北宋惠宗時期，蔡京、童貫等“六盜”把持朝政，驕奢淫逸，賦稅沈重。在六大盜的慫恿下，惠宗不遺余力地為自己服務，大肆搜羅民間奇花異石，運到首都開封府修建宮殿園林，被稱為“花石班”。周目清溪(今浙江淳安)出產各種花、石、竹、木，百姓受害尤深。人們無法忍受。終於，宣和二年(1120)，爆發了方臘領導的農民起義。兩浙久患苦花石班，百姓爭得響應，聚眾數十萬，攻破穆、雲、杭、楚、屈、吳諸州，震動東南。方臘自稱“聖人”，建元是“永樂”，有官職。第二年，朝廷派15萬大軍南下鎮壓。四月，方臘退守清溪幫源洞，因腹背受敵，兵敗被俘。八月，他在北京被殺。關於這次起義有壹些細節，由於記載的不同，疑點很多。這些疑問正是方臘起義中的關鍵問題。
壹個是方臘的出生和籍貫。南宋時期，陳鈞的《皇朝誌》、劉士舉的《宋史·資治通鑒》、方紹的《清寇規》及附洪邁的《容史》均記載方臘家有漆園。曾敏行的《杜興雜誌》說得最詳細:“方臘家有漆林之恩……”洛杉磯也是徐莉，縣命令禁止他雇用。臘叔被困受辱，因怒而聚眾鬧事。”其中方臘還自言自語道:“我家是中產”。這樣看來，方臘至少是個中小地主階級。方韶的《清Xi口規》也明確記載，方臘是“周目清溪縣疲憊的村人”。《宋史·方臘傳》中也有明確記載:“方臘生於周目清溪，住在郡前村。"
桂林族譜中保存的兩部元人許、劉彭壽傳記，即宋代許的《忠義傳》(即《方庚傳》)和劉彭壽的《瑯琊通陵園亭記》，載有方臘為清溪縣萬年鄉地主方庚“仆”的記載。清代黃在《桂林方家族譜重修序》中說，方臘是方世雄的家仆，方世雄是方庚的兄弟。此外，歙縣和淳安的方家族譜也普遍稱方臘為“幫工”和“瓢工”，如南宋的族譜到現代的涓春方氏族譜。所有的家譜都把方臘列為“人”。《郭珊方家族譜》詳細考證了方家的族源，認為方臘源於歙縣袁哲方家。也就是說，方臘是徽州歙縣人，來到周目清溪縣當幫工。
有學者指出，家譜的記載普遍不可靠。如《桂林方時族譜》中關於宋代事跡的記載，充滿矛盾，不能作為基本史料。尤其值得壹提的是，為方庚撰寫傳記的許，是方庚第五個孫女之壹的孫子。他對方臘是方庚家“仆人”的記述，只來自他小時候祖母的口述，並沒有宋朝的歷史文獻作為依據。劉彭壽，元朝人，當時是淳安知府。他應方庚第六、七孫的要求寫了《墓亭》。既然要贊美方庚的“忠”，自然是以族譜中的原始材料為主，而方臘的故事也無非是抄族譜而已。
也有學者指出，方臘家有漆園的說法在《杜興》雜誌中最為詳盡，而這本書“下至戲謔浪語，集瑣碎之事...都是接近文人學者的話或者是州裏老人傳下來的”。《四庫全書總目》對該書的評價是:“蓋以記載為主，不考證。”所以古語的錯誤是“都是不加區分的描述。”因此，很難相信其關於方臘成分的記載。宋史中，方臘“住在壹個縣的壹個村子裏”的文字出自清溪口規，後者說方臘是周目清溪縣壹個村子的人，“住在壹個村子裏”並非指籍貫。
兩種理論勢均力敵，誰也說服不了誰。但從《史記》作者的角度來看，方紹、洪邁、陳三人在北宋末至南宋初都壹致肯定方臘的“家有漆園”並非巧合。許和劉彭壽都是元朝人，在方臘起義後二百多年。雖然有學者認為許是基於壹些與方庚生前活動直接相關的原始材料，但我們終究沒有看到這些原始材料。由此，是否可以說方臘是壹個略占優勢的中產階級？
二是方臘是否是摩尼教的教主。許多歷史記錄都將方臘起義與怪物和異教徒聯系在壹起。如《皇朝實錄》中的史書記載:“臘以巫術引誘之，數日之內，聚集回答者數萬人。”《宋史·方臘傳》說“左道用以惑人”。“沒有弓箭，只有鬼神詭秘。”《宋瑤惠編》也說:“方寇，壹個瘋狂無知的民族，宣揚妖教，造假魔術迷惑大眾，然後謀求暴政。”江東轉運使副使說:“雖然賊多來訪，器械少，但我們靠許多人幫助我們...男孩和女人在前面，用丹戴裝飾，假裝成怪物，嚇唬我們的老師...他們還為長民穿上外衣，充當機關，身上背著長矛和戟，旗上裝飾著丹黛，那是鬼神的模樣，以迷惑官兵。”這種記錄，舉幾個例子。
