(2)兩個學校的價值觀不同。犯罪古典學派認為，意誌自由和理性是人性的基礎，所以人在任何時候都只能作為目的，而不能作為達到其他目的的手段。由此形成了刑事古典學派的自由主義和個人本位的世界觀。而實證主義犯罪學派，由於否認人的意誌自由，著眼於反社會人格的罪犯對社會的嚴重威脅，自然也就著眼於犯罪所侵害的社會。(3)兩大學派對刑法評價對象的看法不同。刑事古典學派以客觀主義為基礎，認為每個罪犯都是具有自由意誌的理性人，犯罪行為都是由其主觀故意發起的。因此，行為和結果所形成的社會危害性應當成為刑法評價的對象。刑事實證主義行為人本身應該是懲罰的對象。該學派著名學者李斯特提出了“應該受到懲罰的不是行為而是行為人”的著名結論三、研究重點的差異(1)古典學派側重於犯罪行為，經驗學派側重於犯罪人。(2)古典學派側重於犯罪行為的法律方面，將犯罪與刑事司法緊密聯系起來。正如菲利普所說:“古典學派把犯罪作為壹個法律問題，側重於犯罪的名稱、定義和法律分析，而把罪犯在壹定背景下形成的人格放在壹邊。”而且他們研究犯罪行為的重要目的是“公正”適用法律，實現罪行相適應；實證主義學派側重於犯罪行為的現象學方面(研究犯罪的規律)和犯罪的原因。研究犯罪的重要目的是找出犯罪的規律和原因，尋求消滅犯罪的方法。四、犯罪概念的差異(1)自由意誌主義與決定論在犯罪原因上的差異。犯罪古典學派認為，只要達到壹定年齡，精神和智力能力正常的人都有自由意誌，犯罪就是基於自己的自由意誌和辨別是非善惡能力的自我選擇的結果。比如康德明確提出:“我們必須承認每壹個有意誌的理性的東西都是自由的，並按照自由的概念行動。”刑事實證主義學派從根本上否定自由意誌，認為自由意誌是人內心的幻想。菲利普指出:“我們不能承認自由意誌。因為如果自由意誌只是存在於我們心中的壹種幻覺，它就不是存在於人心中的實際功能。”人的任何行為都是性格和人所處環境相互作用的結果。因此，罪犯的犯罪不是自願的，而是行為人的性格和環境所生的必然現象。(二)犯罪分類中行為標準與行為人標準的區別。因為古典學派的犯罪學側重於犯罪行為、刑罰和已經實施的犯罪，不註重對犯罪人的考察。因此，古典犯罪學學派對犯罪的分類，基本上是以犯罪行為的特征或者犯罪所侵犯的對象的類型為依據的。刑事實證主義學派以實證研究為基礎，註重對活著的罪犯的研究，所以其對犯罪的分類是基於罪犯的特征，或者說是關註罪犯的分類而不是犯罪。(3)刑事對策中壹般預防與特殊預防的區別。古典犯罪學派的康德、黑格爾等人很少提及犯罪對策問題。在他們看來，犯罪只是理性人的自由選擇。所以懲罰只是對犯罪的報應，不應該追求其他目的。古典犯罪學派的貝卡利亞、邊沁、費爾巴哈等人從功利的角度認為刑罰應該追求某種目的，即預防犯罪。壹般來說，古典犯罪學派在刑事對策問題上主張以懲罰為主要甚至唯壹手段的壹般預防。另壹方面，犯罪實證主義學派在犯罪對策問題上主張社會防衛理論和特殊預防。五、刑罰觀念的差異(1)刑法基礎的差異。犯罪古典學派分為報應論和功利論兩大陣營。報應論者認為刑罰的正當性在於報應的正義性，功利主義則認為刑罰的目的在於預防犯罪。因果報應論者認為，只有事先明確規定了什麽是犯罪以及受到的刑罰，才是依法定罪和適用刑罰的正當性；功利主義者認為，只有罪刑法定，才能有預防犯罪的前提。