那麽，方臘起義軍的上述情況，是壹般的鬼神迷信活動，還是當時流行的摩尼教組織的呢？《宋代書稿集·禁約》中記載，宣和年間，江浙壹帶村民多習妖術，自稱明教，自稱祆教。各村建齋堂或道場，經書與道教、佛教不同。晚上人聚了又散，有時聚在社會上也習慣了。這就是摩尼教，尊摩尼為光明之神，或者尊張角為祖先，提倡素食、禁欲、裸葬。如果起義和這個宗教有關，方臘應該是摩尼教的教主。而宋代的史書記載相當模糊，使得現代學者的看法完全不同。
很多歷史著作認為，方臘起義時流行的“妖術”和“左翼”應該與當時的摩尼教有關。首先，起義隊伍中的將領多為摩尼教徒或首領，如信徒蘭溪、單縣敵道士邱日新、呂世讓，以及魔王鄭、方七佛、八王、於等人。其次,《史記》中摩尼教的“妖法”記載往往與方臘起義有關。紹興四年五月，《建炎年誌》中記載，居士王說:“可見浙江及浙江各縣有食菜作惡之俗。方臘之前的禁法還是比較寬泛的，只是巫術的習俗沒有那麽兇猛。方臘以後，法律越嚴，魔鬼的習俗就越無敵。”陸遊在《調兌香》中說:“淮南稱二悟，浙江稱宗，江東稱四果，江西稱金剛禪，福建稱明教，結地齋等，名稱不壹，尤以明教為甚...韓的張角，晉的孫恩，年近歲的方臘，都差不多。”容齋的歷史說得最清楚:“在周目方臘之亂中，弟子們開始到處揭竿而起。聞其法破酒，不奉神祖，不作客，死而葬之。”莊綽的《雞肋》也有壹模壹樣的記載。在那個時候，周目周圍地區確實是吃蔬菜和秘密實踐魔法宗教的重要地區。信教群眾多，方臘完全有可能打著宗教的幌子組織起義隊伍。因此，有人認為方臘是清溪摩尼教的教主，或者是周目身邊的惡魔，或者是食菜魔教的教主。
宋史專家朱瑞希對《論方臘起義與摩尼教的關系》壹文提出異議，認為方臘不可能是摩尼教的領袖，甚至不可能是信徒。首先，很多史書只含糊地說方臘“企圖靠左道誤導人”，而李濤的長篇編著《資治通鑒》以治學嚴謹著稱，只說方臘“精於巫術”。如果方臘真的是摩尼教的教主，不列入史籍是不可思議的。其次，方臘的地位和職業不允許他成為摩尼教的領袖。根據教義，摩尼教教徒不能積累財產，也禁止結婚。如果方臘是壹個中產家庭的漆園主人，他不可能是摩尼教的教主。比如方臘，作為壹個貧窮的仆人，為了生計，壹年到頭都要辛苦勞作，根本不可能有什麽閑暇時間進行傳教活動。方臘有壹妻壹子，起義失敗後被宋軍俘虜。第三，摩尼教主張戒葷戒酒。方臘起義之初，召集100多名骨幹進行著名的誓師演講，顯然與摩尼教格格不入。因此，方臘起義所采用的“巫術”、“左道”應該是當時農村流行的“星雲怪”、“侍奉鬼神”、“指揮陰兵”等壹些迷信活動，或者也采用了壹些與道教、佛教有關的活動。
當然，如呂世讓、邱日新、鄭魔鬼、於等人，根據史料分析，他們應該是摩尼教的僧侶或領袖。他們帶領部分摩尼教教徒參加方臘起義，接受方臘領導。作為起義軍的幾條戰線，他們與效忠者展開了妳死我活的戰鬥。但他們並不是方臘起義軍的主力，所以在整個戰場上並沒有起到決定性的作用。而且這些隊伍加入起義軍的時間較晚，且接連不斷，使得他們在對付效忠者的鎮壓時無法發揮更大的作用。所以只有部分摩尼教徒參加了方臘起義。
第三是是否有政治綱領及其口號。有學者認為方臘起義沒有政治綱領，理由是起義時沒有提出簡明的口號綱領。歷史學家普遍認為，方臘起義以佛經《金剛經》為口號，表達農民對平等的渴望，因此其政綱是“法律的平等”。
但史書記載起義軍是如何念這個口號的:雞肋篇寫明吃菜是魔鬼的宗教”並背誦金剛經，以“以色見我”為“邪道”，故不奉神佛，而拜日月為真佛，若說“法平等，無爭”，則取“無”。也就是說，金剛經裏的經文被信眾念成“法是平等的，有競爭。“換個讀法，意思就反了，就是佛教所謂的‘平等’不存在了。《容》的歷史上也有同樣的記載，只不過“他說經”改成了“他說無經”。葉夢得的《暑假筆記》中也談到了讀經的原因:“近世江浙壹帶人有吃菜之事，相傳原是五鬥米而來，但誦的是金剛經，與今佛教徒之言不同，故稱‘金剛禪’。”也就是說，吃菜的人不是照本宣科地讀佛經，而是經常按照自己的理解去讀。所以只能說起義軍是在用佛經解釋現實世界，而不是什麽政治口號。
有學者認為，信徒如此解讀佛經，正是因為他們意識到佛經中所謂的“平等”只是欺騙。從現實社會中，他們深刻地感受到了世界上嚴格的等級制度和極度的不平等。所以《金剛經》的修改，是對當時社會性質的揭示，是對佛經的批判。起義農民在批判佛經的過程中，反映出他們向往壹個真正“法律平等”的社會，這個社會就是他們的目標。因此，起義領袖方臘雖然沒有直接宣示“法律平等”的思想，但這壹思想卻從批判佛經、指導這次農民起義實踐的經書中得到了體現。
也有學者提出，吃菜教的信徒並沒有誤讀佛經，《雞肋》等史書這樣描述農民對佛經的誤讀，實際上是對方臘起義的汙蔑。
第四，方臘起義失敗誰被俘。據蘇州靈巖山，不少學者認為方臘被俘於韓世忠。碑文詳細記錄了方臘在清溪榜元源洞被俘的過程:韓世忠當將軍時，率軍在山谷間潛行，向村婦問路，最後到達洞口。即挺身而出，勇往直前，渡險數裏，直奔老窩，先捉了八王，綁了，再殺幾個人，再捉了方臘，把俘虜綁出來。此碑文收入《萬艷名臣碑集》，也可從《容齋伊勢》的記載中得到證實。後來的《韓世忠宋史傳》、《宋史末方臘之亂》、《徐子資治通鑒》都采用了這種說法。
但很多史料記載，方臘是被陜西名將辛興宗等人俘虜的。據《惠宗在東都城宣和三年》中的故事...夏、四月，庚寅、童貫在清溪與辛興宗、方臘交戰，俘獲”。《宋史·惠宗紀》也載:“辛興宗，中州防史，攻方臘於清溪。”141年，官軍終於打敗了方臘起義軍，並在《次日搜山》中“王兵、辛興宗、楊維忠在邦元山東北角石堅活捉方臘”。《明太祖年譜》也說:王“尋辛四宗、，在榜元山東北角生擒方臘”。這個“辛四宗”應該是“辛興宗”的錯誤。應該說，載有“辛興宗擒方臘”的史書，並不比載有“韓世忠擒方臘”的史書少。是因為韓世忠後來成為了著名的中興，後人把這個功勞歸於名將嗎？但《宋史·編年史》末的方臘之亂，卻告訴我們，韓世忠領兵入洞“奪蠟出，辛興宗領兵斬洞口，掠為己有”。這種說法在繼續教育的歷史中也被采納為壹面鏡子。當時辛興宗是鎮壓方臘官軍的主要指揮官之壹，韓世忠只是個將軍。那麽，主將是在劫將軍嗎？
有學者根據《桂林方氏宗譜》中許的《方庚傳》，認為方臘為方庚所困。上面寫著:宣和三年四月，起義大部分被政府鎮壓，方臘沒有被俘。離方臘不遠的方靜有壹次出去找吃的，被方庚抓住了。方庚引誘方靜回去騙方臘說:“我壹出洞，就看見兩個太陽在打架。就像這樣。不是說聖人要東山再起了嗎！”並邀請方臘出洞觀看。方臘以為是真的，就出洞去看太陽的影子。方庚正伏擊打手，將方臘活捉獻給官軍。這簡直就是壹部傳奇小說的片段。妳覺得可信嗎？清人方《重修桂林方氏族譜》的意思是，方庚為江淮奔走，迎擊官軍，為韓世忠軍引路，就是為了活捉方臘及其黨羽。方庚本人也在《上正寺成劄子》中說:“參軍前，為家鄉當向導，破賊，復州縣，立下大功。”似乎有壹些可能性，但只是對韓世忠軍的壹個引導。有多大用處？
根據宋代武醫河東二公範貴的墓誌銘，有學者認為可能是他俘虜了方臘。碑文上寫著:我能救三將軍，我先登，將士用命。方臘被俘，移官武醫。有學者指出，據宋代《楊振川傳》記載，楊振雖“能救方臘於折”，但折可救。當時率軍在浙東鎮壓呂世昂等部，沒有參加圍剿源洞的戰鬥。所以碑文不可信。不如這樣理解:方臘起義被鎮壓後，折能得救，官至吳潔大夫。此外，《輿地紀聲》卷八說:“宣和之初，臘困，命、姚步忠在京師擒之，斬之。”方臘被和姚兩個將軍抓住了。實際上，據有關史料記載，是在率兵攻打屈、辛等國，活捉了鄭，然後又攻占了隴右、蘭溪、梧州等地。姚也率部征討浙東，並於四月下旬攻陷浦江縣。這兩位將軍不可能參加4月下旬的包圍袁鋼山洞的戰鬥。
此外，據《兗州府誌》等書記載，方臘曾被王媽、俞沐川、俞等俘虜，但並無太多確鑿證據。不然方臘逃出宋江，說宋江是否投降官軍還有疑問，那麽這個說法就更懸了，且看另壹個專節的分析。