報應論者認為，只有考察懲罰以外的行為及其損害結果才是公平的；另壹方面，功利主義者認為，只有當懲罰以外的行為及其結果可能造成損害時，預防才是必要的。刑事實證主義學派的社會防衛理論認為，刑罰具有防衛社會的目的，應根據行為人的反社會性格或人身危險性采取各種防衛措施，以達到社會防衛的目的。龍伯洛靈指出:“犯罪是不可避免的，社會根除犯罪也是必要的，懲罰犯罪而不對社會作惡也是必要的。只有這樣，懲罰才能具有功利性，並斷言除了自然必要和自衛權，懲罰沒有其他依據。野生動物吃人，妳不用問是不是生來就有。所以，只要看到有野獸在吃人，就可以開槍。監禁瘋狂的人也和這個正當防衛的原則壹樣。懲罰必須建立在正當防衛的基礎上，沒有反對的余地。”菲利普指出:“我們堅信，科學真理的成就將把刑事司法變成壹種保護社會免受犯罪之害的自然功能，根除今天仍然存在的復仇、仇恨和懲罰等壹切不文明時代的痕跡。”李斯特還認為，懲罰不是對犯罪行為的事後報復，也不是對他人的威脅，而是對體現危險情況的人的預防措施。(二)對刑罰功能理解的差異。古典犯罪學派基於壹般預防的立場，認為刑罰的功能主要是維持社會的穩定和有效運轉，刑罰對犯罪人的功能主要是威懾，刑罰是對犯罪的要價。費爾巴哈以心理強制理論為基礎，認為法律規定刑罰的目的是警告社會上可能成為罪犯的人不要實施犯罪行為。即通過刑法的制定，確立刑事處罰的壹般原則，從心理上迫使壹般人不敢犯罪。同時，為了預防犯罪，必須對犯罪部門進行懲罰，讓犯人知道懲罰帶來的痛苦大於停止犯罪帶來的不愉快的快感。因此，如果古典學派犯罪的壹般預防被過分宣傳，就會傾向於嚴厲的懲罰。(3)對懲罰性質理解的差異。古典犯罪學派基於報應的立場，認為犯罪違背了法律的正義性，並對其施以刑罰，目的是對其所制造的罪惡進行報應，即所謂“以暴制暴，以惡制惡”。在對罪犯的懲罰完成後，正義就會實現。根據正義的來源，可以分為三種:天道報應論、道德報應論和法律報應論。刑事實證主義學派基於刑法的目的論，認為刑罰是預防犯罪和維護社會的工具。對於罪犯來說，刑法就是要把他們改造成守法公民，以回報社會。(4)對懲罰作用理解的差異。古典犯罪學派從壹般預防的角度出發，認為刑罰對社會具有三種預防功能:立法威懾、壹般威懾和特殊威懾。刑事實證主義從特殊預防的角度重視罪犯的個人背景和主觀心態。刑事實證主義學派中的契約學派認為犯罪是對社會契約的破壞，懲罰犯罪是為了捍衛社會契約的社會秩序。(5)對刑事責任根據的理解差異。從道德責任理論的立場來看，古典犯罪學派認為責任是對行為和行為人進行道德譴責的條件，自由意誌是其責任的主觀基礎。壹個有自由意誌的行為者，要對基於他內心的意思和由此產生的結果的某些行為負責。因此，古典犯罪學派的道德責任理論也可以稱為報應責任理論。刑事實證主義學派從社會責任理論的立場出發，認為責任是行為人適用社會防衛或治安處罰的重要要件，行為人的反社會行為是其責任的基礎。(6)刑事對策理論的分歧。古典犯罪學派把刑罰作為最重要的刑事對策，他們會在如何更好地對罪犯適用刑罰上做文章，以最大限度地發揮刑罰的威懾作用；而犯罪實證學派犯罪學認為，刑罰只是眾多刑事對策中的重要壹環，社會的、科學的預防和矯正措施在預防犯罪中更為有效，因此提出了許多“刑罰替代措施”來科學地迎接犯罪分子。